白彥虎見右路已敗，立刻率領死黨先逃，部眾大潰。黃萬鵬各部乘機掩殺，幾十裏路上都有敵軍屍體。追到察爾齊克台，斬殺幾千人，俘虜一百多人。
10月23日，老湘軍越過一百四十裏戈壁，追到哈拉裕勒，乘夜開進劄木台，距阿克蘇城隻有幾裏。登高遙望，隻見城上槍矛林立。
探馬報告：白彥虎見官軍進兵神速，已挾持回民首領逃走，城內有回民十多萬人，正嚴陣以待。劉錦棠下令：派人喊話，令他們推舉頭領出城接受安撫。這一招立刻見效，劉錦棠率部進城。然後點齊人馬，分兵兩路，一路向西南追蹤，另一路向正西攔截。追到胡瑪納克河，擒斬上千名敵軍。
敵軍分路逃跑，安集延將領們奔向葉爾羌，白彥虎奔向烏什。劉錦棠決定暫時不追安集延人，專追白彥虎，令各部向烏什進發。
10月25日，老湘軍踏冰渡過胡瑪納克河，抓到白彥虎死黨馬有才等十六人，全部處死。白彥虎殘部更加惶恐，全部逃走。
10月28日，老湘軍追到烏什城東，抄到敵後，斬殺一百幾十人。白彥虎派部屬馬壯齋和金寶與俄國人聯係，從布魯特邊境逃往喀什噶爾。第二天，老湘軍追擊九十裏，抵達阿他什伯，放眼望去，全是戈壁，便收兵平定烏什。
老湘軍自從收複庫車以後，就地采糧，節省了大半轉運。到此為止，南疆東四城全部平定，部隊行軍作戰，已經不愁無糧。
11月6日，張曜所部從喀喇沙爾進軍庫車。庫車以南沙雅爾的回民首領麻木爾乘官軍攻克庫車之時，率領幾百名部眾依附安集延將領，悄悄奔向距阿克蘇四百裏的哈番，企圖襲擊官軍。
諜報人員得到情報，連忙向劉錦棠報告。11月12日，劉錦棠率二千名騎兵和步兵攻擊屈烏克拱拜，將麻木爾所部全殲。
在此之前，和田的伯克呢牙斯得知官軍南下，迅速集結所部回民攻打葉爾羌，響應老湘軍的攻勢。帕夏的長子伯克胡裏得到葉爾羌大通哈的報告，留下阿裏達什防守喀什噶爾，自率五千騎兵增援葉爾羌。伯克胡裏走後，白彥虎從布魯特邊境逃竄到喀什噶爾，阿裏達什拒不接納。叛軍將領何步雲與英韶等人趁機占據漢城，宣布反正。
伯克胡裏領兵來到葉爾羌，大敗呢牙斯，攻克和田。呢牙斯無處可走，隻得投奔張曜。
伯克胡裏一戰得手，向英國和俄國告捷，帶領部眾從英吉沙爾返回喀什噶爾。路上聽說庫車失守，何步雲反正，他一氣之下，將英吉沙爾的漢民全部屠殺，令阿裏達什接納白彥虎，並力攻漢城。
何步雲勢單力孤，派漢民與回民抄小路向老湘軍告急。劉錦棠剛剛回師阿克蘇，與譚拔萃和羅長祜商議先取葉爾羌。聽說何步雲在喀什噶爾反正，身陷包圍，決定先攻喀什噶爾。
餘虎恩，桂錫楨！你們率領兩千人，從阿克蘇取道巴爾楚克瑪納巴什，前往喀什噶爾。黃萬鵬，張俊！你二人率領兩千人，從烏什取道布魯特邊界行軍，目標也是喀什噶爾！行期自行決定，一定要於十一月廿四日在喀什噶爾會師！
劉錦棠等到兩部出發以後，自己領兵出駐巴爾楚克瑪納巴什，扼守葉爾羌與和田的衝要，為兩部聲援。
12月17日，黃萬鵬所部抵達喀什噶爾城以北的麻古木，餘虎恩所部抵達喀城以東的牌素特，兩軍相距六十裏。
