馬化龍一計未成，又生一計。金積堡守軍在北麵修築石壩，逼近馬連，逼渠水下灌。老湘軍修築長堤，從黃河與秦渠修起，連接到金積堡外一裏處，沿堤挖浚溝壕，導水注入永寧洞。
馬化龍此計沒有奏效，又派馬有全協助馬正和攻打預望城。左宗棠增派徐占彪的兩千人赴援。金積堡的部隊南下，必須取道預望城。左宗棠在攻克固原以北各堡之後，令總兵蘇如鬆設立旌善營，由回民馬柏鬆等人統領，分兵駐守該地。所以，馬化龍對此處誌在必得。
馬正和向預旺城進兵，於3月4日抵達阿布條。周紹濂與蘇如鬆從半角城趕來，一舉擊敗馬正和，將他逼向李旺堡與黑城子。
3月10日，徐占彪抵達預望城，與馬有全狹路相逢。徐占彪發起夜襲，一舉將馬有全部殲滅。馬正和在黑城子遭到李良穆攔擊，在激戰中陣亡。他的餘部從下馬關回撤，於3月24日在韋州堡被徐占彪追上，再次受創。馬化龍聽說馬正和陣亡，大吃一驚，連忙派兵東進，與一萬多名援軍會師，並力攻打吳忠堡壘。
3月23日，馬化龍的部隊攻擊一天，損失一千多人。馬化龍改變主意，決定偷襲靈州城，以牽製劉錦棠的兵力。3月29日，他令部隊在靈州西南方悄悄修築兩座營壘。但他封鎖消息仍然不夠嚴密，諜報人員向劉錦棠報告了此事。二鼓時分，劉錦棠與黃萬友率部沿河東進，逼近馬化龍的秘密營壘，發起猛攻，端掉了這兩個據點。這次勝利鼓舞了老湘軍的士氣，軍勢重新振作。
與此同時，馬正剛在陝西遭到阻擊，已經敗退入山。劉端冕會同陝西清軍接連在鄜州與甘泉發起殲滅戰，將馬正剛部捕斬殆盡。劉端冕隨即扼守楊家店，擊敗奔赴定邊的馬朝元。馬朝元所部從澄白向西挺進涇河，李輝武扼守武功與扶風，劉端冕從後麵追擊，再次將之挫敗。馬朝元全軍回師寧州，遭到魏光燾的駐防軍打擊，奔向預望城，又被徐占彪所敗，部隊潰散。
同時，南路馬占鼇的部隊從岷州和鞏昌進攻秦州，湯聘珍與梅開泰所部出兵漳縣，將之擊敗。馬占鼇從寧遠和禮縣越過鹽關，急行軍奔向西和、成徽與兩當。周開錫派兵扼守秦州，將之擊敗。崔偉和禹得彥等人聽說馬正剛回到陝西，聯合馬占鼇出兵狄道，打敗安定的楊世俊守軍，東奔通渭與秦安，並且攻擊清水。
4月份，周開錫的南路清軍集結完畢，適逢馬占鼇進入陝西隴州與汧陽，聯合崔偉和禹得彥，向寶雞進兵。李輝武兵力單薄，被馬崔聯軍擊敗。4月14日，吳士邁星夜從汧陽出擊，大破馬崔聯軍，將之截斷為兩部。禹得彥東奔岐山，崔偉掉頭從隴州西撤。吳士邁追擊禹得彥，在羅局鎮獲勝。禹得彥越過渭南，挺進蒲城和白水。左宗棠派張福齊進入陝西增援，從高陵追擊。迫使禹得彥回師甘肅寧州，撤向固原，遭到徐占彪、蘇如鬆兩部重創。禹得彥率幾百人西撤。崔偉已從隴州抵達秦安，不敢與南路清軍交手，奔向莊浪和隆德，被楊世俊擊敗，撤回河州與狄道。
周開錫旗開得勝，打算督率各部乘勝攻取狄道。馬化龍得知挺進陝西的友軍連吃敗仗，更加失望，率兒子馬耀邦卑詞求撫。他對劉錦棠說：春耕迫在眉睫，請貴軍退兵吳忠堡，行不行啊？
