這時東宮有個太常樂童叫稱心，十幾歲。形容俊美，備受太子喜愛，二人同臥同起。還有道士秦英、韋靈符等，二人以邪道惑眾，太子又常與二人鬼混。太宗聞此大怒，殺死了稱心，另有數人受株連而死。太子以為是魏王告發，遂養刺客紇幹承基等及壯士百餘人，準備刺殺魏王李泰。
公元643年三月，漢下李元昌勸太子承乾謀反，洋州刺史趙節、駙馬都尉杜荷等參預其反謀。凡同謀者皆割破胳臂，以帛拭血，然後把血帛燒成灰燼，和酒而飲，表示“誓同生死”。同年4月，紇幹承基告發了太子承乾的陰謀。唐太宗命宰相長孫無忌、房玄齡等查實，結果罪證屬實，遂廢太子承乾為庶人，囚禁於右領軍府，漢王李元昌賜自盡，侯君集等人伏罪而死。
唐太宗廢掉了太子承乾，魏王李泰入宮侍奉，太宗曾當麵應允立他為太子。但是大臣們卻意見不一，一派以岑文本、劉泊為首，他們讚同太宗立魏王李泰為皇太子；另一派以長孫無忌、諫議大夫褚遂良為首主張立晉王李治。長孫無忌聲言“晉王仁厚，守文之良主，且舉棋不定則敗，況儲位乎？”
這時，魏王李泰惟恐皇太子位被晉王李治奪得，也積極活動。他一方麵對唐太宗甜言蜜語，信誓旦旦地表白，說要是立自己為太子，即帝位後，在臨死之時，定會殺掉自己的兒子，以傳位於晉王；另一方麵卻又居心叵測地恫嚇李治，稱他與漢王元昌關係密切，如今漢王已死，他必不能無事。晉王聽了心中不安，於是終日憂心忡忡，無精打采。
但是事與願違，魏王李泰的大肆活動反倒給自己帶來了麻煩。諫議大夫褚遂良說：魏王據有天下，豈肯殺死愛子而傳位於晉王，太宗也以為有道理。這時，太宗見晉王愁容滿麵，感到奇怪，再三追問，晉王把實情說了出來。魏王陽奉陰違，兩麵三刀的惡劣做法使唐太宗恍然大悟：立魏王李泰，他將來絕不會殺死愛子傳位於晉王；他即位之後，晉王也不會安全。於是他改變了初衷，在長孫無忌、房玄齡等大臣的支持下，下詔立晉王李治為太子。
為了穩固李治的太子地位，唐太宗還將魏王李泰幽閉於北苑，以防事變。太宗還對侍臣說：
“我若立泰，則是太子之位可經營而得。自今太子失道，藩王窺伺者，皆兩棄之，傳諸子孫，永為後法。且泰立，則承乾與治皆不全；治立，承乾與泰皆無恙矣。”
對此，司馬光曾給予高度評價，說唐太宗照章辦事，不以太子之位私授其愛子。以塞禍亂之源，可謂高瞻遠矚。因為唐太宗是經過兄弟自相殘殺後才做了皇太子的，他不想讓子孫後代為爭奪皇位而流血了。
年近半百的唐太宗為了確保李氏皇統後繼有人，又吸取了前太子承乾墮落的教訓，十分注意對新立皇太子的教誨與輔佐。他首先選任朝中德高望重的大臣擔任東宮僚佐，命宰相長孫無忌為太子太師，房玄齡為太子太傅，蕭璃為太子太保，李勣為太子詹事並兼太子左衛率。這些文臣武將是太宗的重臣，朝廷之柱石，讓他們做太子的輔佐大臣，有利於太宗百年後皇權的順利交接。
唐太宗雖日理萬機，但也隨時教誨太子。他教誨太子的方式靈活，往往以物喻事，把事理說得深入淺出。比如，太宗每次見太了吃飯時則說：“凡稼穡艱難，皆出人力，不奪其時，常有此飯。”
讓太子明白老百姓稼穡之艱難，不奪農時。太宗見太子騎馬，他又說：“（馬）能代人勞苦者也，以時消息，不盡其力，則可以常有馬也。”
他以乘馬做比喻，教育太子要知道給百姓休養生息的機會，不要過度役使人民。見太子乘舟，他又說：“舟所以比人君，水所以比黎庶，水能載舟，亦能覆舟。爾方為人主，可不畏懼！”
太宗以儒家的重民思想教育太子，使他明白君與民的關係如同舟與水的關係一樣，認識到人民力量的巨大。他見太子在樹下休息，又告誡他說：“此木雖曲，得繩則正，為人君雖無道，受諫則聖。此傅說所言，可以自鑒。”
總之，唐太宗“遇物則誨之”，不時教導太子，以使太子明白為政修身治國的道理。