現在打算收複伊犁東路，應當在精河一帶加強戒備，扼住對方逃竄的道路，由伊犁將軍金順主持。中路起於阿克蘇冰嶺之東，沿特克斯河直到伊犁，路程一千二百五十裏，本來是商貨往來之道，由廣東陸路提督張曜主持。西路取道烏什，從冰嶺之西經布魯特遊牧地，經過大約七站，抵達伊犁，路程一千二百五十裏。此路久經封禁，道光初那彥成德英阿說過，這是換防官兵往來的捷徑。這一路由通政使司通政使劉錦棠主持。
三路兵力，本不單薄，但是考慮到伊犁駐紮的俄國軍隊來去無常，無法偵察到他們的確切兵力，而俄國官員安置在清水河、塔爾奇、綏定三處的漢民與回民，根據偵察，大約還有三四千人之多。俄國人已將他們的眷屬送回俄國境內，以此要挾，要他們為俄國服務。當地回民聽說伊犁要交還給中國，有的擔心官軍容不下他們，便攜帶家眷投入俄國境內，留在伊犁的人數無從查考。此外，旗營中除傷亡士卒以外，所存兵力很少，而錫伯一旗雖然還有八九千人，但並不可靠，不但得不到他們的幫助，還要防止內訌。所以三路兵力，又攻又守，必須增強兵力。
劉錦棠駐紮在西四城，總統二十五營旗，共有官兵八千五百七十名，其中騎兵一千五百人，步兵有許多應該換防了。我曾令譚上連選募舊部官兵七百多人，並統轄楊昌浚挑練的三營剩餘士卒一百幾十名，前往劉錦棠營中補充換防缺額，已於二月初三日出關，大約五月初旬可到喀什噶爾。已經調撥的譚拔萃等五營，現在無法確定開抵蘭州的日期，我已催該部迅速開拔。這些兵力到齊以後，劉錦棠才能分兵進軍烏什，以圖進取。
張曜駐紮在阿克蘇的部隊，共有四千五百兵力，其中騎兵五百多人，用這支部隊直取伊犁，兵力未免單薄。張曜打算增募皖北步兵一千人，從原有的土爾扈特騎兵中挑選幾百人，一同前進。我另撥步兵四營、騎兵一營歸他指揮，並擬令提督易開俊率領所部步兵填防後路。
金順函商增募湖北和四川的步兵，以及河南的騎兵。我認為新軍需要整訓，路途又遠，也許不能按時抵達，不如先就近分撥皖軍卓勝營的兵力。打算令金運昌分出所部騎兵五百人、步兵一千五百人協助。這些兵力如何部署，由金順決定。
塔爾巴哈台與俄國交界，錫綸兵力單薄，商調烏魯木齊等處勇丁一千一百多名。他們開拔之後，綏來和昌吉一帶，應由金運昌派部隊填防。金運昌所部調走二千人趕赴前敵，歸金順調遣，就應調還派駐古城、奇台、阜康各處的步兵，補充原防兵力。至於古城、奇台、阜康的防務，應等到我抵達哈密以後，分出兵力擔任，部署才會周密。
以上就是收複伊犁的三路兵力部署。
現在看來，俄國官員和商人，以及俄國的兵力，集中在金頂寺各處，距精河一帶較近，金順隻要堅扼要隘、阻遏逃竄就行了，不必深入作戰。中路阿克蘇的部隊，直指伊犁大城，切斷金頂寺的歸路。俄國官商和部隊，以及打算投奔俄國的回民，如果不肯放棄財產輜重，一意東奔，有金順一軍加上增撥的皖軍，還能夠協力抵禦，如果還能分兵堵住精河西北內竄的小路，屏蔽的範圍就更寬了，塔爾巴哈台也沒有西顧之憂，應該防備的地方，隻有從齋桑斜米竄犯布倫托海的道路。如果劉錦棠從烏什冰嶺西路直指伊犁大城，則俄圖增援伊犁的來路也被切斷；如果此路也難進兵，就駐紮在喀什噶爾外卡，形成深入俄國境內的態勢，也令對手感到內患之憂，不得不隨時防備，不敢再左衝右突了。
以上是作戰與防守的大致方案。
出塞的部隊，運輸糧餉素來艱難。現在天山南北連歲都有收成，關內外的糧料和柴草，都設了後勤局儲備供給。部隊將士踴躍爭先，如以前出塞時一樣士氣飽滿。天氣和煦，漸漸接近內地，不像過去寒風凜冽，真是令人寬慰。