劉錦棠向左宗棠請示。左宗棠說：馬化龍的人要耕作，不必阻攔。但是，安撫的條件不變：必須呈繳全部馬匹和武器。
馬化龍一邊耕作，一邊加強防禦工事。他派人重修長濠，將馬連渠水引入湖內，阻止老湘軍進攻。劉錦棠指揮部隊冒險將長濠平毀，馬化龍則鑽空子重修。從4月14日到4月23日十天之間，老湘軍晝夜抄襲，終於將長濠破毀。渠水決口後，四處橫溢，平地成為汪洋。
5月2日，老湘軍並力疏浚水流，忽然西北風大作，渠水猛漲，激流湍急，波浪洶湧，衝擊蔡家橋壘的長堤。老湘軍各部排打木樁，裝填土袋，抵禦洪水。兩天後風停，渠水也漸漸落入黃河。
馬化龍幾次想水淹老湘軍，都沒能得手，又在糧食上麵打主意。5月8日，他派出部隊，從大壩和三關截奪老湘軍在廣武和中衛的糧運。黃萬友得到情報，悄悄從葉升堡渡河，搜捕馬化龍的打糧部隊。金運昌決定另辟運道，派提督王鳳鳴打通定邊、花馬池的轉運道路。陳林從金積堡出動幾千兵力，到花馬池和定邊奪糧，來到磚井鎮時，被王鳳鳴擊敗。陳林受傷，退回金積堡。
5月22日，劉錦棠派兵在靈州東南麵攔截，將馬長元奪來的牲畜全部截獲。馬長元率餘部從花馬池轉襲定邊和寧條梁。左宗棠令劉端冕出兵鄜州，將馬長元擊退。
馬占鼇等人見周開錫進逼狄道，於6月份出兵渭源，襲擾鞏昌與秦州轄境。周開錫令傅先宗、王得勝進軍鞏昌，令楊世俊、田連考從秦州出兵伏羌，在寧遠、禮縣一帶攔截馬占鼇，連連得手，乘勝攻克渭源和狄道兩城，並攻破狄道城東的牟佛諦堅堡。
左宗棠扭轉了甘肅的戰局，令各部憑洮河部署，以鞏固防禦。這時，他才向慈禧奏報戰況。
從秦州向西，經鞏昌直達狄道，距離四百多裏，中間的渭源轄境有二百多裏，其間人煙稀少，滿目荒涼。官軍進攻，必須節節設防，以保護運道暢通。駐防兵多，進攻的兵力就會不足，所以現在不能急於攻打河州。必須等到北部的寧州和靈州肅清之後，才能從蘭州出兵。從我方兵勢而論，這樣做是為了防禦後路，連通餉運；從製敵而論，這樣做是為了切斷他們之間的聯絡。
慈禧見左宗棠這麼快就扭轉了頹勢，不再多言。
李鴻章本人並不想到西北督戰，而左宗棠已經控製了局麵，便給李鴻章回信。
少荃啊，久未給你寫信，實在是因為忙得焦頭爛額。我身邊沒有一名書記官，所有的奏疏公文，全靠我手中的這支筆，哪裏寫得過來啊。
回民造反，已有八年。陝西戰端開啟，是由漢民而起。戰火繼而蔓延到甘肅，這裏的回民造反，是受到陝西回民的影響。朝廷沒有理由安撫馬化龍父子，但又不能將他們封閉起來，致使甘肅回民軍斷絕了求撫的希望。甘肅戰事萬分艱難，籌餉難於籌兵，籌糧難於籌餉，籌轉運又難於籌糧。希望少荃能夠理解西北用兵的困難，共同謀劃萬全之策。
6月17日，馬化龍派老弱回民到老湘軍大營求見，請求允許到板橋、琴橋和吳忠的各座廢堡耕作。中路首領王洪也請求修築秦渠，灌溉田地。他的企圖，是奪取永寧洞的水口。
劉錦棠知道這是對方用計，表麵上予以批準，但暗中在永寧洞和下橋設下三重伏兵，以防不測。
6月18日，王洪等人果然聯合胡家堡的駐軍殺來，老湘軍伏兵突起，擒獲王洪，將他斬殺，乘勝攻下馬八條寨和馬七寨。
