劉錦棠率領老湘軍凱旋南下，補充兵員。金運昌所部調駐纏金，劉錦棠在北麵留下五千名軍士，由提督蕭章開統領，駐紮靈州。
撤到河州的禹得彥等人，派出一支部隊，於7月份悄悄開抵半角城，勸誘米包山投降，從西山向東推進。雷正綰和黃鼎從靈州凱旋回師，會同周紹濂所部，在苦泉井將禹得彥的這支部隊全殲。同時，楊世俊在秦州境內攻下鞏昌，張仲春肅清了岷州的遊擊造反武裝，洪惟善肅清了階州的綹軍。
已向清廷投降的清水回民首領李德昌，曾經主動請求前往河州，勸說禹得彥等人受撫。左宗棠說：不勞你去做說客，禹得彥那些人應該自動投降。禹得彥等人聽說河西還有戰事，久未拿定主意，一直拖到7月份。
左宗棠見後路已經肅清，打算一意進兵，上奏進兵方略：蘭州東、西、南三麵都緊連河州，河州不靖，蘭州不能解嚴。我打算派出中、左、右三路部隊進攻河州。
左宗棠尚未發兵，新疆傳來更糟的消息。7月4日，俄國出兵侵占新疆伊犁地區，聲稱代中國收複失地。俄軍並有進一步東侵的跡象，新疆形勢危急。
劉錦棠告假六個月，扶著劉鬆山的遺棺，帶領傷殘的軍官和勇丁返回家鄉。他打算在家鄉選募勇丁補充兵員。左宗棠感念劉家叔侄勞苦功高，盡管在用兵之際，仍然批準了假期。
左宗棠在各路部隊集結以後，於8月份下令分路前進。魏光燾奉調移駐固原以北直至平涼一帶，保障後路安全。
8月27日，左宗棠率親兵從平涼進駐靜寧。
慈禧不管俄國人怎樣巧言，認為俄國占領伊犁就是侵犯領土。她在9月1日得到奏報以後，立即命令左宗棠為收複新疆作準備，全力攻取肅州，作為進軍新疆的大本營。
慈禧對於新疆的收複，下了很大的決心。伊犁事變之前，新疆就發生了很多變故。幾年前，西寧一個名叫妥明的回民遊曆關外，傳播新教。同治三年，陝西和甘肅的漢民與回民發生糾紛，妥明趁機起事，率部占據烏魯木齊，戕殺都統和提督，派兵分駐古牧地、瑪納斯和吐魯番各城。那時，俄羅斯剛好滅了浩罕國，該國的安集延部失去領地，喀什噶爾的回民金相印引導他們的首領帕夏進入邊城，安集延部趁勢攻占了新疆南路的八座城池。
帕夏占據新疆回民居住地以後，派兵攻打烏魯木齊，把妥明打得投降。帕夏把他收歸帳下，令他仍然駐守烏魯木齊，另派甘肅回民馬仲擔任阿奇木，監督妥明。
迪化民團將領徐學功為了收複國土，起兵反抗，斬殺了馬仲。馬仲之子馬人得承襲了父親的職位，與妥明關係緊張，糾集安集延人攻擊妥明。妥明逃到瑪納斯城，在這裏死去，時值同治九年。
帕夏在新疆各城征收地稅，令回民和漢民都改易服裝，遵從浩罕國的風俗。從此，新疆全境都落入侵略者之手。就是在這樣的背景下，俄羅斯以回民軍多次襲擾該國邊境為由，突然派兵逐趕回民軍，占據伊犁，並聲言將要代替中國政府攻取烏魯木齊。
新疆呈現如此複雜的局麵，各種勢力的盤踞，都在分割中國的領土。慈禧命令左宗棠收複新疆，表明西太後決定維護這一大片國家領土的完整。
慈禧把收複新疆的重任托付給左宗棠，確實是找不出更合適的人選。對新疆負有直接軍事責任的烏魯木齊提督成祿，率部久駐肅州高台，不敢進軍他的轄地。在左宗棠騰出手來之前，慈禧令榮全代理伊犁將軍，領兵收複伊犁。她再次催促成祿出關，與都統景廉所部會合，攻取烏魯木齊。她還給劉銘傳下了指令，叫他帶領淮軍從陝西取道肅州，隨後向新疆推進。
為了保障進兵新疆的後路，慈禧令左宗棠分兵進駐肅州。左宗棠急調徐占彪的靖遠部隊六千人，從涼州和甘州趕赴肅州。
左宗棠很快就對慈禧的軍事對策做出了積極的反應。9月11日，他專為此事上了一道奏折。
俄國占領伊犁，名義上是代我國收複，話說得漂亮，但是心懷叵測。據說，他們還聲稱要派兵前往烏魯木齊，代我國收複該地。這是把糠舔完了，想要吃米了。他們企圖向內地推進，道理上講不過去。烏魯木齊是新疆的重地，我們決不能放棄。就甘肅形勢而言，本應先取河湟，杜絕紛擾，然後專心向西進兵，分兵扼守玉門關，斷絕敵軍退路，才能收到全功。此時立刻興師遠征新疆，不盡穩妥。然而，強大的鄰國覬覦我國領土，企圖倚靠計謀得逞，我們也就顧不得那麼多了。我遵旨改變原定先攻河湟後攻肅州的計劃，決定同時並舉，急派徐占彪統率蜀軍馬步十二營向肅州推進。