慈禧看了這份折子，知道左宗棠終於挑起了重擔，還把位置前移到肅州，於是大大地鬆了一口氣，連忙下詔嘉勉。
不久，總理各國事務衙門給左宗棠來信，表明了一種擔憂：俄國軍隊護運糧食到古城，會不會留下後患？左宗棠回答：不必擔憂。
俄國幫助英國，會有什麼好處呢？他們分不到鴉片之利。與中國交好，卻能專享湖茶之利。他們主動請求代辦軍糧，是為了向我們示好，並非包藏禍心。索思諾夫斯齊行至哈密，寫信給我，說在山諾爾的駱駝患病，無法把糧食運到古城，請求送到布倫托海，由金順所部轉運。我回答：還是照原議辦理為好。後來接到張曜從哈密的來信，說近來駱駝疫病盛行，看來索某並沒有說假話。
俄國人正在幫我們運送軍糧，正好可以接濟前敵部隊。在山諾爾就是宰桑淖爾，前麵與布倫托海相接，後麵與塔爾巴哈台相接，南近烏魯木齊、瑪納斯敵軍巢穴。我軍在塔爾巴哈台駐防的部隊不多，布倫托海的官兵裁缺已久，正需要俄國部隊彌縫補漏，所以我同意了他們擬訂的辦法。從現在的情況來看，一定要等到新疆大局已定，才能與俄國畫定疆界，從新布置。現在操心，沒有實效，何必先啟論端呢？
左宗棠心係西征，還關心著甘肅的科舉。甘肅有史以來的第一次分闈鄉試在此期間舉行，他於9月5日入闈監考，9月9日出闈。考生人數達到三千多名，比以往全西北參考的考生多出三倍。
緊接著，他做出一個重要的決策：將劉錦棠和他的老湘軍派到關外。他奏請朝廷任命劉錦棠總理行營營務處，率老湘營全軍隨同出征。同時，起用劉典幫辦陝甘軍務，留駐蘭州，為他把住大後方。
為什麼非要把湖南人擺在關鍵的位置不可？他對譚鍾麟說了一番心裏話。
幾年以來，這裏多虧有楚軍支撐，才會有今天的局麵。不但戰伐之勞，就是修築城堡、開浚水利、廣興屯墾、平治道途、種樹薅棉等事，絲毫沒有借助百姓的力量，節省的費用何止巨萬萬！工程竣工時，稍微給一點犒賞，沒有開列專款奏報朝廷，成效卻是有目共睹，人人都知道，人人都在談。如果不是湖南人的奮鬥，怎麼能夠辦到！現在積欠的軍餉日益增多，而應辦的事情尚待依次施工，如果不是與楚軍熟悉並且為部隊所信服的人，又怎能接著辦下去呢？我盼望克庵來接手，也是不得已啊。
這次我頭白臨邊，衰病纏身，不能不預先找人代替。派劉毅齋總理行營營務，是為以後儲備人才；請克庵幫辦軍務，是為預防內顧之憂。我這樣做，既可以說不是為了自身考慮，也可以說就是為了自身考慮，知心者自然能夠體諒！
左宗棠一邊感慨楚軍的功勞，一邊為自己遠在西北，不能主持海防而遺憾。他指責海防不能穩固，實在是因為李鴻章隻看眼前，態度軟弱，恐怕因此而招來攻擊。他以自己無法在朝廷發表意見而感到羞恥，希望能有機會暢所欲言。
9月20日，英國公使威妥瑪出麵，為阿古柏居間調停說降。清廷回答得很幹脆：此事由左宗棠定奪。
9月24日，左宗棠令劉錦棠的老湘軍作為西征主力，並請朝廷催促各省關迅速解運協助的軍餉。
9月26日，左宗棠針對英國以“調停”為名阻撓西征，明確表示：戰陣之事，權在主兵之人，非他人所可參預。
與此同時，他創辦蘭州火藥局，加緊生產軍火。
