11月10日，老湘軍抵達烏帕爾，敵軍八百人返回玉都巴什，列陣抵抗。官軍呼喊衝鋒，斬殺三百人。阿布都勒哈瑪翻山逃走，阿裏達什率殘部逃回奈曼科。劉錦棠已令回民首領庫彌什率領四百人在那裏等待。
11月17日，阿裏達什逃到奈曼科，伏兵突起，將敵軍全殲。
安集延人屢次從俄國境內侵犯我國，白彥虎屢次攻擊官軍，左宗棠要求總理衙門照會俄國公使，並請朝廷讓崇厚向俄國提出交涉，要求俄國交出白彥虎等叛國者。否則邊防將士的怒火實在難以壓抑。
那麼，新疆的善後究竟應該如何進行呢。朝廷再次向左宗棠秘密谘詢方略。
11月16日，左宗棠上奏《複陳新疆情形折》，第三次提出新疆建省。
上諭說：伊犁過去是西路第一重鎮，現在被俄國人占據，形勢變遷，交還以後，如何防守，應該事先規劃。伊犁九城縱橫相連，大城西南北三麵過去設了卡倫，距俄國邊境究竟多遠？俄軍駐紮在哪裏？金順現在駐紮庫爾喀喇和烏蘇，前鋒抵達最西邊的何處？
左宗棠回答：俄國人自從占據伊犁以來，放棄了西麵舊有的拱宸、瞻德、廣仁、塔勒奇四城，沒有駐軍防守，那裏的城牆已經傾圮殆盡。綏定城距離伊犁三十裏，最近讓陝西回民雜居。伊犁大城人煙很少，俄國軍隊和商人都集中在大城東南的惠寧、熙春和寧遠三城，而金鼎寺則有很多居民。
伊犁管事的俄國官員名叫馬依爾，級別相當於中國的同知、通判之類，主管伊犁事務的是七河巡撫，名叫喀爾帕科斯克依，駐紮在俄國境內的阿爾瑪圖，在伊犁以西八百多裏處。更高的管事官員是圖爾齊斯坦總督，名叫克複滿，自稱代國大臣，駐紮在浩罕國的故都塔什幹城，距我國的喀什噶爾不過幾十程。從喀什噶爾到俄國邊境的納林河，中間隔著俄屬布魯特部落，從喀什噶爾城騎馬行走六天可到。
從前伊犁本來不與俄國邊境相連，有哈薩克、布魯特、浩罕所部安集延及布嘎爾隔在中間。近年來，俄國人先後脅誘哈薩克和布魯特人，又攻奪浩罕國的三個部落，占據他們的都城，而浩罕國所屬的安集延亦隨風而逃，所以我國北路的伊犁、南路的喀什噶爾邊境，都與俄屬相接，距離俄國也近了。
伊犁收還以後，應該在邊境選擇要地，築壘開濠，安設大小炮位，挑旋勁兵，加強防禦力量。伊犁大城西北的塔勒奇、廣仁、瞻德、拱宸各城，幾乎沒有人口，水草卻很便利，應當在各城選擇要隘，暫時駐紮部隊，對旗營和綠營多餘的兵丁，發給耕牛、種籽和牲畜，督促他們遊牧耕墾。舊有的城堡暫不修複。大城以東惠寧、熙春、寧遠各城的居民和商人，願意遷走的，就讓他們遷走；願意歸業的，就讓他們歸業。邊陲穩定以後，人們安居樂業，不用召喚，自然有人種田，有人往來。
伊犁沒有交還之前，金順大軍駐紮在庫爾喀喇和烏蘇，從那裏向西就是精河，是一處要隘，一向駐紮騎兵扼守。從精河西行一天，就到了永濟湖，再西行幾十裏，就到了伊犁俄國官員所設的頭卡，從那裏三天就可抵達伊犁。中間就五條山路通向伊犁，不從惠寧、熙春和寧遠三城經過，但是山穀深邃，隻容得下一人一騎行走，無法通車。收還伊犁之後，驛道山路都成為腹地。
