他多疑的心態使他殘酷迫害一切，他迫害比自己高明的人，特別是迫害文人，因而對於文化的影響特別大，這個舉動首先是形成了輕視和踐踏文化教育的惡劣風氣。毀書院就是這種惡劣風氣的一種表現。明代曾發生過三次毀書院的事件。朱元璋就是不想讓知識參與政治，隻能在小範圍的情況下為他所用。對知識分子的迫害，無疑會使教育滯後，導致了科學技術的落後，我國的科技水平在明朝中葉明顯落後於世界的發展水平，這是被曆史證明了的客觀事實。
文化的衰微必引起道德的淪喪，而道德淪喪的突出表現就是官吏大肆貪汙。明代權奸貪汙行為之猖狂，貪汙的贓物數量之巨，令世人瞠目。同時，文化衰微又導致人才十分缺乏，奸臣當道，以致連目不識丁的魏忠賢也能執掌國家大權。素質低下的人既不可能在經濟文化上做出有利於社會發展的貢獻，也不可能成為鞏固王朝政權的“棟梁之才”，甚至不足以抵禦外侮的軍人或者憑借農民起義以建立穩定的新政權領袖。明軍在抵禦北方少數民族入侵的戰爭中表現得非常怯懦。
朱元璋的多疑還體現他謀殺開國元勳上，他稱帝不久便迫不及待地大殺臣子甚至皇族。當時的京官去見皇上之前，都要和妻子兒女訣別，到下午平安地回到家，全家人才高興起來，可見當時朝臣的恐怖達到了何等程度。他以種種名義殺戮群臣，其中包括曾經跟他征戰南北、戰功卓著的功臣。明朝建立後，這些功臣宿將不僅居功自傲、驕恣如故，而且隨著權力和欲望的不斷增長，他們在政治、軍事上的勢力也在迅速膨脹，遂與朱元璋提高皇權，專製獨裁的政策發生激烈衝突。在這種情況下，平素多疑的朱元璋當然會懷疑這些人對自己地位的威脅。
同時，君權和相權發生了嚴重的衝突，隨著中央集權專製的日益發展，君相之間的矛盾越來越尖銳。朱元璋稱帝後，先後任命過四員丞相，其中以胡惟庸最為跋扈。他是一個“專恣不法，擅作威福”的人，在任丞相的時候，也“生殺黜陟，或不奏徑行，內外諸司上封事，必先取奏，害己者輒匿不以聞，四方躁進之徒，及功臣武夫失職者，爭走其門，饋遺金帛名馬玩好，不可勝數。”胡惟庸曾先後鏟除了異己徐達、劉基等人，滿朝文武中能與其分庭抗禮者坐無幾人。於是胡的權勢已發展到炙手可熱、不可一世的地步，這種對皇權造成的嚴重威脅，多疑而又狹隘的朱元璋自然不能坐視不理。而胡惟庸的“專恣不法”，正好給他抓到了把柄，朱元璋遂以“胡黨謀逆”為由，於洪武十三年興胡惟庸黨案。“詞連所及，坐誅者三萬餘人”，前後因胡黨案牽連被誅的公侯大將達二十餘人，成為明初的第一大獄。從此，朱元璋吸取教訓，廢丞相，設六部，大權獨攬。
另一方麵，君權與將權也發生了衝突。朱元璋自己就是一個“馬上皇帝”，一生南征北戰。深知依靠武將奪取天下對於他自己的將來意味著什麼，十分擔心武將的叛亂。早在明朝建立前，謝再興，邵榮的叛變就給朱元璋思想上帶來深刻的震動，因此他對諸將很不放心。諸將出征，以其家屬留京做人質，並依靠檢校偵緝將士私事。而朱元璋對公侯大將防範越是嚴密，矛盾越深。功臣宿將不僅手握重兵，且又和各地衛所軍官有過統率關係，很容易形成和朝庭對抗的軍事力量，成為顛覆明朝統治的潛在威脅。以大將軍藍玉為例，他是開平王常遇春妻弟，雖驍勇善戰，但為人“性複狠愎，專恣暴橫”，在朱元璋麵前也舉止傲慢，無人臣之禮。諸多跡象均表明，將權將要威脅到朱元璋的皇權，多疑的朱元璋當然不可能連這一點也不知道。於是，捏造藍玉謀反的罪狀。
猜疑型性格的人警惕性特別高，對周圍的人都采取不信任、懷疑的態度，而且總是朝“惡處”考慮。對於地位顯赫的人物來說，生性多疑的危害性也就越大。一方麵處於權力地位的巔峰，他們的這種多疑心態可以理解，但從道德倫理角度看，他們的行為又是一種不可饒恕的錯誤。
同時，他們也為自己多疑的心態付出了代價。