劉錦棠認為，越過戈壁進攻，地勢平展，敵軍容易備戰。如果等到敵軍過來，在山穀設伏，勝算更大。
1月24日，他令方友升、譚慎典率所部出駐烏帕爾，而暗中派布魯特人投到敵軍營內，提供假情報，誘敵深入。
1月28日，方友升報告：敵軍騎兵已襲掠烏帕拉特邊界。劉錦棠下令：袁垚齡督率侯名貴、杜錫斌留守滿漢兩城；張俊率千人從英吉沙爾取道塔什密克裏，扼守烏魯阿提；董福祥率千人取道卡浪圭奔赴烏魯克恰提。
1月30日，劉錦棠自率羅長祜各部進軍烏帕爾。情報顯示，敵軍將趁夜襲擊軍營。劉錦棠率各部左右埋伏，等待敵軍進入伏擊圈。令羅長祜率譚慎典、方友升、楊金龍、張春發的一千八百名騎兵和步兵，抄小路銜枚疾進，直搗博斯塘特勒克的敵軍軍營。
天剛放亮，敵軍果然大舉攻來，劉必勝與何俊兩路出兵阻擊。敵軍結成圓陣，從陣外發炮，彈如雨下。何俊被槍擊中腦袋，但搏戰更加奮力。劉錦棠一聲令下，伏兵盡起，敵軍錯愕敗退。官軍追擊三十多裏，擊斃敵軍一百多人。
敵軍前來襲營時，羅長祜趕到了博斯塘特勒克。抵達穀口時，守營的敵軍驚覺，抄起武器出營抵抗。官軍早已掩殺過來，擊斃敵軍五百多人。
戰到下午，忽見正東方塵土飛揚，探馬來報：敵軍主力已從烏帕爾折回。
羅長祜令旗一揮，騎兵列陣於外，步兵全部埋伏山穀。敵軍發現前路已被阻擋，卻也不怕，將騎兵分為幾十隊，如疾風驟雨一般衝來。譚慎典挺長矛衝入敵軍陣內，縱橫擊刺，尋找敵軍主將，刺斃買賣提斯拉木，敵軍大亂。
楊金龍、方友升趁機兩路抄出，殺敵三百多人，將敵軍截為兩段。敵軍一千騎回奔山穀內，正中埋伏。張春發、湯彥和等步兵將領槍矛並舉，連斬哎買提與阿希木汗等，將其殘部逼到一處，全部殲滅。向前方逃竄的敵軍，繞到穀外逃走，譚慎典等部一晝夜追擊二百裏，抵達阿依阿提，一路斬敵三百多人。
2月2日，追兵進至卡拉阿爾提，布魯特探馬說：愛克木汗與阿布都勒哈瑪率殘部一百騎，已過黑子裏達阪，進入俄國境內。於是譚慎典整軍而還。
左宗棠放手讓劉錦棠對付入侵之敵，突然接到總理各國事務衙門的密函：左大人，日本阻止琉球向朝廷進貢，還要將琉球國改為日本的郡縣。朝廷大臣議論紛紛，多數主張用兵。你的看法如何？
左宗棠回答：我在福建時，討論過日本與琉球兩國的關係。琉球素來弱小，土產遠遠比不上日本。他們選王妃，必選日本女子，兩國就成了外甥與舅舅的關係，所以外甥甘願受舅舅的鉗製。福州南台過去有個琉球館，貨物多數從日本轉販而來，琉球向我們進貢，就是為了通商。他們對我國非常恭謹，卻又不敢得罪日本。因為兩國島嶼相連，靠得太近。國王登基，必定渡海請封，一則要借我國的威靈以圖鎮壓臣民，二則是相信一種傳言：登基不來請封，國內就會災異繁生。請封一次，要花費二十萬兩銀子。但他們稅收不多，隻得向日本借利息貸款。日本當然會要抵押，琉球也就因此而貧弱。
