這年十二月，赤眉軍主動放棄在長安一帶的活動，率領大軍向東撤退。盡管受到重創，赤眉軍的兵力還是很強大，總計兵力在三十萬以上。得到情報，劉秀立刻命令破奸將軍侯進屯兵新安，建威將軍耿弁駐紮在宜陽，兵分兩路，鉗製住赤眉軍東歸的道路。分派任務的時候，劉秀特意囑咐他們，赤眉軍若是從東邊走，宜陽的兵力前去會同新安，若他們從南邊走，則新安的兵力主動會同宜陽。總之，決不能讓這隻猛虎回到原先的山林，那樣就會很難製服。
馮異領命帶兵從華陰向西進發，正好和向東撤退的赤眉軍狹路相逢。兩軍互相攻殺，大小打了十幾仗，互有勝負，誰都沒占到太大的便宜。不過馮異發揮自己寬容待人的優勢，收降了赤眉軍將領劉始和王宣等好幾員大將，還招降了五千多人馬，略占上風。
很快到了建武三年春天。劉秀任命馮異為征西大將軍，負責全權指揮西路兵馬。鄧禹料理完西邊的軍務後，帶兵回歸洛陽。途中正好遇見從東向西而來的馮異，馮異邀請鄧禹和自己一道攻擊赤眉：“鄧將軍，如今我和赤眉打過幾仗，覺得赤眉力量確實不小，怪不得鄧將軍打得如此艱難，看來聖上不了解實際情況，過於心急了。不過我看他們盡管強大，已經成了強弩之末。隻要恩威並用，徐徐進兵，別把他們逼得太緊，他們必然會發生內部分裂，到時候就可以輕易消滅。如果進攻太緊太急，反而會讓他們作困獸猶鬥，白費許多力氣。如今聖上已經命令其他將領駐紮在澠池，扼守住咽喉要道，不用擔心他們逃走。咱們再布置好陣勢，以逸待勞，肯定能把他們完全吃掉。”
聽馮異說得頭頭是道，鄧禹好勝心上來，表示願意帶領自己的兵馬前去打頭陣，主動進攻。馮異再三勸阻，鄧禹就是不聽，結果一打照麵，才知道馮異的話確實有道理，赤眉軍仍然勢力很強大，鄧禹又一次吃了敗仗，死傷三千多人，馮異前去援救，也差點兒被人家活捉了去，坐騎受傷，徒步跑了回來。
回到軍營中，馮異一邊下令堅守大營，拒不出戰，一方麵召集將領，緊急磋商，決定改變徐徐作戰的方針，利用赤眉軍剛打了大勝仗，難免驕傲大意，並且急於尋找東去道路的弱點，來個速戰速決。
製訂好計劃後，馮異命人前去赤眉營寨下戰書，約定來日會戰，決一雌雄。赤眉軍剛打敗了鄧禹和馮異，還俘獲了馮異的坐騎，認為馮異也不過如此，況且自己也急著迅速打敗這隻攔路虎，盡快回到東方，就立刻答應下來。
當天夜裏，馮異下令，全軍三更做飯，從各營寨中挑選出幾千英勇善戰的強壯兵丁，讓他們飽餐一頓，換上赤眉軍的服裝，眉毛上也描成紅色，悄悄出了大營，埋伏在大路兩旁，以鳴金為暗號，夾擊赤眉軍，給他來個出其不意。
拂曉時分，天還沒大亮，馮異這邊已經吃飽喝足，作好了準備，敲起戰鼓，做出立刻要進攻的架勢。而軍赤眉軍沒想到這麼早就打仗，還沒顧上吃早飯，但人家已經出動，隻能空著肚皮前去抵擋。兩軍拉開陣勢，空氣分外緊張，一場決定生死的大戰就要展開。赤眉軍用萬餘人打頭陣，個個殺氣騰騰，大有黑雲壓頂之勢，直衝過來。麵對對方如此強悍，馮異選派兩千多精兵前去抵擋。赤眉軍見對方派出的人馬隻是自己的一個零頭，感覺這一定是馮異的漢軍上收損失過多，兵力嚴重不足，獲勝把握更大，也就更加驕橫。
看到這種情形，赤眉軍丞相徐宣提議說，根據他們派出的前鋒人數，我估計他們總兵力也就有兩萬左右，兩萬人哪裏能抵擋得住我們十萬大軍，就是踩也把他們給踩扁了！不如咱們一起衝殺過去，如洪水衝破堤壩一般，把馮異和鄧禹給活捉了，省得一陣一陣地對打，太麻煩！
樊崇認為說的有理，令旗揮動，傾巢而出，吼叫著向馮異大營衝殺過來。馮異等的就是他們全體出動，也令旗招展，打開營門，所有兵力全部衝出來。幾十萬人馬廝殺在一處，頃刻間血肉橫飛，煙塵蔽日，喊殺聲幾十裏外都能聽見，場麵蔚為壯觀。
整個廝殺從天剛亮一直到接近中午，仍舊勝負未分。此刻赤眉軍因為沒吃早飯，砍殺了這半天，肚中空空，已經精疲力竭，動作明顯遲鈍下來，死傷人數頓時增加。這情景早讓站在高處的馮異看在眼裏，他大聲命令道：“快，鳴金！”
