五年計劃
1868年9月20日，左宗棠抵達天津，於9月25日進入北京。
整整三十個年頭，一晃就過去了。上次一別京城，還是二十六歲的小夥子，如今再來，卻已兩鬢斑白。
京城並無多大變化，還是那些街道，還是那些車馬。但是，當年的那個年輕的布衣，如今已是兩朝的勳臣。
9月27日，清廷頒下諭旨，著加恩左宗棠在紫禁城內騎馬。這是何等的殊榮！
又過了三天，慈安、慈禧兩太後召見左宗棠。這兩個不斷提拔他的滿洲女人，究竟是個什麼樣子呢？隔著簾子，還是看不清楚。不過，一聽慈禧說話，就能感覺到這個女人的精明。
左卿勞苦功高，我們姐妹心知肚明。前些日子那些個處分，現在也都撤銷了，想必你能明白我們的心思吧？
微臣攻剿不力，致使張逆從陝西逃脫，威脅京師，自知罪不可赦。蒙兩位皇太後開恩，自當圖報。
罷了罷了，不說這些。左卿此次進兵，須由東而西，力顧山西防禦，無令回軍進入內地。
微臣已安排劉鬆山從山西入陝，節節推進。至於山西的河防，微臣亦在用心籌劃，容臣緩幾日再奏。
西部的戰事，何時是個了局啊？
陝甘遭受兵燹，遍地荒寂，進兵運糧，多所阻難。臣不敢說大話，此事需要五年才能辦妥。
唉，也是啊。左卿年歲大了，此去西北，還須攝重！
左宗棠第一次覲見，不便過多地叫苦。但他出得宮來，便書寫奏折，一連寫了幾份折子，第二天就呈遞上去。
陝甘籌餉艱難，請朝廷指撥實餉。各省酌留的厘金，也請移作西征軍餉。微臣立意仿效漢朝的趙充國，開展屯田，以節省轉運費用，讓災民能有生業。部隊且防且剿，且戰且耕。平定陝甘，固然要靠軍威，還要靠農業生產。打仗和建設，必須同時並舉。
慈禧將他的意見下發討論。戶部上奏，決定從各海關六成洋稅項下，指撥陝甘軍餉一百萬兩。慈禧準奏。
第二次西征即將開始。左宗棠哪裏還有心思呆在京城。10月4日，他便陛辭出都。這時，劉鬆山所部已抵達洛陽休整。他的親軍各營也開拔了，取道景州，先抵彰德。
10月23日，左宗棠行抵彰德府，進入親軍營。10月27日，左宗棠下令拔營西行。
山西巡撫鄭敦謹，已經在打左宗棠的主意。他已上奏，請左宗棠分兵從山西渡河，扼守榆林，攻擊陝西的回民軍，以鞏固山西的防禦。
左宗棠回答：對不起，鄭老兄，你最好還是想想別的辦法。山西的防禦全靠沿河一線，我的部隊轉戰向前，怎麼能停下不走，長久駐紮在黃河岸邊？上一年官軍剛剛攻占綏德，西撚就從西南火速向東挺進。從大局著眼，山西巡撫和綏遠城將軍，應在冰橋尚未合成之前，事先籌劃轄境防務，不能遠靠鄰省的作戰部隊來鞏固防守，否則就會重蹈覆轍。
慈禧覺得有理，令河南清軍分防中路，調張曜、宋慶所部趕赴榆林，又令左宗棠統籌全局。
11月2日，左宗棠行抵懷慶府的盂縣。11月8日，他給慈禧吃了一顆定心丸：陝西的進攻與山西的防守，我會統籌並舉。建議派遣袁甲三之子袁保恒領兵駐紮歸化一帶，作為遊擊之師。
左宗棠最關心的還是軍餉。沒錢什麼事情也辦不了。戶部撥發的海關洋稅，要從十二月份才能起解，而陝甘兩省同時急需軍餉。怎麼辦？能不能由協餉各省先開借條，由胡雪岩向洋商借款，然後由各省償還？借款時先扣下利息，由我來報銷。還有一項應急措施：從山西與四川的鹽稅中各提二十萬兩銀子，接濟我的部隊。
慈禧又將左宗棠的提議下發軍機大臣與戶部討論。
大戰董福祥
11月11日，左宗棠從孟津渡河前行，於11月26日抵達西安。
左宗棠立即召見代理陝西巡撫劉典。
陝甘形勢如何？克庵快給我講一講！
