劉錦棠派人飛馬請示左宗棠，一邊令馬化龍的兒子馬耀邦平毀寨牆，呈繳馬匹、武器和戶籍，等候命令。
此後，餘彥祿等人從河西率領幾千部眾，陸續趕來投降。餘彥祿負傷後兩頰洞穿，舌頭發爛，說話含混不清，已經奄奄一息了。
金積堡一帶的陝西回民，尚存男女一萬一千多人。左宗棠令劉錦棠將這些人分批解送平涼，安置到平涼華亭境內的化平川。從此寧、靈兩州沒有了陝西回民的蹤跡。
左宗棠非常重視金積堡的善後，派出一名要員會同辦理。這個人就是陳湜。
湘鄉人陳湜因西撚渡黃河時防堵不力，被革去山西按察使的官職。這個湘軍名將從此消沉。左宗棠重返陝甘後，決定給他一個複出的機會，把他調到大營總理營務。現在派他前往金積堡，便有了冠冕堂皇的理由，請朝廷撤銷對他的處分。
惟陳湜處分尚未開複，茲派赴金積會同籌辦機要諸務，責任匪輕。該員到營以後，已著戰功。應請旨先開複原品翎頂，以肅觀瞻。
左宗棠一直是陳湜心中的偶像。他家距離周貽端的家不遠，他在少年時代經常聽說才子左季高的傳奇故事。如今左宗棠不負粉絲所望，給了他一個新的起點。
對於馬化龍，左宗棠經過深思熟慮，認為此人對於河西王家疃各堡的招撫具有影響，決定將他留在軍中。
1月31日，左宗棠向清廷上了一道密奏。
兩宮太後明鑒：我接到來自金積堡的稟報之後，思前想後，猶豫再三。西部邊陲不穩，至今已有九年。陝甘的回民，都聽從金積堡的號令。馬化龍確實智勇非凡。他若不是被逼到了絕路，決不會冒著殺頭的風險來求生。如今他隻身來投降，並非官軍引誘而至，我們握有主動權，殺之不武。看他在投降書中的措辭，顯然是要把罪責一人承擔，贏得部眾的好感，這是籠絡人心之計。我們把他殺了，就中了他的計策。官軍已攻克金積堡，全局已在掌握之中。如果殺了馬化龍，王家疃的回民首領便會心懷疑懼，這樣反而會拖延戰事，也不利於其他地方的安撫。馬化龍可否暫緩處死？若蒙應允，此事須嚴守秘密。
慈禧準了左宗棠的折子。
馬化龍不想死，配合官軍勸降。他於2月份派人到王家疃，將他派到王家疃的何生洲等部幾百人招回金積堡接受安撫。2月11日，金順和張曜攻克王家疃。2月17日，通昌堡和通貴堡的守軍參謁黃鼎投降。崔偉等人聽說金積堡已被攻破，便從涼州撤回河州根據地。
左宗棠關注著金積堡戰役的善後，忽然接到周開錫的急報：甘肅清軍範銘所部士卒在岷州叛變。此事發生之前，周開錫就有所防範。他認為範銘所部成員冗雜，前後將他手下的十營調駐鞏昌，以孤立範銘。範銘部隊中的會黨尤芝政等人，脅持改組後的餘部造反，範銘無法製止，離軍逃走。周開錫派楊世俊和張仲春前去討伐。
左宗棠將此情形奏告朝廷：甘肅軍隊混亂，是因為軍餉奇缺，卻不斷地增募兵勇。營製沒有製訂，軍餉也沒有定額，軍令無法得到嚴格的執行。原本打算淘汰冗雜的兵員，組建精幹的部隊。此項工作處在起步階段，不免議論紛紛。我不會因此而罷手，一定會謹慎地推進。
劉錦棠從各個回民村堡中挑選一千八百名壯丁，作為義勇，分派到各營，逐步編造馬化龍餘部的戶口。馬耀邦已將馬匹武器呈繳完畢，老湘軍在堡中又搜出藏匿的洋槍一千多枝。劉錦棠提審馬化龍父子，要他們交代傳教和勾結外國人從事的秘密活動。受審者堅決不肯承認。
3月2日，劉錦棠提出馬化龍父子及其親屬十三人，以匿藏槍械的罪名處以極刑。同時處死馬化龍部屬中已有官職者八十多人。金積堡被夷為平地，堡中老弱婦幼一萬二千人，送到固原州安插。外來人口及被脅迫的甘肅回民三千多人，則遷移到平涼安置。