一日後，蔡邕上疏認罪，並對王允解釋道：“我雖然被那董卓看重，卻沒有被官職和爵位所收買。畢竟我也算深明君臣大義，豈會背叛朝廷、袒護董卓？！如今不明世事，犯下過錯，還希望能夠免我一死。我情願受各種刑罰，隻求能有一個機會來完成撰寫的漢史……”
在曹操的奔走下，此書一經傳出，許多士大夫都有些惻隱不忍，上疏為蔡邕求情。
太尉馬日磾更是專程前往王允府邸，替蔡邕求情道：“伯喈是難得的曠世奇才，學問淵博，見多識廣，特別是對本朝故事了解頗多，應當給他機會，讓他繼續寫成史書，定將是一代巨典！況且伯喈以忠孝聞名於士大夫之中，現在以莫須有之名給他判罪，恐怕會讓朝廷有失眾望，人心不服啊！”
不過現在王允也有些騎虎難下，考慮到自己的威信，他依然不肯讓步，反而對馬日磾說道：“從前，武帝就是憐惜司馬遷的才華，讓他活了下來。結果司馬遷不思感恩，卻寫出了謗書，以致流傳後世、有損朝廷威儀！
現在國勢衰微，各地諸侯並起，對朝廷並無多少敬意。而那蔡邕卻對董卓感恩戴德，立場不穩。如果讓蔡邕活了下來，那他就有可能偷偷誹謗、汙蔑咱們的幼主，對咱們這些先前委曲求全的臣子也會百般詆毀！到時候不僅無益於道德教化，反而會讓忠良們蒙受批評與指責！蔡邕，非死不可！”
馬日磾很是無奈，知道王允拿定了主意，也隻能退走。他對等候在家中的曹操說道：“王允已經打定了主意，聽不進別人的勸說了。要知道，善待人才，乃是一個朝廷得以維持和發展的命脈；整理史料、流傳經典，則是朝廷法統製定維護的保障之一。如今王允這般不重視賢才，切斷了朝廷的命脈，阻礙了經典的傳承，豈能長久？隻是可惜了伯喈這個人才！”
數日後，就在曹昂服從朝廷的奏疏抵京後的第二天，就在史渙押解物資進京的前兩天，蔡邕被王允下令處死！
蔡邕死訊傳開之後，董卓舊部大驚。蔡邕隻不過受過董卓的厚遇而已，可是就連他這樣被公認的賢才都被王允活活逼死，就連曹操、馬日磾等人接連求情都能被王允硬生生否決，我們這些王允眼中的逆黨難道還會有什麼好下場嗎？！
就在蔡邕被處死後的第三天，長安城內軍營中發生營嘯，數十名忠於朝廷的校尉被亂軍斬殺。亂軍衝出營寨，衝進城裏燒殺搶掠，直到呂布出麵彈壓並許下重賞，士兵們才聽從命令返回營地，此時的長安城已經亂成一團、四處火起。
見此情況，士孫瑞趕忙跑到王允府上，勸說他以皇帝劉協的名義，趕緊下詔赦免董卓麾下各部將領，以安撫軍心。
可是王允反複思量，卻將這個意見否決，反而對士孫瑞說道：“部屬身不由己，聽從董卓調遣，這才犯下了過錯，依照他們本心而言，並沒有多少罪過。可是如果咱們突然給他們加上惡逆的罪名，再下令****他們，反而會讓他們猜疑恐懼，心裏無法承受。所以說，赦免他們無罪，並不能讓他們安心，也不是亂軍應該享受的待遇，咱們還不如讓他們接受一定的懲罰，以明軍紀、定人心！”
王允所說的也有些道理，士孫瑞歎息一聲，也就不再相勸。消息傳出後，涼州軍中將領們卻很是心涼。先前的營嘯隻是試探，沒想到竟然試出如此結局。
既然朝廷不肯公開赦免大家，那就很可能秋後算賬，追究大家當日在董卓帳下的罪行。當時大家抗拒關東盟軍、殺了不少人，從洛陽撤往長安的路上又對百姓們燒殺搶掠，如果追究起來，誰能夠在王允手中保全性命？！從此，軍中傳言王允有意誅殺所有涼州人，人人自危！
曹操很快聽說了這個消息，為防意外，他趕緊向王允進言道：“涼州軍一直害怕大人追究他們從逆的罪行，可大人卻一直不肯公開赦免他們。眼下更是有傳言說，大人要誅殺所有涼州人，城內外軍心已經不穩！現在城中皇甫嵩資格最老、威信最高，還請王公趕緊向涼州軍保證他們的安全，並派皇甫將軍前往陝縣統領軍隊、安撫軍心。”
王允有些遲疑，卻還是搖頭說道：“朝廷做事，何必向這些武人說明，白白有損朝廷的威儀。何況西涼軍盤踞陝縣的時日過久，我正有意讓他們移營，如果再讓皇甫將軍前往，說不定又要多耗些日子，現在城中錢糧不足，哪裏還能耽誤？！”
見王允固執己見，曹操隻能歎息離開，對從人說道：“如此，中興無望，朝廷危矣！”