回軍已被楚軍挫敗，土匪也被重創，紛紛請求安撫，卻都沒有放下武器。東北部情勢更加不妙。董福祥與李雙良、高萬全等人招兵買馬，襲擊延安、綏德和榆林。潰勇與饑民紛紛投靠，董福祥時常擁有十幾萬兵力。西南部的回軍多不勝數，首領就有十二個。馬正和，白彥虎，餘彥祿，崔偉，陳林，禹得彥，馮君福，馬長順，楊文治，馬正剛，馬生彥，還有一個畢大才，占據了甘肅寧州境內的董誌原，兵力號稱十八營。他們裹脅了甘肅回民與漢民，勢力北接慶陽，南連邠州與鳳翔，人數超過二十萬！
克庵，回軍不能遠離根據地，而董福祥與高萬全等人的綠林軍，則是東奔西突。我看哪，要肅清全局，必須從東北麵入手，先把董福祥掃平，然後集中兵力攻擊回軍，才沒有後顧之憂。
左宗棠與劉典等人連日會商軍事，調度軍糧。他們決定：將全部兵力分為東北和西南兩路，由東而西，攻擊前進，同時力固山西邊防。
軍事會議召開了，部署如下：
東北一路：金順駐紮榆林，劉厚基與知州成定康駐紮綏德，劉厚填駐紮延安。郭運昌已經抵達同州，該部從韓城開赴宜川，向延長推進。山西必須重視歸化和綏遠的防禦，令張曜所部從河保渡河，趕赴榆林。劉鬆山所部從茅津進入山西，取道汾州，奔赴綏德。
西南一路：中路和北路為高連升、周紹濂、魏光燾所部，分別從宜君、中部和鄜州進軍，向西逼攻，逐步抵達慶陽，劉端冕所部駐紮鄜州與甘泉，扼守要衝。西路和中路由黃鼎所部駐紮邠州，張嶽齡、喻步蓮所部駐紮隴州與汧陽。川軍李輝武所部駐紮寶雞，吳士邁的洛川駐軍調駐鳳翔，與邠州和隴州的駐軍相連。
董誌原的回民軍聽說清軍大部隊向西推進，決定主動出擊，分兵攻擊鄜州、中部與洛川，主力則西攻隴州。董福祥也行動起來，聯合甘肅的回民軍攻打綏德，李雙良等部襲擊清澗與延安。這一係列攻擊，都被左宗棠的部隊先後擊退。
12月中下旬，陝西回民軍由於饑寒交迫，再次出兵，攻擊甘肅的正寧。黃鼎從邠州赴援，回民軍折回陝西境內，劉倬雲在三水將之擊敗。從甘泉開往中部的回民軍，遭到周紹濂的駐防軍阻擊，敗走白水、郃陽與澄城。禹得彥見軍糧已盡，參謁隴州駐軍，請求安撫。
劉典來見左宗棠，商議是否受降。
左公，回軍已屢次挫敗，我們可以受降了。
且慢，他們請降，是因為糧食吃完了，並非心服口服。打仗要錢，受降也要錢啊。人家投降了，你就得發給口糧，還要找地方安插，幫助他們恢複生產。我正在找朝廷落實資金呢。當務之急，是加緊籌劃軍糧的轉運，督促各部進逼。
正在此時，東北部傳來捷報。成定康在綏德擊敗董福祥，回師清澗，攻擊李雙良。董福祥率部北進，奔向榆林邊界。從綏德直到靖邊，處處都在董福祥控製之下。
左宗棠等待著劉鬆山到來，徹底扭轉東北部的戰局。
1869年1月16日，劉鬆山全軍從永寧渡過黃河，抵達綏德。劉鬆山對成定康說：董福祥把靖遠當作他的根據地，派出部眾襲擾榆林和延安，波及邊界內外；如果我軍從綏德向西北方的懷遠推進，掃蕩而前，則邊界的董軍必然回師救援，黃河防禦便可解嚴。我派易德麟、章合才與貴部繞向西邊，攻打大理川，我自己率領各部直奔小理川。
1月21日，劉鬆山率老湘營在綏德、清澗等地擊敗董福祥，一天內攻破一百多座壁壘，斬殺六千多人，俘虜三千多人，解散民眾二萬人。
劉鬆山令成定康回師防守綏德，分兵兩路追殺，從懷遠折向南麵，抵達安定。然後，又繞到西麵的靖邊。董軍望風挫敗。劉鬆山沿途解放幾萬難民，俘虜五千多人。董軍一萬多人戰死，餘部全部奔向靖邊的鎮靖堡。
左宗棠寫信給劉鬆山，向他表示祝賀，把他比作當年的王錱。這是老湘營最高的榮譽。
雄師所指，如勁風埽籜，擒斬解散，各以數萬計，不但榆邊內外，即可肅清，而官軍易客為主，全股可期殄滅。貴軍門威略高遠，機神敏速，雖王壯武當年，何以過之！
這時，張曜所部從河曲渡河，會同金順、劉厚基所部，連破沿邊的董軍，還駐古城。董福祥從府穀東奔葭州。成定康派陳瑞芝、喻先恕所部阻擊壓迫，董軍餘部奔向延川。
