文煜和王凱泰說，我國所造的輪船，比起外洋軍艦，還有很大的差距。我沒有見過他們的奏章原文，不知他們說哪些地方不及外洋軍艦，也無法憑空揣測。不過，既然文煜等人稱讚我國製造的輪船非常靈捷，又說撥給富商使用太可惜了，足以證明我們的產品並非不適用，數百萬兩銀子也沒有白花。他們所說的差距，也隻是就目前而言，並不是說中國的產品始終都無法超過外國。
西洋各國製造輪船，自開始到如今，已經有了幾十年曆史，他們的花費怎麼數得清！現在我們隻是學造了三年，隻耗費幾百萬兩銀子，就能達到他們的水平，沒有一點差距，我是決不敢相信的。不過，從側麵聽到西洋人議論，都說中國在製造和駕駛方麵必然會有成就，而福州船政局地理條件很好，設置也很恰當，他們傳閱圖紙，無不歎服，這也足可以證明我們已經做出了明顯的成績，以後還會有更大的成就。至於究竟能不能打勝仗，現在海上無人挑釁，輪船雖然造成了，沒有投入戰爭，如果硬要說有必勝的把握，那是無稽之談。但就目前而言，製造輪船已見成效，船的炮位和馬力，與外國輪船相當，管駕和掌輪，都漸漸熟習，並無洋人摻雜其間，一旦遭到侵略，指臂相聯，遠非從前有防無戰可比。這個道理，也是經得起考核的。
造船是沿海地區絕對不能中止的事業，也是國家決不可缺少的事業。如果按照言官的意見立刻停止，那麼毫無疑問，隻要停止製造，外國就能永遠占有購買和雇用的利益，我國便失去了自強的宏圖大業，削減了軍事實力，而長了敵人的誌氣，肯定大為失算。如果說是為了節省費用起見，而要停止製造，那麼已經用去的三百多萬還能追回嗎？支付的三十多萬兩訂金和洋人員工的薪酬還能扣除嗎？所謂節省又在哪裏呢？
左宗棠言之鑿鑿，再次說服了慈禧。朝廷有旨：不議停辦一事。
終於到了蘭州
新疆的事態進一步惡化。1872年6月8日，沙皇俄國與阿古柏簽訂《俄國與喀什噶爾條約》，承認阿古柏為哲德沙爾元首。“哲德沙爾”即“七座城市”之意。俄國人拿別人的東西做人情，倒是大方得很，一下子甩給阿古柏七座城市。俄國人侵占了阿古柏的國家，將他們驅趕到中國，然後在中國境內承認阿古柏的統治，這個玩笑真是開得不小。
作為回報，俄國從阿古柏手裏得到了在南疆從事商業貿易的特權。阿古柏在新疆的喀什、英吉沙、莎車、和田、阿克蘇、烏什、庫車等地，懸掛出奧斯曼土耳其帝國的國旗，發行自己的貨幣。
肅州的情況也不容樂觀。關外的三千回民入關增援肅州，馬文祿下令在城西南塔爾灣增修壁壘，連接黃草塥，阻擋徐占彪的攻擊。
6月23日，徐占彪派歸化勇引誘城內守軍出戰，將之重創。守軍撤到城東的朱家堡。徐占彪所部向塔爾灣攻擊，連破十幾座堡壘，又多次打擊關外的增援部隊，斬殺他們的大將。
7月11日，馬文祿出動幾千兵力，著白衣，戴白巾，貼著黃紙。在南門排列好陣式以後，在陣前斬殺一名婦女和一條狗，作為驅魔鎮邪的方術，然後，步步逼壓推進。