同治五年，我親眼目睹琉球請封的情況，官紳都說琉球和越南照例會請廣東人和福建人充當正副使者，旅差費全靠向越南走私獲得，不知其詳。琉球則勒派甚巨，供億頻繁，內地無從過問。此事為日本所知。近來全日本都學習西方，打算兼並外國，開拓疆域。然而琉球隻是彈丸之地，即使日本把它收為郡縣，也滿足不了貪欲。我雖不知日本使者六（寶蓋六）戶機為何而來，但是琉球歸附中國還是改隸日本，似乎無足輕重，如果是借口請封一事為阻止他們進貢的理由，可以不與爭論，來不拒而往不追，也是息事寧人的辦法。隻是福建與浙江的防禦絲毫不能鬆懈，以防不測。
左宗棠已經看到日本對外擴張的野心，認為這是必然發生的事情。針對日本的海防早已進入他的視野，他把自強當作對付日本擴張的不二法門。
俄屬哈薩克、布魯特部眾一千多人，不堪俄國稅賦的重壓，於4月份從伊犁投入喀喇沙爾、土爾扈特故地遊牧，中國官府令他們回去，他們不肯。左宗棠批準他們借地居住。與此同時，命令南北兩路認真丈量耕地，訂立丁糧和厘稅規章製度，依次確立關內外的兵製。他相信新疆建省隻是遲早的事情，而自己來日無多，希望給未來的新疆總督和巡撫留下一份遺產，讓他們能在良好的基礎上起步騰飛。
楊昌浚已經接管甘肅事務。左宗棠向他強調裁減編製兵員的重要性。
甘肅的軍事體製，不分邊地和腹地，是曆代承襲下來的傳統。全部依賴外省的接濟，一旦中原發生變故，自顧不暇，甘肅就斷絕了生機。依我看，在飯都吃不飽的時候，就必須裁減吃閑飯的兵員。隻要關外經營得法，劃清邊陲與腹地，關內隻有河州、湟州、岷州和嶓州是邊地，甘州、涼州、安西和肅州都成了腹地，那麼編製內兵員就可裁減。
換防一事，既然已經決議廢止，喀什噶爾的布魯特兵，塔爾巴哈台的蒙古兵，伊犁的錫伯兵，南北兩路的土著，都可以收編入伍。烏魯木齊的皖北一軍，有人不願回原籍，也可以留在軍中。開始可以保留一點外省部隊，給本地部隊撐腰，接著就可以增加本地兵員，撤消外省部隊。外省部隊中有經驗的軍官應該留下，充當千總、把總和副將。等到本地兵員訓練有素，外省軍官也可裁撤。邊防自然重於腹地駐防，要加強防禦工事，作為百年大計。
關內的雍州與涼州，素來出產勁旅，兩處又都產馬，淘汰冗雜的兵員，挑選精壯，部隊也能精簡，還可訓練駿馬。就兵種而論，步兵可占七成，騎兵占三成，騎兵隊自成軍營，不與步兵攙雜，口糧多於步兵，馬幹和草束從民間征收，以物抵餉，軍餉也就節省了。雖然部隊定員充足，但減少的軍餉，可以增發給常備部隊。各省的援助逐步減少，每年三百幾十萬兩，預算也很寬裕了。
自從鹹豐元年內戰開始，江忠源、曾國藩、胡林翼等帶兵的書生，一直強調必須裁減無用的編製內兵員，直到左宗棠在浙江、福建和整個西北地區大力推行，才取得了一些明顯的成效。清末軍隊的精兵節餉，向正規化和現代化邁進，左宗棠衝破重重阻撓，貢獻了很大的力量。
這年夏天，左宗棠下令購買機器，雇用德國技師，在肅州試采黃金和石油等礦藏。他提出的方針是：礦務必須搞國營，然後承包給商人。國營開道，商人承包隨後。這樣既保護了國家的資源，又解決了投資問題。
中俄談判
新疆平定以後，俄國人幾次到邊境通商。左宗棠鑒於叛國者屢次從俄國境內入犯我國，要求朝廷在俄國沒有交還伊犁之前，禁止俄國人通商。