1月30日，劉鬆山進攻鎮靖堡。董福祥之父惶恐不已，率部投降。事情尚未定妥，忽聞李雙良挺進洛珠川，西路的回民軍突入定邊高家灣，兩部距鎮靖堡都隻有一百多裏。
2月5日，劉鬆山與蕭章開分路領兵迎擊，一路擊敗李雙良，另一路擊敗高家灣的回民軍。董福祥和李雙良等人對劉鬆山心悅誠服，相互勸告，率領十多萬人投降。劉鬆山選拔其中的精銳，組編成營，跟隨征戰。榆林和綏德全部平定。
董福祥是漢人，他聚眾起兵，本意是圖個亂世中的自保，與回民軍並無瓜葛。為了保住自留地，而不惜與官軍開戰。吃了敗仗以後，無意於持續抗爭。他投降以後，成為清末的一代名將。
曾國藩力挺湖南人
董誌原的回民軍加緊四出襲擊，北麵抵達定邊，東北麵抵達甘泉和延川，東線則襲擊宜君、洛川、韓城與澄城，西南麵突進汧陽與隴州。各地駐防軍分路馳擊，每天都有戰事。
農曆新年以後，郭寶昌抵達韓城，攻擊宜君和洛川。回民軍越山奔赴延長，與此前襲擊延安與延川的回民軍會合，取道甘泉進山，隊伍絡繹不絕。劉端冕與魏光燾接連出兵勞山、牛武川攔截，致使回民軍潰散，遺棄大批糧食和器械。從此，陝西東北部的戰事大致平息。
從西南部突出的回民軍，企圖越過秦州和鳳縣，向棧道推進。2月26日，李輝武所部從寶雞趕去，大破回民軍，斬殺一千人。
3月1日，董誌原的陝西回民軍，分別向東北的洛川、澄城和西南的汧陽、隴州、靈台等地出擊，都被清軍擊敗。
左宗棠一直為軍餉不足而苦惱。戶部向朝廷複奏，將陝甘常年軍餉與目前用兵的餉需混為一談，左宗棠哭笑不得，於3月12日上奏，請求在“陝甘軍餉”之外，另立“西征實餉”名號，以示區別。
細節最具有說服力。為了對付戶部的官僚，他開列一份明細清單，將各支部隊的番號、人數和開銷一一列出，作為核對依據。總計數字如下：騎兵和步兵七十營，每年需要實銀二百五十多萬兩；外省援軍不下一百二十營，兩部的采買、製造、轉運和薪糧，又需銀一百八十多萬兩，合計每年需銀四百六十多萬兩，請朝廷以專款敕撥。
奏疏呈上之後，戶部議決，每年增撥商業稅款三百萬兩。左宗棠請求設立西征糧台，令翰林院侍講學士袁保恒任總理，駐紮陝西，專折奏事。慈禧照準，令左宗棠仍然總管甘肅清軍的餉事。
左宗棠下令開設西安製造局，開始製造槍炮，供給自己的部隊。
回民軍因屢次挫敗，糧食匱乏，於3月18日集結三四萬部隊，占據正寧的南原和北原，企圖進攻邠州和三水，然後集中兵力攻打秦州。黃鼎派總兵徐占彪率領二千人扼守牛家堡，自己率領全軍跟蹤回民軍。
3月19日，回民軍前鋒開到牛家堡，遇到埋伏，驚慌撤退。當晚，黃鼎率部渡過涇河，進軍上世店。幾千名回民騎兵驟然殺到，黃鼎所部稍稍整理隊形，拔隊迎擊。回民軍反身而走。黃鼎追到白吉原，餘彥祿、馬正和等人率主力分十路迎擊，黃鼎令部隊分頭接戰。激戰正酣時，黃鼎采用左宗棠平時訓練的陣法，令部隊從四麵彙合，結為方陣，向前推進，槍炮齊發。回民軍遭到重創，漸漸撤退。副將劉治均馳入回民軍陣內，斬殺將領。回民軍失勢潰逃。雷正綰和張嶽齡分路攔截，都有戰果。回民軍餘部撤向宮河。
3月22日，左宗棠進駐乾州，召集軍事會議，準備發起全麵的攻勢。
老湘營渡河進入陝西以後，一舉收服了董福祥。劉鬆山千裏奔突，卻疏忽了部隊裏存在的隱患。湖南人都不願隨軍西征，曾國藩和左宗棠心知肚明。這不僅僅是水土不合、飲食不對胃口、天氣太冷的問題。這也不是打不打算出門旅遊的決定，而是生死的抉擇。當時的西北，連飯都吃不飽，還要行軍打仗，頭上時刻罩著死亡的陰影。但是，將領們都喜歡湖南的兵勇，而大帥們又偏愛湖南的將領，所以左宗棠的西征部隊，仍然以湖南人為主。但是一般兵勇的覺悟，沒有將帥們那麼高的境界，一旦生活遭罪，就容易被別有用心的人瓦解。