徐占彪令各營戒備，靜待敵軍銳氣衰竭。馬軍很快推進到距離徐占彪兵營幾丈處，忽然，西邊有大片黑雲壓來，馬軍陣列上空雷雹交作，將火器全部淋濕。徐占彪營中響起戰鼓，壁門大開，部隊一並殺出，馬軍亂作一團，全線潰退。徐占彪揮師縱橫出擊，馬軍留下一片屍體。徐占彪一直追到城下，方才收兵。
7月22日，徐占彪乘勝攻打城東北的各座堡壘，全部掃平。7月26日攻下了朱家堡。從此，守軍環城修築的防禦堡壘大部分都被拔除。
西寧的招撫無法全麵鋪開。馮邦棅所部開到碾伯後，馬永福代表西寧米拉的各支部隊，表示願意交出馬匹和武器。大南川和小南川的陝西回民軍，卻隻有崔偉一支求撫，禹得彥和白彥虎兩部不甘心投降。
馬文祿知道禹白二人可以依靠，從肅州派人前來求助。禹白二人分兵從大通、北原趕去增援。他們又做表麵工夫，呈繳幾十匹戰馬和少量武器，以為緩兵之計。馬永福等部則借口要留下馬匹和武器抵禦禹得彥和白彥虎，觀望時局變化。
左宗棠盼望的劉錦棠，已率老湘軍從湖南趕到。左宗棠給他增撥四營騎兵和步兵，令何作霖率領四千人先從平番奔赴碾伯。劉錦棠自己率領五千人繼進。左宗棠令馮邦棅加緊催促禹白二人呈繳馬匹和武器，把他們的部隊拖在西寧。
河州方麵，馬占鼇呈繳了全部馬匹和武器。左宗棠下令張貼告示，允許他們就撫，逐步將陝西回民和外來回民遷出。他派河州總兵沈玉遂守衛轄地，任命潘效蘇為河州知州。部署妥定以後，7月30日上疏奏告安置情形，並於同一天批準馬占鼇求撫，將三千三百四十四名回民和漢民遷移到安定和平涼等地安插。
肅州的馬文祿戰到8月份，城內糧食匱乏，力有不支，請求招撫。徐占彪認為他缺少誠意，不肯與他交涉。馬文祿想：你不受降，城裏這些人也得吃飯。他悄悄派人出城，占據廢堡，收割糧食。可是出城的人每每被徐占彪擊退。徐占彪打算困死守軍，分兵環城駐紮。可是部隊調光了，還剩下北門無法合圍。馬文祿沒法收割糧食，一氣之下，天天派兵出城攻打敵軍營壘。與其餓死，不如戰死。徐占彪四處抵禦，雙方都拚掉不少性命。
夏秋之間，左宗棠創辦蘭州製造局，下令把西安製造局的設備遷到這裏。任命賴長擔任總經理。所謂製造局，就是兵工廠，主要仿造先進的槍炮彈藥，兼造織呢機和抽水機。左宗棠指望這個廠子盡快為部隊提供先進的武器裝備。部隊出關，就要跟外國軍隊作戰，必須擁有先進的裝備。
8月18日，左宗棠從安定轉移，入駐陝甘總督駐地，即甘肅省城蘭州。
左宗棠決定盡快結束西寧的戰事。8月23日，何作霖奉命率部前往碾伯。9月3日，劉錦棠率領老湘軍分起進駐碾伯，放出風聲：要向大小南川發起攻擊。
老湘軍剛剛開到平戎驛，馬桂源已經集結部隊，約好禹得彥和白彥虎一起作戰。他們推舉代理西寧遊擊馬本源為元帥，統領城內的回民部隊和百姓。此人是馬桂源的哥哥，糊裏糊塗被弟弟抬上了高位。馬永福不想看到戰爭，但他無法製止。
西寧城內的漢民聽到消息，立刻緊張起來。可是，清廷委任的大官都不在城內。西寧辦事大臣豫師和總兵黃武賢都住在威遠堡。漢民們隻得關閉城門，將馬桂源擋在城外，請西寧道郭襄之主持防守。