話音剛落，立刻響起陣陣銅鑼敲擊聲，聲音激越，響徹整個戰場。正激戰中的赤眉軍聽到鳴金聲，立刻都是一愣，鳴金就是讓收兵，對方不是占了上風嗎，怎麼忽然又要收兵？正疑惑間，忽然從大道兩旁湧上來無數赤眉軍裝束的強壯士兵，他們個個憋足了勁，生龍活虎地竄到兩軍陣前。
原來是自己這邊來了援兵，怪不得馮異要鳴金收兵，他娘的，不能讓他跑了！樊崇帶頭，迎著援軍跑過去，想和他們會合了，繼續衝殺。孰料從大道兩旁竄出來的赤眉軍卻並不答話，揮舞著大刀長槍，直向自己這邊殺來，由於防不勝防，立刻死傷一大片。赤眉軍大驚，吃驚過後才明白上了人家的大當。但此時雙方已經混戰在一起，誰是自己人，誰是漢軍，誰也說不清楚了，許多人驚慌失措地呆立在那裏，莫名其妙地讓人家給砍翻在地。
馮異哪肯錯過這個大好機會？立刻指揮兵馬猛追上去，一直窮追到崤底，赤眉軍終於徹底土崩瓦解。馮異命令眾人高聲大喊，投降者可以免死，並且還讓回家種地。走投無路的赤眉軍很快大批投降，共有八萬多人乖乖歸附。剩餘的幾萬兵將在樊崇帶領下，拚命向宜陽方向狂奔，企圖從那裏潛回自己老家。
馮異見他們逃竄，冷笑一聲，也不再追趕，命令收拾戰利品，清點戰場，結果繳獲的財物堆積得如小山丘般，樂得大家都敞懷大笑。
樊祟沒命逃竄，他們還不知道，劉秀早已經安排好了重兵，正養精蓄銳地等著他們自投羅網。聽說樊崇殘餘兵馬接近宜陽，劉秀親自率領漢軍主力，盛兵列陣，由大司馬吳漢率領的突騎為先鋒，嚴陣以待。
赤眉軍如逃出虎口的兔子，驚慌地悶頭亂竄，好容易來到宜陽地界，還沒等喘口氣，忽聽一聲戰鼓敲響，無數漢軍威風凜凜，好似天兵下凡，橫亙在眼前。樊崇等人慌忙中抬頭一看，對方大軍中間，一麵米黃色的大纛旗下，車駕上分明是漢軍皇上劉秀。這下知道人家肯定兵力不弱，硬拚可能死得更快。頓時個個麵如土色。
急切間，樊崇和徐宣等人商量一下，都覺得劉恭在自己這邊，他是漢室後裔，說不定劉秀能看在他的麵子上，饒過這幫人一命。於是眾人推舉劉恭前去參拜劉秀，表示願意投降。
劉恭來到劉秀大軍前，跪倒叩頭，參拜劉秀：“陛下，赤眉軍劉盆子若情願歸降，陛下將如何對待這些罪人？”
劉秀冷冷一笑：“能有條活命也就算了，還有其他更高的指望嗎？！”
劉恭臉色一紅，暗想果然是君王，威而不怒，其威自露，赤眉這幫人被打敗，看來勢在必然了，沒什麼好遺憾的。忙回去報信，大家想也不想地就決定下來，既然能活命，還愣著幹什麼？由劉盆子在前頭，樊崇和徐宣等三十多員主要將領，跪在地上挪動到劉秀跟前。劉盆子雙手捧上傳國玉璽。赤眉兵丁見主帥投降，也都自動解除武裝，丟下的器械盔甲堆積在一起，如同一個個小山丘。
劉秀這才傳令，拿出酒肉，讓這群快要餓昏了的兵將飽餐一頓。為了讓這幫無法無天缺少管束的赤眉軍徹底服氣，劉秀特意安排了一次浩大的閱兵儀式。望著如此雄壯的漢軍，劉盆子臉色煞白，雙腿直打哆嗦，怎麼也站不直。劉秀眼角餘光看他一眼：“劉盆子，你看看，你們赤眉犯下的罪過，是不是該死？”
劉盆子打個激靈，忽然想起哥哥教給自己的話，忙回答說：“論罪過當然該死，隻是陛下饒過了我們一命，還可以勉強活下去，以後為陛下效勞。”
劉秀聽他回答得有意思，不禁大笑著拍拍劉盆子肩膀：“看你年齡不大，還挺狡猾。好，好，朕劉家宗室怎麼會有癡人？既然已經饒了你們，那朕就不會食言，你放心就是！”說著又轉過臉對樊崇等人說，“你們如果後悔不該投降，現在還來得及，朕把兵馬器械都還給你們，咱們一決勝負，朕向來以德服人，決不壓製！”
樊崇等人忙叩頭不迭，口呼萬歲，再不敢多說一句話。閱兵完畢，劉秀吩咐下去，分給降兵田地，準許他們回鄉安居樂業。有不願意回去的，可以編入漢軍營寨，照常發給軍餉。大家無不悅服，齊聲高呼萬歲，個個感恩戴德。橫行中原的赤眉至此終於融入大漢朝廷。