如同康德在《純粹理性批判》中所提到的一些概念經常具有多種含義一樣，康德在這裏所用的“意誌”、“自由”這些基本概念，也至少具有兩種含義。《道德形而上學》中曾明確指出意誌的兩種含義，一是指實踐理性自身，一是指行為的自覺意誌。實踐理性自身是普遍立法的意誌，行為的自覺意誌是個體執行的意誌。實踐理性沒有了自覺意誌，等於隻有立法而沒有執行，便是空洞的；而自由意誌要是沒有了實踐理性，便將失去其道德意義而不能成立。隻有行為的自覺意誌將實踐理性自身當作法令接受而執行時，意誌才會成立。但康德在《實踐理性批判》、《道德形而上學基礎》等書中並未這樣嚴格區分，兩層含義經常合在一起。同樣，“自由”一詞，也有作為整體道德律令與作為個體意誌行為兩層含義在內。在《純粹理性批判》中，“自由”就有兩方麵的含義：一是作為不可認識的物自體，超出自然因果之外（這是消極含義）；一是作為高出現象的本體，成為不同於自然因果的自由因即本體原因（這是積極含義）。這兩方麵也相互交錯地展現在《實踐理性批判》、《道德形而上學基礎》中。作為道德律令的自由，著重強調的是它超出自然因果的先驗性質；而作為個體行為的自由，強調的則是它主動決定的特點，也就是可以在經驗的自然因果係列中，作為自由的本體原因而產生效果。因此，作為道德律令的自由，是實踐理性本身，這是純形式，同感性經驗沒有絲毫瓜葛，沒有任何現實性。作為個體行為的自由，呈現為實踐能動性，它作用於感性經驗，具有現實性，但它的本質又仍在前一方麵。前一方麵的先驗普遍抽象原則，落實在後一方麵的經驗個體行為中，這才是“意誌自律”。兩方麵總起來說，自由或意誌自律乃是純粹理性自身具有的先驗的實踐能力絕對必然地在個體行為中為自己立法。
由此可見，盡管康德將自由——道德律令說成是超感性存在的純粹理性，但總需要在有感性存在的人世間落實。倘若人是神，那麼一切行為都“一定會”是道德的，沒有“應當”的問題。作為服從絕對命令執行義務的“應當”，正是說明人屬於感性世界的存在“應當”執行本體世界的命令，這也才有道德問題。如上所說，道德來源於自由（理性），但又“隻有道德才給我們初次發現出概念來”。普遍同個體、先驗同經驗、理性同感性，在理論理性中是截然割裂開來的東西，在實踐理性中卻始終交織糾纏在一起。康德講純粹理性自身具有實踐力量，力量來自普遍、先驗的理性；但實踐卻總得依靠具有感性經驗的血肉之軀的個體，才使前者現實地獲得客觀實在性。這就是出現上述兩種不同含義和它們糾纏混同在一起使用的根本原因。在認識論，康德強調先驗範疇不能脫離經驗，但結果卻仍然指向超乎經驗的辯證幻象；在倫理學，康德強調道德律令必須脫離經驗，但結果卻仍然落腳在感性經驗的個體行為。康德這個深刻矛盾，通過費希特、謝林、黑格爾才獲得一種唯心主義的解決。
需要注意的是，康德所謂的自由，並非是說在現實世界中有超出自然因果關係的自由。一切行為作為理論理性的對象，即作為思維、認識的對象，是探求其因果性的問題，即探求這件事發生的原因和規律，是對事實的表達或預測，受因果律的規定和支配，在此，沒有絲毫自由可言。這也正是法國唯物主義所強調的方麵。法國唯物主義認為，人的一切行為都是機械必然地受因果規律所製約，不存在什麼自由。霍爾巴赫認為，一個人自己從窗口跳下和被他人推下完全一樣，都是必然的。所謂意誌，也受同樣必然的因果規律所製約。對他們的這些觀點，康德表示出了質疑。他認為，倘若根據這種觀點，人便能得出一切道德、法律等都無意義的結論。因為責備一件不道德的行為就等於責備一塊石頭為何落地傷人一樣。如果果真如此，那麼任何犯罪的人都可以用他的行為是受因果律支配，即他的行為有客觀原因來為自己辯護。所有不道德或犯罪都是由環境、條件、個性、習慣……所必然決定，自己並無責任，那麼一切刑罰責難便沒有必要存在了。