我在部署妥當之後，到暮春季節，就會率領各部出駐哈密，與南北兩路各位統領商議，再將方略報告朝廷。
左宗棠正在籌備出關，洮州和岷州的少數民族起事。階文與西固曾發生地震，瓜子溝有一個叫做古旦巴因的人借此煽動起事，於4月14日攻破西固州的民堡。階州遊擊陳再益在黑鬆坪將起事隊伍擊敗。而東坌和西坌越鬧越大，起事隊伍揚言將抄小路進入四川。左宗棠派代理蘭州道劉璈、河州總兵沈玉遂分別督率階州、秦州與鞏昌的駐防軍鎮壓，而留下部隊等候。
左宗棠並沒有將這次造反看得多麼嚴重。他告誡楊昌浚：一定要正確區分兩類不同性質的矛盾，不要把良民逼為土匪，造成一場浩劫。光會用長槍大戟是不行的，還要學會用細針，將變亂消除在甘肅，不要影響到四川。我得到報告，說官軍有人奪取羊駝，燒死男女百姓，引起我高度的警惕。官軍奮威衝殺，唯恐殺人太少，收兵之後還要借口搜捕，殺死沒有幹係的良民，焚燒村堡，逼得壯丁無家可歸，安撫以後又沒有生計，那不是逼人家去造反嗎？武夫隻會焚燒殺戮，以逞威風，不顧大局，到處都有這種現象。一定要隨時提醒，讓他們記住：殺人之中也有禍啊。
要把邊疆變江南
左宗棠一邊準備在萬不得已時靠武力收複伊犁，一邊關心新疆善後的各種措施是否已經落實。他在1880年5月25日向朝廷詳細彙報善後工作的成果。這不是一份官樣文章，而是用翔實的數字說明問題。
新疆善後事宜，最重要的有六個方麵。現在根據張曜、劉錦棠、周崇傅、福裕、雷聲遠等官員的報告，將各項工作的成果彙報如下。
第一，開挖河渠。
哈密修築石城子渠，鎮西廳修築大泉東渠，迪化州修築永豐和太平二渠，以及安順一渠，綏來縣修築長渠，奇台縣修築幾條渠道。吐魯番除了實施修渠工程，還開鑿了一百八十五口坎兒井，庫爾勒修複舊渠四十裏，庫車浚築阿柯寺兩道大渠。
這些河渠，都是駐防部隊輪流施工的成果。凡是請民工協助，全部發給工資。地方官員招募的民工，也發給糧食。
第二，建築城堡。
奇台、綏來、喀喇沙爾、庫車等地，有的利用原有地基，有的開發新地，建築城堡。全部不用民工，不用財政撥款，建立起一堵堵高大的城牆，足以抵禦進攻。
第三，廣泛舉行屯墾。
鎮西廳所屬的部隊和百姓，開墾五萬幾千多畝；奇台的耕墾民戶九百有餘，軍營新開墾六千六百多畝；迪化過去上報三千多戶承墾，經過核查，存在浮誇，現在按冊上報，加上新增民戶，其實隻有二千多戶，軍屯尚未上報畝數；昌吉新舊開墾共一千三百多戶；綏來共九百多戶；吐魯番及南疆八城，除沙磧以外，荒地漸漸減少，新增的屯墾都在新開河渠的兩岸，沒有具冊上報畝數，其熟地現在正在丈量，要待丈量完成後才能彙總上報。
第四，丈量評估耕地麵積。
田地的長短寬狹，要經過丈量才能算出麵積。田地的肥腴瘠薄，一定要經過評估才能分出高下。西北田地容易滲水，水的需求量很大。水量充足的田地產糧也多，所以價格高昂。水少的田地產糧少，價格跟隨下降。要根據土壤的好壞來決定農業稅的輕重，必須先計算水分的多少。光緒四年沒有確定征收額度。我與劉錦棠、張曜、周崇傅通過信函商議，采取優惠政策，按照民間收糧實數，定為十一分之一。如果經辦的回民頭目任意增減，百姓可以上告，由官員加以申斥甚至撤職，並責令在收獲以後通行丈量，按田地的好壞和水分的多少，將稅收分為九個等級，後來考慮到過於麻煩，加以簡化，改為上中下三等征收。