朝廷命令各省關將所欠的西征軍餉提出一半，限期解運到甘肅。由於馬嘉理一案還沒平息，朝廷留下稅厘，撥給海防備用。陝西糧台奏請提取年終的月餉六十萬兩，一直得不到響應。左宗棠令後勤部門向商人籌借款子。出關各軍已經調赴涼州，等待軍餉解到，才能進發。關外南北兩路糧運費用巨大，叫苦連天。
借款風波
左宗棠一直等到1876年1月，西征所需的軍餉還沒有到齊。
萬不得已，他於1月10日奏請參照增援台灣的舊案，借洋款一千萬兩，記在各省關應該協助西征軍餉的賬上，分十年劃還。
現在出關各軍都在涼州集結訓練，計劃在明年正月開拔。我等到劉典抵達蘭州以後，和他麵商留防善後事務，十天內便會啟程。但是前方的軍火、彈藥、糧食和柴草，雖然略有儲備，但部隊無法攜帶一月的餉需行軍，如果後路沒有糧食接濟，後果不堪設想。出塞作戰，成敗利鈍，無法逆料。我們不能舉著兩隻空拳頭去遠征啊。
左大臣要借洋款，朝廷請洋務派的兩江總督沈葆楨發表高見，因為他指揮台灣保衛戰時，就曾借過洋款。沈總督素來跟左宗棠關係不錯，沒想到這次他站到了李鴻章一邊，給左宗棠潑了一盆涼水。
西洋各國都借國債，但西洋各國都因此而承受著壓力。去年的台灣戰役，外省毫無支援，我才出此下策。後來借到二百萬兩，日本已經撤軍，我就不敢再借了。
新疆的事情，不是一兩年就能辦好的。就算各城都已收複，但新疆與俄國為鄰，還要設市設防，朝廷必須重新布置。洋人借給我們一筆巨款，然後從海關索還，海關呢，仍然要等待各省出錢。過去各省隻籌協助西征的軍餉，已是很難催到，現在又多了一項支出，還要籌借款的利息，又怎能如期歸還？協助的軍餉拖延了日期，海關就吃緊了；海關虧空一大截，就沒有錢供給國家財政，國庫就空虛了。
左宗棠上一次借了三百萬兩，要到光緒四年才能還清，現在又要續借一千萬兩，從今年開始計算利息，明年就要還本。海關應接不暇，而西陲部隊的士飽馬騰，堅持不到兩年光景，又得勒緊褲帶。進兵越遠，轉運越難，需要的軍餉也就越多，半途而廢又不行，又得責成各省出錢。大家除了還債，還要另外拿錢來接濟西征，哪有這個能力？那麼再借洋款行不行？顯然不行，那時海關已經無錢可扣，拿什麼墊付？大家怎麼忍心看著左大人這位中興元老坐困於絕域？所以我們再三考慮，還是不敢孤注一擲。
清廷將沈葆楨這番消極的言論轉達給左宗棠，請他考慮。左宗棠想：李合肥（李鴻章）財大氣粗，如今小沈都跟他一個鼻孔出氣，話裏帶著譏誚，拿西征大事當兒戲。你不就是要為李鴻章多爭一點資金麼？老夫得好好教訓一下這個半吊子洋務派才是。於是提筆奮書。
我之所以奏借洋款，本來是因為各省關應該協助的款項積欠太多，直到提出增加海防預算的議案提出，比常年又減到一半以下，頻頻催促，都得不到響應，萬般無奈，不得已而有此請。難道我不知道借用洋款並非上策？
沈葆楨原來可不是這麼說的。他在奏折中說過，英美舉債，對於本國還是藏富於民，不像西班牙等國對外輸出利息。指出各國舉債的差異，效果有的相同，有的不同，還沒有接觸到事情的本質。我們的西征用兵，是為了收複原來的疆域，並非爭奪領土。借千萬巨款接濟目前的急需，是為了軍隊不必停在那裏等待軍餉。十年的利息，消耗雖然不少，但本錢先已借到，部隊得以迅速投入戰鬥，應辦之事可以速辦，例如減撤防軍，節省浪費，製訂新的製度，大開利源，隨時隨處注意節約，這十年中消耗的利息，可以從十年的努力中得到補償。這跟日本侵略我國，與洋人共享利益，不可同日而語。