上諭又問：設立行政機構，必須要有百姓。現在從嘉峪關和烏魯木齊直到庫爾喀喇和烏蘇以西，商人與回民還有多少？從吐魯番到南八城，一共有多少人口？除過去已有的各廳州縣以外，其餘各城改設行省，究竟是否合適？如果設置州縣，有沒有百姓可供治理？如果不設行省，還有沒有其他良策？
左宗棠回答：新疆的變亂是從北路開始的，迪化失守以後，所屬各地相繼淪陷，人口傷亡最多。大軍進剿時，連拔幾座堅城，而昌吉、呼圖璧、綏來的回民逃向南路，戶口頓時減少。克複以來，還定安輯，招徠開墾，戶口漸增。迪化州各地成效最大，過去有民戶四千二百多戶，現報承墾者已有三千六百多戶；昌吉縣民戶過去有三千九百多戶，現在隻有四百幾十戶；阜康縣過去有三千九十多戶，現在隻有二百一十多戶；綏來縣過去有三千七百多戶，現在隻有八百五十多戶；奇台縣過去有四千三百六十多戶，現有五百七十多戶；濟木薩過去有二千八百多戶，現為三百五十多戶；呼圖璧過去有一千七百三十多戶，現為二百八十多戶；庫爾喀喇、烏蘇過去隻有八十多戶，現在還有幾十戶；精河過去隻有四十多戶，現在有了一百多戶。鎮西廳戶口沒有統計，過去種地六萬畝，現在民墾三萬六千多畝，兵墾四千多畝，本地回民逐漸增多。這是北路民戶現存的實數。
久曆兵燹，人口凋敝，不足為奇。鎮迪道各地，雖然戶口很少，但這些年政府散發耕牛和種籽，發糧賑濟，廣貼告示，招徠居民，從木壘河直到精河一帶，除了戈壁以外，都是肥沃的土地，本地和外來的百姓，以及遣散的勇丁，紛紛領地耕墾，人口逐漸增加。從目前的情況來看，並非沒有百姓可以治理。吐魯番過去隸屬於鎮迪道，荒地不多，現在所交的糧食租稅，已經超過往昔的一半。南八城隻有英吉沙爾土地狹小，烏什土壤瘠薄，其餘各地都比吐魯番更為富饒，而喀什噶爾、和田、葉爾羌、阿克蘇物產豐盈，又比其他各城條件更好。現在政府指導百姓開河引渠，清丈地畝，修築城堡和塘站，鑄錢征厘，百廢肇興，一切都有了頭緒，比北路更容易獲得成功。因此，南北兩路開設行省，天時與人事都有很好的機遇，錯過機遇未免可惜。這是新疆應該改設行省的第一個理由。
朝廷在伊犁設了將軍，又設了一名參讚大臣；在烏魯木齊設了都統；在塔爾巴哈台、烏魯木齊、庫爾喀喇、烏蘇、古城、巴裏坤、吐魯番、烏什、英吉沙爾都設了領隊大臣；在哈密設了一名辦事大臣，一名協辦大臣；在葉爾羌設了一名兼管和田事務的協辦大臣；在烏什設了一名幫辦大臣；在喀什噶爾設了一名換防總兵。這就是說，朝廷將邊地和腹地同等對待，沒有區別。這些官員都是平級的官員，有的出身於深宮內院，有的久掌兵權，不能掌握民間的隱情，在政務上缺少曆練，一旦出任邊境大員，互不買賬，無法稽查監督。這片土地周長二萬裏，治兵的官多，治民的官少，怎能用政教來感化邊陲的百姓呢？
北路的糧食官員隻管征收，而把催繳的責任交給部落的首領；南路的征收，全部由回民頭目阿奇木、伯克等交給官府，官民隔絕，百姓對官員的敬畏，不如對民間頭目的敬畏。沒有覺悟的官員玩弄百姓，把百姓當作犬羊。那些頭目想伸手向百姓要什麼，就打著官府的招牌，仗勢欺人。百姓隻會抱怨官府，卻不會抱怨他們的頭目。