胡家堡到海子墩、洋麻湖和大沙井一帶的新麥將要成熟。劉錦棠和金運昌於7月指揮部隊分路收割新麥。馬化龍出兵爭搶，老湘軍乘機攻破海子墩和杜家寨。其中有一個王紅連寨，規模最大，尚未攻克。
7月10日，劉錦棠、金運昌向王紅連寨發起攻擊，首先攻下寨外的禮拜寺，在上麵支架火炮，分兵攻擊寨堡西北麵。寨內發炮反擊，炮石如雨點般落下。譚拔萃率領一批壯士，豎起三座梯子，攀爬而上，幾次前仆後繼。張俊肉搏先登，後繼者湧入，攻破寨堡，斬殺王紅連和一千多名守軍。劉錦棠和金運昌所部傷亡幾百人。
誰主中流
劉鬆山的死，使左宗棠想起了曾國藩。
壽卿本是滌公推薦給我的。如今他歸葬家鄉，還是請滌公寫一篇文意俱佳的墓誌銘吧。
於是，左宗棠提筆給曾國藩寫信。
滌公，我對壽卿隻有役使的交情，而沒有賞識提拔的舊恩。我沒有資格為他寫墓誌銘，隻有滌公才能安慰忠魂。
滌公啊，我們八年不通音信，世人議論紛紛。他們都隻看到表麵的現象。你我君子之交，爭執難免，都是為了國家大事，與私情厚薄無關。我這個人喜歡意氣用事，也就難怪世人妄猜臆測了。壽卿去世了，我深感慚愧啊。你我已經年過花甲，今生的日子不多了，卻仍然像小孩一樣意氣用事，後輩會笑話我們啊。以前的事情如過眼煙雲，何必追究誰對誰錯？惟有互相勉勵，自珍自愛吧。我有一副對聯送給滌公，算是總括我們三十多年的交往吧。
知人之明，謀國之忠，自愧不如元輔；
同心若金，攻錯若石，相期無負平生。
曾國藩讀了左宗棠的來信，大為感動。這個目空一切的左帥，終於主動向我拋出橄欖枝了！我經常對別人說：當今海內第一號人物，就是西北的左季高。他的缺點是喜愛別人恭維，偏激自負。但他雄才大略，用兵打仗是第一好手。待人耿直，不失為良友；廉潔自守，又是少見的廉吏啊。有人問我：先生之後當是誰主中流？我答道：當然是西北左季高與京城的李少荃！
論兵戰，吾不如左宗棠；為國盡忠，亦以季高為冠。國幸有左宗棠也。
過去那些爭辯的火藥味，已被歲月衝淡。左宗棠捫心自問，感到自己過去對曾國藩的態度有些過激。
滌公的忍耐力比我強多了，他不僅要兒子曾紀澤拜我為師，研悉我的詩文，還為我推薦了名將劉鬆山，這種胸懷，能不叫人佩服麼？
曾國藩是個不錯的預言家。左宗棠和李鴻章，在曾國藩晚年，已經是中國軍事與國防的兩大支柱。而在他逝世以後，這種局麵一直維持到左宗棠的最後一息。左宗棠的部隊長期在西部作戰，而李鴻章的淮軍則在東部駐防。舉凡國家大事，清廷都要聽取這兩位爵相的意見。左李二人，文武雙全，一言九鼎，的確是身主中流。
從1870年開始，左李雙雄並立。兩人的權勢，可以相提並論。同在一個舞台上演出，若是主張不同，政見分歧，就難免磕磕碰碰。這兩個巨頭之間，沒有駭人聽聞的相互傾軋，也沒有令人感動的肝膽相照。合作有之，摩擦有之。他們各自代表一種傾向，因此，這個時期，有人稱為“李鴻章時代”，也有人說是“左宗棠時代”。