另外，用海疆每年應該協助西征的軍餉，償還每年應還陝甘借款的本息，隻要拿出不到一半的款額就足夠了。這樣對塞防大大有利，而對海防絲毫無損。
沈葆楨說，各省協助西征的款項，本已很難催到，又叫他們拿錢來還利息，怎麼可能如期償還呢？提出這個問題，隻是混淆視聽。
過去借用洋款，都是由海關出票，確定數額，督撫蓋上大印，承諾還款。各省關所借的款額，隻是按規定應該協助西征的款額，並非在此額之外，還要承擔利息。這筆款子，與各地應該上繳國庫的款子毫不相幹。
沈葆楨又說什麼海關吃緊，國庫空虛，根源在於各省協助軍餉拖延期限。這也是無稽之談。現在已經奉到諭旨，從光緒二年起，誰的撥款沒有達到指標的八成以上，就要撤職嚴辦！朝廷諭旨，誰敢違抗？今後海關根本不會代人受過。
平心而言，借用洋款，對中國的確是有益無害。西方各國的興廢存亡，與借債不借債沒有關係。如今局勢擺在那裏，我如果不是靠著先後借用洋款，部隊不可能生存到今天。去年李鴻章上奏，就提出要借二千萬兩。沈葆楨本人辦理台灣防務，也曾借用洋款六百萬兩，因為日本撤軍，戶部決定停借四百萬兩。現在日本那邊安靜了，西邊戰事緊急，把老辦法再用一用，有何不可呢？
請朝廷下旨，令兩江督臣立刻代我借洋款四百萬兩，迅速送來甘肅。我用這筆款子還清剛從陝西、湖北和上海借來的一百二十萬兩，還可餘下二百幾十萬兩，好歹對付一陣。如果各地從今年正月起，能將八成以上的西征款送來，我的部隊有軍餉源源而來，能夠拆了東牆補西牆，我又何苦頻頻催促，自討沒趣呢？如果各地不能如數將西征款送到，那麼我還是百般無奈，既然洋款不能借，那就非得向華商息借巨款不可了。這是我的苦衷，不得不預先申明。
左宗棠一方麵理直氣壯地駁斥沈葆楨，另一方麵，對於向洋人借錢打仗還是耿耿於懷，愧疚於心。他在給吳大廷的信中說：打仗沒錢，需要借餉，已經是一件糗事，而借餉還借到外國人那裏去了，仰仗外人的鼻息，真是不爭氣啊，真是無恥啊，是臣子的罪過啊。東部省份的官員，對於西征軍餉置之不理，逼得我隻能借款，而他們還從中阻撓，究竟居心何在？
慈禧倒是非常體諒左宗棠的難處，一紙詔書，解決了左宗棠的所有難題。
左宗棠出師塞外，必須士飽馬騰，方足以壯軍威而張撻伐，各營將士踴躍前驅。西征餉銀未能足數，致有積欠口糧，此次遠道進兵，糧餉必須充裕。左宗棠前議借洋款一千萬兩以備應用，因耗息過多，請減借四百萬兩，係為節省經費，顧全大局起見，惟現當大舉深入，酌發欠餉，豫備行糧，需款甚巨，恐不足資周轉。該督即以肅清西路自任，何惜籌備巨款，俾敷應用，以竟全功。加恩著於戶部庫存四成洋稅項下撥給二百萬兩，並準其借用洋款五百萬兩，各省應解西征協餉，提前撥解三百萬兩，以足一千萬兩之數。洋款如何籌借，著左宗棠自行酌度，奏明辦理。欽此。