明初，開挖南海之時，堆築了一座四周環水的島嶼――瀛台，從而形成了今日太液池的規模。太液池上的金鼇玉蟲東橋、蜈蚣橋將太液池分為北海、中海和南海。
日月嬗替，政權更迭。1368年（明洪武元年），明軍攻占了大都城，元朝覆滅。
明朝統治者在南京建立了都城，改元大都為北平，同時拆毀了大明宮。
作為一方重鎮，不能有任何疏忽。明太祖朱元璋便封他的四兒子朱棣為燕王，駐守北平城。
朱棣奉旨風塵仆仆來到北平，將燕王府設在太液池，即元代隆福宮的舊址。
朱棣雄心勃勃，不滿足燕王的封號，隨著權力欲的膨脹，終於在1403年，奪到皇位，建年號為永樂，是為明成祖。
朱棣當了皇上，雄踞南京，但他心中時時想起北平，於是便決定遷都北平。
1406年（永樂四年）開始在北平大規模地營建規製宮城。1420年（永樂十八年）皇宮建完，規模雄偉，氣勢恢宏的紫禁城從此誕生。
明代的皇宮殿宇，和元大都的宮殿相比，更加有氣勢，且略向東南進行了遷移。太液池地區作為西宮，也叫西苑，成為皇家的禦苑。清代吳長元《宸垣識略》記載：“西苑在西華門西，創自金而元明遞加增飾。金時隻為離宮，元建大內於太液池左，隆福、興聖等宮於太液池右。明大內徙而之東，則元宮盡為西苑地。”
其實，朱棣在下令修建皇宮以前，為了到北平時居住方便，早於1417年（永樂十五年）在他原來居住過的燕王府的基礎上改建成西宮。西宮正殿名為奉先殿，並設置有午門、奉先門和東西六宮，排列規製有序的1600餘間房屋，儼然一個小皇宮。但這小皇宮最後實際成了冷宮。因為在皇城建成以後，皇帝、後妃深居紫禁城，西宮就冷清了。
1457年，在土木堡之役被俘後還京的明英宗朱祁鎮發動了政變，把原來代替他做皇帝的弟弟景泰帝朱祁鈺趕下了台，這便是史書上記載的“奪門之變”。這次“奪門之變”後，被廢後的景泰帝便被打入冷宮。
被打入西宮的還有一位皇後――吳氏。因為明憲宗朱見深特別寵愛萬貴妃，嫉妒而恨的皇後吳氏抓住了萬貴妃的過錯，便拿起棍棒處罰了萬貴妃。朱見深聞知此事後，勃然大怒，一句話便把皇後廢掉，並發配吳氏居住西宮。
在明代，明世宗嘉靖皇帝是有名的昏君。他異常殘暴荒淫，又深信道教，整日煉丹，尋求長生不老之藥。
也正是由於他的殘暴荒淫，深為人之痛惡，險些死在宮女之手。1542年（嘉靖二十一年）10月21日，性格剛烈的宮女楊金英等趁嘉靖皇帝酣睡之際，企圖用白綾勒死嘉靖皇帝，可惜的是，沒有成功，結果楊金英等16名宮女全部被殺。“宮女弑帝”事件發生後，嚇壞了嘉靖皇帝，害怕再出意想不到的事，便搬出紫禁城，便到太液池西岸的西宮內永壽宮居住。
因為嘉靖皇帝篤信道教，他便在永壽宮焚修齋醮。1561年的元宵節，他與他寵愛的尚美人飲酒作樂，美人恣肆放縱，在帳中試放焰火，結果不慎引起火災，將永壽宮一帶的所有宮殿全部燒毀。嘉靖不得已，於第二年下令在宮殿的廢墟重建了萬壽宮和壽源宮。
在萬壽宮西南側還建有先蠶壇。我國古代為鼓勵耕織，曆年有皇帝親耕、皇後親蠶的典禮，因此，大都建壇祭祀。1530年（嘉靖九年）在安定門外建先蠶壇。後來，嘉靖皇帝采納禮部的建議，將先蠶壇改築在西苑宮內，這樣皇後親蠶就可以不再出城了。明代夏言有詩記載了皇後親蠶這件事：“龍池西畔苑牆橫，碧樹朱庭曉望明，歲歲君王深駐輦，百花香裏看春耕。北郊已複親蠶禮，內苑仍開獻蠶宮。繅出素絲方至雪，織成元兗炫山龍。”