崇厚抵達俄國，商議交還伊犁。俄國人提出的條件有三個：一是通商，二是分界，三是賠款。最迫切的要求，就是撤銷沿邊通商的禁令。
崇厚把俄國人提的條件奏到朝廷，大臣們議來議去，認為俄國提出通商的地方過多，在邊界劃定的問題上，企圖侵吞我國領土，賠款的數額也沒有明確提出，如果立即放開通商禁令，他們必然會提出更多的要求。
朝廷下詔，令崇厚堅持定見，不能因急於索還伊犁而留下後患。崇厚的奏章也發到了左宗棠手裏，朝廷令他與伊犁將軍金順等人廣泛討論。
左宗棠主管新疆事務，最有發言的資格。他把自己的意見彙總奏報。
伊犁本是我國的領土，由於中原多生變故，一時鞭長莫及，所以導致淪陷。俄國人趁火打劫，借口代為收複，進駐要害地區，心裏明知自己有違公理，不得不表個態度：等到我軍收複烏魯木齊和瑪納斯以後，便將伊犁交還。
後來天戈西指，迅速收複烏魯木齊和瑪納斯，可是俄國人依然占據伊犁，泰然自若。
官軍越嶺南下，收複吐魯番，連下八城，安集延首領畏罪自殺，其他頭目與白彥虎等人逃入俄國境內，被俄國官員接納。我國屢次索要叛國者，俄國不肯交出，仍然盤踞伊犁，泰然自若。
冬春之交，逃竄到俄國的匪徒領取俄國邊貿通行證，三次窺探我國邊境，被官軍搜獲，俄國官員推說不知，仍然盤踞伊犁，泰然自若。
朝廷看重兩國邦交，特命崇厚出使，目的是簽訂條約，增強友誼，除了交還伊犁以外，還談判界務與商務。
伊犁一地，早該歸還我國了，本來不用等到現在。俄國人早已做過承諾，現在已經拖得太久，才實踐諾言，根本就不足以向我國討好。
界務問題，同治三年明誼與俄國官員商定，同意舊界有減無增，這次就按照過去的辦法，視為緩衝地帶，彼此都是一樣。對我國而言仍然有所損失，他們也從中得到了好處。
關於商務，除了邊界舊約不用再次談判以外，布策從前在京師雖然提出過要在嘉峪關設領事，但總理衙門沒有輕易答應，不能作為定論的依據。這次崇厚同意他們設立領事，已經超過他們的期望。
崇厚以全權出使，除了商務和界務以外，還就賠款一事進行了談判。俄國把土地歸還我國，我國還要以重金酬謝，似乎不合道理，不過漢文帝對待北匈奴的大單於，除了頒發詔書以外，還送了繒帛，推古及今，似乎也說得過去。
但是商務問題，一旦同意他們的條件，便可能滋生流弊；界務方麵，則擔心他們再圖侵占。應當令崇厚堅持定見，與俄國的外交部從長計議。我方理由充足，心意誠懇，盡到了睦鄰之誼，他們的貪欲也無以複加了。
界務談判，如果超出了同治三年協議的範圍，容許他們再多侵占；商務方麵，如果在嘉峪關內允許他們再行推廣，那麼對國家疆域和中華民族的生計，影響就太大了。即便在兵力不足、機會緊迫的時候，也不能輕易答應；何況現在天威遠被，遠近震懾，為什麼還要出此下策，隻圖眼前順利呢？恐怕那些識時務的俄國人，會因我們過於大方而懷疑我們的誠意，而那些無知的俄國人，反而會懷疑我們沒有底氣，便亂提條件，使我們應接不暇。更不用說他們會得寸進尺，舔糠及米，那時防不勝防，必將貽誤大局。