內地征稅，土地稅和人頭稅是合而為一的，按畝交稅就行了。所以沒有不交稅的土地，，也不會沒有土地也交稅的情況。新疆則是按人頭征稅。富裕人家人口少，稅收和徭役可能很輕，貧窮家庭人口多，稅收和徭役反而重。這是最大的不公平。此外，兒子不能繼承母親的遺產，打官司無法直接向官府申訴。官員與百姓語言不通，文字不曉，全靠翻譯做媒介，經常顛倒是非，混淆黑白。
要革除這些弊端，官府必須加強與百姓的溝通，逐步掌握民間的實情，填補鴻溝。為了做到這一點，就必須推廣義務教學，先教漢文，使百姓稍微了解漢字的意義。稅票上記載的納稅人名稱和納稅數額，要用漢回對照，漢文居中，旁邊用回文標注，使百姓容易看懂，有錯就隨時更正。責成各廳、州、縣切實執行，由道府官員監督。這樣就會綱舉目張，可以限製頭目人等的權力，貫徹國家的政策，了解民間的疾苦，考核官府的政績，取得長治久安的效果。這是新疆應該改設行省的第二個理由。
我自從來到甘肅以後，就留心考察甘肅和新疆的軍餉數額。人們都說，和平時期每年需要大約五百多萬兩銀子。自從變亂以來，賬冊散佚，難以查閱。請戶部將過去的賬目抄給我，也沒有響應。最近據藩司崇保細報，查得道光二十七年，甘肅口內外駐防滿洲蒙古旗綠官兵應需俸餉紅白賞恤等項，為白銀四百一十五萬多兩，其中除前一年預撥的一百四十萬兩以外，其餘二百七十五萬多兩，是由中央政府按照預算撥款。可見甘肅和新疆一年的政府撥款為四百一十五萬多兩。
我已下令在南北兩路實行土地丈量，按畝征稅，仿照什一稅製，定額從寬，百姓收獲十幾分，官府隻征一分，用來供給軍糧，還有一些贏餘。修渠導流，以備抗旱排澇；改鑄製錢，便於民用；設局征厘，豐富稅收；創設義塾，掃除文盲；選調工匠，傳播手藝。南北兩路物產，還有藥材與獸皮，吐魯番的棉花、和田的玉、庫車的金銅鉛鐵，都應該做出規劃。這就是說，新疆並非沒有利源可開。
甘肅地處邊陲，人口稀少，土地貧瘠，是天下最苦的地方。和平時期官府征收的錢糧，還抵不上東南各省的一個大郡。戰亂以後，百姓隻剩下皮包骨頭，雖然經過幾年的安撫休養，漸有起色，終究是費力多而成功少。甘肅過去設立的編製軍隊太多，全靠外省接濟。中原戰事一起，各省未能兼顧甘肅，於是又起戰禍，新疆淪陷，甘肅全省名存實亡。幸好國家把東南各省的財富撥來援救西北，內外一心，先平關內，後定關外，依次肅清，才有今天。
現在急需籌劃的善後政策，應當著眼於長遠。新疆可以廣開利源，也可節流，甘肅則是開源較難，節流卻有辦法。
從前編製軍隊太多，有兩個原因，一是擔心難於管理，二是因為新疆需要從內地撥兵換防。現在局勢穩定了，駐防部隊可以逐步減少。新疆南北如果設立行省，可以廢止換防製度，又能減少外省的負擔。甘肅與新疆和平時期預算的餉銀為四百幾十萬兩，等到伊犁收回，每年大約可以節省一百幾十萬兩。後此利源日益增多，而餉需將會更少。中央政府隨時查核，甘肅和新疆的主官也可以隨時報告。這是統籌甘肅和新疆節省餉需的長遠規劃。
上諭說：應該在萬難的措施之中，求得一條可進可退的決策。
