俄國占據伊犁，是在鹹豐十年。同治三年劃定邊界之後，俄國脅誘了以前依附中國、與中國百姓雜處的各個部落，將他們視為所屬，借以大肆侵略。俄國人占取浩罕國的三部，安集延未被吞並，首領阿古柏害怕俄國的威逼，帶領部眾攻陷我國南疆。我國收複南疆，阿古柏死了，他的兒子竄入俄國境內。俄國便把安集延當作他們的部屬，企圖借助他們作為侵占回疆的根本。現在冒稱喀什噶爾居民的俄國部屬，本來是隨帕夏而來的安集延餘部，俄國無端地冒稱為自己的部屬，其實是打算在交還伊犁以後，仍然留下再次占據的一手。
俄國交還伊犁，還要索取南境和西境，他們的詭謀，哪裏隻是這幾百裏的土地!所以界務條款，絕對不能同意。俄國商人誌在貿易，本來沒有其他的企圖，俄國官府則打算借此深入中國內地，蓄謀深遠。
商務方麵，俄國最初隻提出在嘉峪關一處設領事，這次要求設於關內，並提出陝西、四川、湖北各處。他們並非不知道運費繁重，無利可圖，而是企圖借助通商，便於深入腹地，四處橫行，使我們無法禁止。嘉峪關設領事還可以容許，而喀什噶爾通商，同治三年雖已定約，迄今尚未具體辦理。這次界務未定，應該緩議。而烏裏雅蘇台、科布多、哈密、吐魯番、烏魯木齊、古城等處廣設領事，就是企圖借著商務蔓及各地，斷然不可同意。這是商務談判應該挽回的損失。
此外，俄國人容納叛國者白彥虎，崇厚是否曾與他們理論，無從揣測，應該等到他複命時詢問清楚，以作為核議的依據。
俄國人占據伊犁以後，起初見官軍勢弱，企圖誑騙榮全進入伊犁，將他作為人質。後來看到官軍勢強，不會容許他們長久盤踞，便借口案件沒有了結，加以拖延。這次崇厚全權出使，他們又讓布策以花言巧語加以迷惑，然後多方催促要挾。他們認為，俄國未嚐在中國挑起戰端，可以堵住中國主戰派之口。他們錯誤地以為，中國近來或許已經厭煩了戰爭，不打算馬上與他們決裂，在邊境作戰。而崇厚全權出使，有權決定一切，又能牽製疆臣，免生異議。所以，我今天披肝瀝膽所說的這番話，或許是俄國人意料不到的。
現在時事紛紜，主憂臣辱，如果明明看到危險，而含糊其辭，便會辜負朝廷，貽誤大局。臣出於天良，怎麼會幹出這種事情！就事態的順序而言，應該先與他們談判，委婉而用機智，然後以戰陣論輸贏，堅忍而求勝。
明年春天解凍以後，我將親率駐肅州的親軍，增調騎兵和步兵各部前往哈密，在南北兩路適中之地駐紮，督令各軍妥慎辦理，務期上下一心，堅不可撼，維持大局。
左宗棠接連謀劃大計，折子上一寫就是洋洋萬言，每一個字都是親自動筆，嘔心瀝血，心泉即將幹枯。咳血的毛病加重了,日常公務還得照常打理。崇厚啊崇厚，國人都想將你殺之而後快，可我這個封疆大吏，不宜議論此事，所以在折子上隻字未提對你應該如何懲處，老夫心裏憋得慌啊。
在維護國家主權的聲浪中，李鴻章又發出了不同的聲音。朝廷給左宗棠發來一道上諭：
李鴻章在奏折中說，議定的條約各款，我國損耗已多，但崇厚已經簽署了條約，如果朝廷不予批準，恐怕會開啟釁端。隻有竭力挽回，並在立法和用人兩個方麵認真籌畫，稍資補救。
左卿，李大臣認為應該批準崇厚所簽的條約，你的看法如何？
左宗棠想：李鴻章根本不值一駁。這種畏懼洋人的軟弱態度，不但民眾不會容許，多數朝廷大臣也會反對。就連已經倒向李鴻章陣營的沈葆楨，也說俄國人要挾太甚，應將崇厚所議作罷。既然西太後如此重視李鴻章，我就搞一次迂回進攻吧。
我的看法，在以前的奏折上已經說得夠清楚了，不必重述。不妨在崇厚回來複命的時候，將他簽署的條款下發軍機大臣、總理衙門、六部九卿及將軍督撫，供大家討論，哪一款必須駁回，哪一款可以批準，大家各抒己見，逐條報告。