元明兩代在西宮以西迤南還有一座皇家園林――禦西苑，有假山、回廊、平台、宮殿等。南海開鑿於明代。史書記載，明永樂十八年，北京宮殿基本建成。南海開鑿和西苑擴建工程也在這個時期完工。當年，挖出的土，堆築了一座四周環水的小島――瀛台。
乾隆曾有詠西苑禦製詩：“西苑曠西奧，肇自明代作。瓊華萬玉堆，太液千夫鑿……”詩中“明代作”和“千夫鑿”說明了南海的來龍去脈。
南海的開挖，瀛台的堆築，形成了今日太液池的規模。《宸垣識略》載：“太液池：池在西苑中……瀛台在其南，五龍亭在其北，蕉園、紫光閣東西對峙。夾岸榆柳古槐，多數百年物，禁中人呼瀛台為南海，蕉園為中海，五龍亭為北海”。
太液池的三海――北海、中海、南海，是由池上的兩座橋隔成的：金鼇玉蟲東橋以北為北海，蜈蚣橋之南為南海，兩橋之中間為中海。
兩橋隔一海，沿用至今。
拓建禦苑三海
清代，滿人入關，定都京師，在其城市建製上，基本沿襲了舊製。但中南海作為皇帝的行宮和禦苑，在原有的基礎上進行了拓建，並成為清朝處理政事和從事娛樂活動的場所。
早在16世紀末、17世紀初，滿族就已在我國東北邊陲的長白山下逐漸強盛，並崛起於東北的大地之上。明萬曆四十四年，努爾哈赤稱帝，建元天命，正式建立“大金”政權，與明統治者相對抗。崇德元年（1636）努爾哈赤的兒子皇太極改國號為清。崇德八年（1636）皇太極死，6歲的兒子福臨即位，改年號為順治。順治元年（1644）4月山海關大戰後，輔佐福臨的睿親王多爾袞率清軍隨即進兵北京。並於1644年5月，在李自成率領的農民起義軍放棄北京城向陝西撤退之後占領了北京。就在這一年的9月，由沈陽遷都北京。從此，北京繼元、明之後，再一次成為我國統一的多民族國家的政治中心。
清初“定都京師，宮邑維舊”。清朝統治者在定都北京之後，完全沿用了明朝的北京城。這是因為明清之際，北京城並沒有遭到什麼破壞。所以，就是在以後，連紫禁城內也隻是對原有的建築物作一些重修，或局部、小範圍的改建。
在清朝統治的200餘年間，市政建樹不在皇城宮闕，但西郊的皇家苑囿營作卻超過前代。在改建修葺紫禁城的同時，集中全國主要財力、物力和天下能工巧匠，在京城西北郊營建皇家苑囿，形成北京乃至中國造園史上第三個高潮。
當然作為紫禁城近鄰的西苑三海，是不能不修繕拓建的。
康熙、雍正、乾隆幾代皇帝，對中南海大加拓建，不僅在此遊玩，節慶賞宴王公卿士，而且在勤政殿等處召見官員，處理國務，接見進京朝覲的外藩屬國使臣，歡迎凱旋回朝的出征將領。此時中南海也變成了清王朝的政治中心。喜好作詩題字的乾隆皇帝說：“勝朝遺跡，百年承平，一亭一榭，各標勝概，逐景得句，無慮數十百首。”
清朝鼎盛時期，中南海裏每年總要有幾次隆重盛大的活動。順治年間，每歲陰曆七月十五建“盂蘭盆會”，放荷花彩燈數千盞，滿池光華慶升平，火樹銀花不夜天，為苑中一大盛事。康熙、乾隆時，向例在中秋節前兩三天，集三旗大臣侍衛在紫光閣前校射。一到入冬湖水封凍時節，則命八旗禁旅在太液池上習冰嬉，練技藝，分棚擲彩球，互相追逐比試矯捷，並設旌門懸靶演習射箭，論功閱射，按等行賞。到同治、光緒年間，專門組織“冰鞋處”，在中南海表演滑冰。