喀什噶爾城內，伯克胡裏駐守城東北，白彥虎駐守城東，裹挾的回民聽說朝廷大軍開到，紛紛走散。安集延將領屠殺百姓，仍然無法製止。守軍見勢頭不妙，又決定開溜。白彥虎向西北方逃遁，伯克胡裏和餘小虎保護家累和輜重向正西逃走。留下小部隊守城，企圖拖住官軍。
當晚，餘虎恩率蕭元亨、戴宏勝從城東大道進攻，隻見城內守軍縱火，光如白晝。餘虎恩令輕騎為左右翼，首先攻擊卡隘。剛到城下，敵軍一千多騎衝來。餘虎恩指揮步兵大戰，將回民將領王元林刺落下馬，敵軍立刻退卻。老湘軍騎兵聯合圍攻，將敵軍殲捕殆盡。
這時，幾千名敵騎從城西北趕來救援，餘虎恩正要分兵迎擊，黃萬鵬所部從北路殺到。老湘軍會師，士氣更盛，兩頭夾擊，大敗敵軍。何步雲等人率部在漢城內呐喊助威，城內敵軍害怕了，打開西門，與敗軍一起狂奔。老湘軍進駐喀什噶爾。
天明時分，老湘軍留下張俊守城，黃萬鵬向西北追擊白彥虎，餘虎恩向正西追擊伯克胡裏。
劉錦棠將各部派往喀什噶爾之後，料想敵軍已經起了內訌，應該乘其不備，大舉掩殺。他不等張曜所部趕到，領兵從瑪納爾巴什直搗葉爾羌和英吉沙爾。
12月19日，劉錦棠抵達阿郎格爾，斬殺防守關隘的幾百名安集延守兵，繼續前進，於12月21日進攻葉爾羌城。葉爾羌守敵聽說阿郎格爾兵敗，全部散逃。劉錦棠下令：繞道英吉沙爾，與各部在喀什噶爾會師！恰在這時，餘虎恩的通訊兵趕到，報告喀城已經收複。
12月24日，劉錦棠派總兵董福祥收取和田，自己領兵急行軍，奔赴英吉沙爾。這裏的安集延部隊早已逃往喀什噶爾，劉錦棠進城安撫回民，留下羅長祜與譚拔萃搜捕各城的逃敵，自己趕赴喀什噶爾。
再說餘虎恩追擊伯克胡裏，於12月19日在明要路追上，分兵繞到前方攔截，自率主力從後麵追殺，擊斃敵軍一千五百人。都司餘福章攔截餘小虎，將他活捉，一並抓獲他的眷屬四百餘口。伯克胡裏已於前一天竄過路峽，逃入俄國境內。
當天，黃萬鵬所部趕到岌岌槽，在後拒追到白彥虎，活捉回民將領馬元，全殲他的部眾。第二天窮追到恰哈瑪納，被俄屬布魯特人擋住去路。白彥虎逃到納林河，俄國人收繳他的武器，讓他渡河。餘虎恩趕來與黃萬鵬會合，兩人商議：逃敵去得已遠，部隊已逼近俄國邊境，還是回師吧。
12月20日，劉錦棠抵達喀什噶爾。
1878年1月2日，董福祥部收複和田。南疆八城一律收複，阿古柏的侵略被徹底粉碎。
伯克胡裏這時入居俄國境內的阿來其安集延部南境故地，居住在喀城西北的外卡。
劉錦棠派兵維護治安，先後搜獲帕夏的四個兒子，以及過去曾招引帕夷入境的金印相父子，和餘小虎、馬元一起，在街市上處以磔刑。又搜斬逃匿的安集延和白彥虎黨羽一千一百六十六人。
新疆南八城全部平定。左宗棠向朝廷告捷。
隻用了一年多的時間，西征軍大獲全勝。這是晚清曆史上最令人揚眉吐氣的一件大事，是晚清夕照圖中最光彩的一筆，也是左宗棠戎馬生涯中最華采的篇章。左宗棠自己也不無得意地說：戎機順迅，實史傳罕見之事。
新疆各族人民為了感念他救民於水火之中的恩德，在大小村鎮建立左公祠，燒香禮拜。
不許越境搜敵
新疆戰事的順利結束，使左宗棠有可能迅速提出建設新疆的方案。這樁心事在他心裏埋藏了幾十年。他在二十一歲那年呼喊過一次，但是人微言輕，應者寥寥。現在他終於可以直接衝著最高統治者呼喊了！