我認為，伊犁與塔爾巴哈台一帶，舊界已經難以查核，不妨仍然按照同治三年所定的邊界劃定，而以舊界作為兩國邊界的緩衝地帶。俄國或許有人在緩衝地帶內造屋居住，一時難於遷走，可以暫且不管，隻要規定緩衝地帶今後禁止修造就行了。過去隸屬中國而現已歸附俄國的所有哈薩克部落，一並劃明界址，不要造成混雜局麵。喀什噶爾、英吉沙爾一帶過去設立的卡倫，已被阿古柏毀壞，他們在相距二百裏內外的地方改設卡倫。那裏本是安集延的故地，這次我國用兵，追擊敵寇，得到這塊土地，因此將舊卡移到這裏，雖在舊界之外，但與俄國無關，不屬於談判範圍。這是界務的大致情況。
商務方麵，我們已允許俄國在嘉峪關設領事通商。從俄國邊界進入中國境內，如古城、巴裏坤、哈密、安西、玉門等處地方，都是他們必經的道路。如果從古城經過，那裏既有官員，也有車騾，足可照料。不過附近地區還有很多道路可通車駝，應當駐紮小股部隊，以便核察辦理。嘉峪關城的所在地極為偏狹，俄國在這裏設領事，實在很不方便，可在肅州城內外找個地方居住，相距隻有六十裏，照料也很方便。由官府置地建造，租給俄國官員居住，按月收取廉價租金。俄國官員和商人，不得私自向民間購地造屋，以免糾紛。這是商務的大致情況。
再往東來，從肅州的高台經過甘州和涼州，抵達省會蘭州，又從蘭州前往漢中，或者從東路抵達陝西省會，又從西安前往漢中，最終都要抵達漢口，在那裏銷貨與進貨。從俄國邊界抵達漢口，水陸萬裏，要經過新疆、甘肅、陝西、河南、湖北轄境，旅途遙遠，大半都是陸路，到了龍駒寨、荊紫關各處，才有小船可雇，其餘路程都要靠車輛和駱駝負載行走。其間道路艱難，途徑錯雜，俄國商人零星裝運，防護難以周到，難免發生疏失。如果他們結幫行走，歇站裝卸，主客交往，容易發生口舌。俄國商人性情高傲，斤斤計較，內地的無賴之徒從中撥弄是非，事事倚仗外國人的聲勢，惹事生非，官府無法禁止。偶有抵觸，便會告到官府。各省大員相距太遠，信息難通，事關外交，發文察辦，往返費時，衝突雙方各執一詞，難於查明真相，懸案難以審結，一審就是幾年，當事官員換了人，調停又沒有辦法，還不免疏漏冒混，監獄也有麻煩，不一而足。這是不利於官府的方麵。
甘肅地瘠民貧，素來不懂得經商的好處，行銷外省的大宗土產，隻有煙葉和藥材。民間所用的車輛，多數是無鐵的高輪，用牛馬拖拉，能夠負重，卻不能長途販運。在農閑時用驢子馱貨，受雇運貨，賺錢喂養牲口。駕車多用騾馬，但馱貨卻用騾子。騾子是河南嵩山和洛陽的出產，不是產於陝西。陝西車馱運輸業者，在河南購買騾子，承運貨物，所以百貨得以運銷，官府和民間都依靠這種運輸業。戰爭曠日持久，許多牲畜疲乏倒斃，加上陝西與河南發生饑荒，民間沒有飼料喂養，將牲畜宰食充饑，於是車馱運價陡增，百貨轉運因此而呆滯。民間蓄養拉車和馱貨的牛驢，趁著農閑短途販運掙錢，度過困難歲月。如果允許俄國商人進入內地銷貨進貨，就會抬高車馱的價格，民間的短途運輸就會荒廢，百姓便會失去生機。這是不利於農民的方麵。