左宗棠知道，慈禧內心的想法，其實跟他是一致的，隻是被李鴻章這個所謂的洋務專家唬住了，不敢不重視他的那套論調。他固然應該為慈禧撐腰，但與其自己駁斥李鴻章，不如用朝廷的權威來壓一壓這個軟骨頭大臣。於是提出一條絕妙的建議。
幾個月來，朝廷發下的密諭，以及總理衙門的奏疏，已經把道理講得十分透徹，足以令人心服口服。應該公布的，索性予以公布吧。朝廷的謀劃，是為天下大公，何必保密呢？公之於眾了，新聞小說就無法混淆視聽。
要求政務公開，外交解密，是一個大膽的主張。當時的百姓並無這樣的呼聲，但是作為朝廷大員的左宗棠，卻主動提出實施民主措施。然而直到一百多年後的今天，全社會才認識到公開政務是多麼的重要，左宗棠的思想確實超前了許多。
在給總理衙門的書信中，左宗棠才明確提出對崇厚所簽條約的處理意見。
上諭擔心我國先同意後反悔，過錯在我們一方。我的看法，崇厚雖然是全權大臣，但所訂的條約，必須得到禦筆批準才能生效，所以我國並沒有同意在先；必須等待禦批，也不存在後來反悔。在崇厚回國複命以後，將不能批準的各條，降下明旨公布，使朝廷內外都知道聖意所在，伸張正氣，人心自然振奮。
以目前邊事言之，論理，在我們一方；論勢，我們也不落在下風。隻要朝廷內外堅持主見，同心一致，遵照諭旨與對方周旋，先訴諸談判，後訴諸武力，事情沒有辦不成的。如果俄國在大的原則問題上不肯讓步，就命令南路部隊分別從阿克蘇和烏什兼程急進，直取伊犁，同時索逮叛國者，集中關內的兵力，堵塞他們的蹊徑，令他們就範，都有把握。
左宗棠雷厲風行，逐步調換駐防部隊，令漢中鎮總兵譚上連、寧夏鎮總兵譚拔萃、巴裏坤總兵席大成、記名提督戴宏勝，分別率領關內剛剛訓練出來的各營，先開赴喀什噶爾，增加劉錦棠的兵力。
12月17日，清廷發布上諭，肯定左宗棠不惜以武力收複伊犁的方針，要求他對新疆南北兩路邊防軍務預先部署。
左宗棠在處理新疆事務的同時，對甘肅的建設毫不懈怠。此年在蘭州開設甘肅織呢局，雇用德國工匠，仍然令賴長出任總經理。並且購買開河機器，首先治理涇川上遊。
針對俄國的軍事部署
崇厚灰溜溜地返回北京，朝廷於1880年1月2日將他革職，交刑部議罪處治。隨後判處死刑，緩期執行，待秋後處決。
朝廷將崇厚簽署的各款條約，下發閣部九卿、翰詹科道討論。隨後，采納王大臣的建議，改命駐英法大使曾紀澤赴俄國重新談判條款。
曾國藩生前要求兒子曾紀澤師從左宗棠，他與左宗棠心有靈犀一點通。師徒二人一文一武，在收複伊犁這件大事上麵，配合得十分默契。
曾紀澤是談判代表，唱的是白臉。紅臉的角色由左宗棠擔當。慈禧仍然令他統籌新疆南北兩路的戰守，還給了一個期限：一個月內報告情況。
2月19日，朝廷向俄國遞交國書，指出崇厚所議的條約，多有違訓越權之處，無法執行，決定再派大理寺少卿曾紀澤為出使俄國欽差大臣，重新談判訂約。
俄國在這年春季不斷進行政治訛詐和軍事威脅，伊犁處在嚴重的危機之中，戰爭有一觸即發的可能。中國軍民極為憤慨，北京城廂內外，街談巷議，無不以一戰為快。
國人的眼睛，都盯在六十八歲的左宗棠身上。
4月2日，左宗棠發言了。他在奏折中支持曾紀澤赴俄重新談判，把他的軍事部署報告朝廷。他提出：談判的結果，首先要有利於鞏固領土的防禦。如果俄國執意挑起釁端，他將集中新疆南北兩路的全部兵力，慎重地應對這場戰爭。根據新疆的形勢，他已經進行了三路布防。