毛澤東複出之後，下力氣整頓紅四軍。他在作了一個月的準備之後，決定召開中共紅四軍“九大”。
他反對“八大”的做法，否定了那種“分割式的以各縱隊為條件”分配前委委員的方法，鮮明地提出，隻有符合三個條件的人才可當選前委委員，而不必考慮各縱隊之間的入選比例。
毛澤東提出的三個條件是“政治觀念正確，工作積極，有鬥爭曆史”。
1929年12月28日至30日，在陳毅的主持下，中共紅四軍“九大”在福建上杭縣古田村召開。
古田是上杭縣最北的大集鎮，地處群山之中，有一千多戶人家。這是中共黨史上一次重要會議，史稱“古田會議”。一百二十多名代表出席了會議。
中共紅四軍“九大”的氣氛跟“八大”截然不同。“八大”時“什麼事都是民主，大家要怎樣幹就怎樣”，“無組織狀態的開了三天毫無結果”。這一回，會議開得井然有序，紅四軍的“三巨頭”分別作報告：陳毅傳達中共中央“九月來信”，毛澤東作政治報告，朱德作軍事報告。會場上高懸四條標語，即“中國共產黨萬歲”，“反對盲動主義”、“反對冒險主義”、“反對機會主義”。
會議隻開了兩天。在聽了三個報告之後，通過了十二項事先起草好的決議，即：《糾正黨內非無產階級意識的不正確傾向問題》、《黨的組織問題》、《黨內教育問題》、《紅軍宣傳工作問題》、《士兵政治訓練問題》、《廢止肉刑問題》、《優待傷病員問題》、《紅軍軍事係統與政治係統關係問題》、《政治決議案》、《廢止槍斃逃兵決議案》、《接受中央指示決議案》、《擁護〈中央對機會主義及托洛茨基主義反對派的決議〉的決議》，如此高的工作效率，是“八大”所不可想象的。
大會的主角是毛澤東。由他起草的部分決議《糾正黨內非無產階級意識的不正確傾向問題》，後來改題為《關於糾正黨內的錯誤思想》，收入了《毛澤東選集》第一卷。在這篇決議中，毛澤東曆數了八種“非無產階級思想的表現、來源及其糾正的方法”；（一）單純軍事觀點；（二）關於極端民主化；（三）關於非組織觀點；（四）關於絕對平均主義；（五）關於主觀主義；（六）關於個人主義；（七）關於流寇思想；（八）關於盲動主義殘餘。
毛澤東起草的決議中，明確指出了紅軍的性質：
中國的紅軍是一個執行革命的政治任務的武裝集團。特別是現在，紅軍決不是單純地打仗的，它除了打仗消滅敵人軍事力量之外，還要負擔宣傳群眾、組織群眾、武裝群眾、幫助群眾建立革命政權以至建立共產黨的組織等項重大的任務。
毛澤東起草的這一決議，被認為是“曆史性的決議”。《毛澤東選集》為此文所加的題注寫道：“中國人民軍隊中黨的工作和政治工作有廣大的發展和創造，現在的麵貌和過去大不相同了，但是基本的路線還是繼承了這個決議的路線。”
這一次改選前敵委員會委員，選出正式委員十一人，即毛澤東、朱德，陳毅，李任予、黃益善、羅榮桓、林彪、伍中豪、譚震林、宋裕和、田桂祥；另選候補委員三人，即楊嶽彬、熊壽祺、李長壽。內中的五人原本是在基層工作，毛澤東以“觀念正確，鬥爭積極”提名他們為前敵委員，即宋裕和（湘南農民）、李長壽（獨立團老兵）、田桂祥（湘南農民）、黃益善和羅榮桓，毛澤東當選為前敵委員會書記。
這時的紅四軍，已有四個縱隊。第四縱隊便是鄧子恢、張鼎丞那支閩西部隊，在1929年8月成立。