左宗棠的答複是：新疆每年需要餉銀二百幾十萬兩，甘肅每年需要餉銀二百幾十萬兩，本來是和平時期中央政府做出的預算。現在甘肅全省已經平定，西域已經收複，預算可以節省一百多萬兩。以後經營得法，還可以節省更多，對國家的開支多少有所彌補，對北京與各地的官員都是一個喜訊。
我在新疆要辦的事情，都以利民裕國為主，是否改設行省，還沒有得到明確的旨意。不過現在籌劃的一切，無論是否改設行省，都是沒有妨礙的，可行則行，可止則止，進退兩便。
我的部隊拖欠軍餉原本有八百多萬兩，幾年來陸續償還，截至光緒四年，還欠一百幾十萬兩。近來令胡光墉向商人借款，遲遲未到。為了應急，劉典向蘭州票號借了四萬兩，又令王加敏向漢商借了四十萬兩，駐陝軍需局向票號借了二十萬兩。這些借款，加上關內關外新欠的軍餉，以及裁撤勇丁的費用，又累積到了二百幾十萬兩。將來胡光墉送來巨額借款，除了償還陝西和湖北的借款並補發一點欠餉以外，就所剩無幾了。就算能夠勉強留下一些以備光緒五年之需，到了夏末秋初，又會一貧如洗。
我曾奉接上諭：以後無論有什麼急需，都不得輕易借用利息貸款，以免留下包袱。我當然不敢違反禁令。但是甘肅和新疆的軍務，我都未嚐請求預算撥款，而一切經費，又未嚐另設名目報銷，如果在這次借款之後，各省協助的軍餉都能源源而來，我還可以東挪西湊，兼顧各個方麵，哪裏會敢輕易借用利息貸款呢？更何況各省的疆臣都不是當事人，都希望西部戰事盡快了結，此後的費用或許可以減少，而我這些年來老是向他們討錢，他們肯定已經厭煩，也是人情之常吧。我現在已被逼得無路可走，真是隻能束手待斃了。
懇請天恩，將甘肅和新疆從前每年的預算四百幾十萬兩，略加一些，湊成五百萬兩，指定省份，撥來接濟我的部隊，以三年為期。我在三年內盡心經理，斟酌利害，打下堅實的基礎。三年以後，甘肅和新疆的戰事結束，開源節流必然已有成效，每年預算就可減少為三百幾十萬兩。我並非不能體諒朝廷和各省的難處。然而萬事起頭難，實在是迫不得已啊。
新疆建省的理由，左宗棠談得非常充分。隻是他也提出了一個條件：今後三年，朝廷要拿出一千五百萬兩銀子打基礎。這筆費用值不值？擺在今天，想必立馬就會撥款。但在左宗棠那時，卻有重重阻力。朝廷將他的奏疏，下發給滿朝文武，展開一場大討論。
東西兼籌的主心骨
1879年1月，土爾扈特部眾先後有七千多人從伊犁返回喀喇沙爾。左宗棠下令發給他們賑糧，仍令他們在珠爾都斯遊牧。
阿布都勒哈瑪敗逃俄國境內，與他的兒子買賣提斯拉木一起，糾集安集延的條勒愛克木汗、阿希木汗、和卓哎買提謀劃內犯，放出風聲：沿邊各部要為帕夏報複，部眾已有數萬人。
愛克木汗等人令胖色提們集合八百多名安集延兵，抵達烏魯克恰提，脅迫布魯特部眾一千七百人，東行三百四十裏，越過卡浪圭，向明要路推進，距喀什噶爾隻有一百裏。偵知官軍有備，便折向南邊，向博斯塘特勒克推進。
此地是布魯特人的居住地，左右山峰夾峙，中間是寬廣的峽穀，出穀口向東南行六十裏，就到了烏魯阿提，向正東行一百六十裏是烏帕爾。稍南為玉都巴什內卡，一片戈壁。從博斯塘特勒克向西北行二百裏，便是阿依阿提，再西行二百裏是卡拉阿提，再行一百八十裏，越過黑子裏達阪，便到了俄國境內。