撚軍覆滅以後，李鴻章不打仗了，左宗棠還在進行艱苦卓絕的戰爭。清廷調動全國的財力來為他做後勤。軍事機器圍繞著左宗棠旋轉。從用兵的角度看，左宗棠是時代的象征。
李鴻章是清末洋務運動的巨擘，左宗棠則代表洋務運動的一個方向。洋務運動的初衷，從林則徐和魏源開始，一直非常明確。他們想做的事情，是“師夷之長技以製夷”。
他們提出了洋務運動的手段和目標。學習西方強國的先進科技是手段，目標則是抵禦西方列強的欺侮和侵略。
一方麵，封建士大夫看不到中國的落後，沾沾自喜。另一方麵，一些洋務派忘記了自強禦侮的目標，以為一味退讓才是出路。左宗棠舉起的洋務旗幟，是從林則徐和魏源手中接過來的。他在中國受到列強威逼的時代，始終夢想著把中國建設成一個擁有強大軍事實力的國家。
左宗棠長期在仕途上不得誌，踏上仕途之後，又是戎馬倥傯，南征北戰，無法以全部精力推行洋務。無論是辦外交，辦實業，辦教育，引進技術，交流人才，都隻能見縫插針。可喜的是，這些事情，仍然辦出了實效。
興辦實業，左宗棠與李鴻章所走的路子大致相同。論數量，論時間，他都爭不過李鴻章。他在戰爭中投入了太多的精力，洋務運動的許多第一，他都沒能爭到手。李鴻章有足夠的精力開辦近代軍事工業和民用事業，中國的第一個航運局，第一家電報局，第一個礦務局，第一家機器織布局，第一條鐵路，都記在他的名下。
左宗棠沒有跟李鴻章爭金牌，但他幾十年如一日，初衷不改，始終牢記洋務運動是以“製夷”為目標，而不是向洋人妥協和退讓。他在福建造船，是為了增加海防威懾力量。他到甘肅以後，聽說軍艦造了出來，配備到北洋、東洋和南洋，信心陡增。從此以後，西方列強再從海上來攻打中國，就會有所顧忌了。他在洋務運動中的所作所為，始終是為了提高綜合國力，為國防建設提供技術保障。
李鴻章對洋人的態度，始終比較軟弱。李鴻章以精通洋務聞名，左宗棠卻沒有給他這種榮譽，經常挖苦他是“自命知洋務者”。西方列強欺軟怕硬，李鴻章好像不懂，每每屈服於列強的武力恫嚇。
李鴻章一再強調，中國的實力，遠遠比不上西方各國。左宗棠卻說，西方列強固然強大，但其中也有炒作的成分。李鴻章也在炒作者之列。
在左宗棠和李鴻章的時代，西方列強之間為利益而爭鬥，國際間的戰爭，殖民地的戰爭，列強國內的戰爭，都在頻頻發生，1857年到1859年，印度發生了民族起義，英國人焦頭爛額。1861年到1865年，美國在進行南北戰爭，無力顧及海外。1870年到1871年的普法戰爭，削弱了普魯士與法國的實力。戰爭在消耗西方列強的經濟和軍武，這些國家未必願意輕易對中國開戰。如果中國具有國防實力，堅定反侵略的決心，不怕侵略，力爭和平，是可以免受外國欺侮的。
1865年1月，浩罕國的軍官阿古柏率部入侵新疆，此後自封為王，自立國號為哲德沙爾汗國，侵略勢力擴張到整個南疆地區。
阿古柏來到中國以後，就賴下不走了。1867年，即同治六年，阿古柏所部占領了整個南疆地區。他自封為“畢調勒特汗”，意思是享有洪福的大王，他建立的政權史稱“哲德沙爾”，意思是“七座城市”。