1878年2月8日，他呈遞奏折，第二次提出新疆改行省、置郡縣。他要讓更多的人聽到他的呼聲，請求朝廷將這個建議下發給京城大員及各省督撫，廣泛征求意見。
3月12日，清廷發布上諭：左宗棠籌兵籌餉，備曆艱辛，謀出萬全，膚功迅奏，著加恩由一等伯晉為二等侯。劉錦棠由騎都尉世職晉升為二等男爵。
左宗棠連忙上疏辭謝，朝廷不允。左宗棠再次辭謝：
伯克胡裏和白彥虎都逃走了，各省旱情嚴重，君臣仍在奮鬥，我實在不敢接受這麼高的爵位啊。
上諭回答：正因為時局極為艱難，難得有人一片赤忱，為國分憂，必須予以褒獎。左卿你兩次辭謝，朝廷知道你是出於誠心，並非做做姿態而已，但是朝廷也應該樹立一個榜樣。左卿不用再推辭了吧。
劉錦棠安撫喀什噶爾以後，依次巡曆葉爾羌與和田各城，發現這裏還有外國僑民五千多名，其中包括英國人、乳目人和阿拉伯人十幾名，其餘都是印度與溫都斯坦等國人。他們震懾於官軍的軍威，不敢亂動。人們紛紛傳說，官軍進軍神速，其中大有飛將軍存在。左宗棠告誡將士們要靜心養氣，保持軍威。接連不斷的雷聲嚇不倒人，貓把老鼠吃掉就會失去威風。
左宗棠的部隊，確實已令外國人刮目相看。左宗棠一直非常重視先進武器的裝備，在部隊裏盡可能裝備洋槍洋炮。他在營製中特別製訂了“愛惜洋槍”一條：洋槍、洋炮、洋火、洋藥，不但價值昂貴，購買也很麻煩。所有官兵必須愛惜，不得浪費。
胡雪岩在上海購買軍火，支援左宗棠的西征。他精心選擇，討價還價，屢屢成交，大批軍火得以轉運西北。1875年，蘭州存放著從上海運來的一萬幾千枝來複槍。胡雪岩還注重采購最新式的武器，隻要發現西洋各國生產了新式槍炮，隨時買下，運到甘肅。其中包括有利於指揮作戰的先進儀器。左宗棠的前線指揮官，已經用上了雙筒望遠鏡。軍火優良，為官軍迅速收複新疆提供了物質保障。
左宗棠對胡雪岩在上海的采運工作，給予很高的評價。
關隴新疆速定，雖曰兵精，亦由利器，則胡光墉之功，實有不可沒者。
左宗棠令劉錦棠將英國、乳目及阿拉伯人發給路費，遣回各自本國，印度等國人願留者，可以安居故處。各城仍然按照舊製，設置阿奇木、伯克、什罕伯克等回民官職，但是，對於違法虐待和使役回民的官員，左宗棠隨時彈劾罷免。回民更加心悅誠服。
對於左宗棠收複新疆，1878年5月的西方報紙刊發了一則時評。
歐洲人關注俄土戰爭，目光東移到亞洲。中國收複喀什噶爾，那裏確實是中國的一個角落。中國對於亞洲是有發言權的。以前回民占據雲南大理，中國已經收複，現在又恢複了回疆，消滅了東遷的外國人。陝甘的左大帥當年招募兵勇，在關外屯田，外國人嘲笑他迂腐，現在看來，這位左大帥先籌軍糧，謀定而往，實施老成持重的戰略，完全出乎西方人意料之外。
1876年，左大帥出兵收複烏魯木齊，分兵駐紮各地，部署妥當以後，揮師攻擊強敵。阿古柏帶領大隊兵馬迎戰，距離喀什噶爾二千七百裏之遙。狐火宵鳴，鼓角曉震，有氣吞天南之概。然而中途自盡。後人爭位，自相殘殺，無力抗拒。