西寧城東北有湟水作為屏障，從大峽口直達小峽口，八十多裏水道，其間高峰危聳，中間隻有一線河岸可通，路寬隻有幾尺。南麵和北麵，則是溝岔縱橫。馬桂源想：部隊駐紮在這個險峻的地帶，怎麼也能跟官軍周旋一陣了。
9月12日，劉錦棠率部到峽口巡視，分兵駐紮馬營灣和三十裏鋪。馬桂源連續幾天攻擊老湘軍，每戰出動大批兵力，彌山塞穀，四處襲擊。老湘軍發現此仗確實不好打，隻得從湟水兩岸夾擊，忽南忽北，輪流援應。
老湘軍苦戰到9月29日，才奪取了禹得彥的南川軍營。10月份，接連攻破駱駝堡、觀音堂溝各寨。部隊冒險深入，往往列隊露立風雪之中，忍饑受寒，晝夜不得休息，付出極大的代價，先後擊殺守軍上萬人。
左宗棠接到肅州的軍報，徐占彪伸手要援兵了。
左公，我的部隊幾次攻破了肅州城濠，無奈兵力太短，還是無法合圍啊。
其實左宗棠早已打算向肅州增兵，可惜未能如願。西寧戰役打響時，他曾建議穆圖善領兵進駐甘州和涼州，以增加西路的兵力。穆圖善不願西征，請求擔任陝西的防務。左宗棠也不勉強，改派楊世俊的狄道駐軍開往甘州。楊世俊所部也不願西調，中途有幾百名軍士嘩潰。左宗棠上疏自劾，請調宋慶所部到甘肅。清廷準奏。
11月1日，劉錦棠所部在湟水北岸增修壁壘，第二天乘勢奪占高寨，擊殺馬桂源的兩千部眾。左宗棠知道老湘軍已困憊不堪，立刻增派劉明燈等部助攻。劉錦棠分兵扼守要隘，移營駐紮高寨。
11月10日，老湘軍進襲小峽口，奪得山麓的三座壁壘。馬桂源從小峽之內出動一萬多名援兵，並力殺來爭奪。從早晨戰到下午，老湘軍將士裹創力戰，才打退馬桂源的進攻。馬桂源分兵抄襲老湘軍後路，都被何作霖擊敗。
11月12日，劉錦棠挑選將士攻打南山各卡，自己領兵攻打北山壁壘。軍士們埋伏在濠內，踩肩搭成人梯登上壘牆，攻破三座軍營。同時攻克南山卡壘。如此一來，才與西寧城內互通聲息。郭襄之終於看到了希望。
11月18日，老湘軍抬炮攻到山腰，馬桂源命令各個壁壘出擊，從小峽口分三路進攻。劉錦棠分兵抵禦。他把鄧增叫來，令他測準守軍壁壘，用大炮轟擊。頃刻間，各壘牆障坍塌。劉錦棠揮師猛進，士卒無不一以當百，守軍大亂，全線潰敗。老湘軍隨即攻破北山四麵卡壘，乘勝從山梁俯衝而下。守軍分兩路迅速撤退，峽內的所有軍營頓時瓦解，丟棄的馬匹、騾子和武器堆積成山。當晚，馬桂源和馬本源縱火焚燒東關，率領所有將領奔向東川。
老湘軍主力於第二天開抵東關。城中被圍已有兩個多月，郭襄之和知縣恩祿率領男女難民三萬多人出城迎接，一見劉錦棠，喜極而泣。城內尚存一千多名回民，劉錦棠令他們全部在原地安居。附城內的回民紛紛出城，請求安撫。崔偉和禹得彥等部敗居西川，紛紛到老湘軍大營請求投降。劉錦棠令他們即日呈繳馬匹和武器。
馬桂源見勢頭不對，繼續逃亡，進入巴燕戎格。但部屬不再聽命於他，陸續逃回，接受安撫。
劉錦棠不負重望，已將北路打通。左宗棠提議恢複蒙鹽規製，奏請蠲免商人積欠的稅額。為了解決福建船廠費用不足的困難，奏請從福建協助甘肅的軍餉中，每月調撥二萬兩銀子接濟船廠。
11月20日，劉錦棠率老湘軍進入西寧。