北平行轅辦公地址設在中南海居仁堂，屋宇華麗寬敞，非漢中所能比。不過北平行轅名義上雖為華北軍政最高官署，委員長也曾電令中央在華北接收的各級機關要聽行轅主任的命令行事，但事實上，這命令隻是敷衍李宗仁麵子的虛文。各機關仍是直接聽命於他們中央主管官署的命令，與行轅風馬牛不相及，行轅也根本管不著他們。尤其是負責在華北肅奸的特務人員，他們自稱“見官大三級”，哪裏會聽北平行轅的命令。甚至空軍人員在北平也成特權階級，亂事接收，趾高氣揚，不可一世。
李宗仁在他的回憶錄中說：
當時在北平的所謂“接收”，確如民間報紙所譏諷的，實在是“劫收”。這批接收人員吃盡了抗戰八年之苦，一旦飛入紙醉金迷的平、津地區，直如餓虎撲羊，貪贓枉法的程度簡直駭人聽聞。他們金錢到手，便窮奢極欲，大肆揮霍，把一個民風原極淳樸的故都，旦夕之間便變成罪惡的淵藪。中央對於接收職權的劃分也無明確規定，各機關擇肥而噬。有時一個部門有幾個機關同時派員接收，以致分贓不均，大家拔刀相見。無法解決時，便來行轅申訴，我這身為最高長官的行營主任竟成了排難解紛的和事佬。
最令當時平、津居民不能忍受的，便是這批接收官員為便於敲詐人民，故意製造恐怖氣氛，隨意加人以漢奸罪名而加以逮捕。一時漢奸帽子亂飛，自小商人以至大學教授隨時有被戴上漢奸帽子坐牢的可能。因而凡是抗戰期間沒有退入後方的人，都人人自危。於是頗有一些年高德劭的學者和居民來向我泣訴，希望能稍加製止。
我不得已，召集黨政軍臨時聯席談話會，尤其對特務機關負責人馬漢三曉以大義，申斥一頓。我說，你們對“漢奸”一詞的定義，應該依法有明確的規定，不可用來作為勒索人民的借口，須知在敵人侵入國土之時，我政府無力保國衛民而被迫撤退，我們對留下來任敵人宰割的人民已覺慚愧不堪。今敵人幸被逐出國土，我們應與民更始，重慶升平。你們不此之圖，反欲混水摸魚，借口敲詐，成何體統。我一再告誡馬漢三說，嗣後凡非附敵有據的，概不得濫予逮捕。爾部下如有不聽命令，明知故犯的，一經人民告發，查明屬實，當惟爾是問。
在北平，我不僅竭力製止軍警和學生衝突，且令軍警保護遊行學生，等他們把怒氣、熱情發泄盡了，自會散隊休息。在此政策之下，學潮聖地的北平居然平安無事。國民黨的職業學生固然不敢過於越分，共產黨的職業學生也失去了煽起暴動的口實。不過我的作風似非南京所能容忍。北平中央特務在中央授意之下，卻另有打算。
某日淩晨，北平市長何思源忽然倉皇趕來看我。我忙問何事？
何說：“各大、中學學生今天又要大規模遊行示威。”
我說：“讓他們遊行好了。”
何說：“特務機關這次可忍不住了，他們已經準備有所行動！”
我說：“如何行動法？”
何說“他們預備在各重要街口埋伏便衣特務，手槍、手提機關槍都有，今天他們要製造個大屠殺場麵來顯示他們的威風！”
我說：“他們真準備製造血案？”
何說：“他們已經在各街口埋伏了二百多條槍……李主任，你千萬要製止他們，否則這一場屠殺是萬難避免的了。”
何思源的口氣不像是危言聳聽，我乃立刻打電話給馬漢三，叫他務必即來行轅見我。馬漢三來了，我便問他道：“聽說你們今天要製造血案，是不是？”
馬漢三道：“報告主任，學潮愈鬧愈不像話了。我看不犧牲幾個人恐怕鎮壓不了。”
我說：“你的意思是要打死幾個學生？我告訴你，這事千萬做不得。你以為打死幾個學生和教授就可把風潮壓下去嗎？”
馬說：“他們是受共產黨煽動的。”
我說：“你打死了學生，不是更替共產黨製造反政府的借口嗎？無論怎樣，你務必速將派出去的便衣隊撤回！你必須馬上就辦！”
馬漢三聞言頗有難色。我聲色俱厲地告訴他說“你務必照辦！上麵的事有我李主任完全負責！”馬漢三仍然默默無言。
我說：“你如不聽我命令，我今天便扣押你，把特務便衣隊全部繳械。以後特務如和學生有任何衝突，惟你馬漢三是問！”
於是馬說：“我聽李主任命令就是。”說畢便唯唯而退。
當日午後二時，果然又是一次學生大遊行。北平城門關了，城外學生爬城而入，情緒激昂，但終沒出事。不久，遊行也就散了。
事過之後，何思源又來看我，拍手稱慶道：“要不是德公當麵嚴令馬漢三，那就糟了。打死了幾十條人命誰能負責？”最奇怪的是馬漢三也來向我報告說，幸好李主任吩咐，否則打死了學生，他也擔當不了。言下之意，他似奉有南京方麵的密令，如沒有我堅決阻止，他何敢擅自撤消呢？
這場血案雖幸避免了，但是北平的軍統局特務後來仍然午夜爬牆進入師範大學宿舍提人，秘密嚴刑審訊，間有殺死、投屍於城外溝渠中的事。各大學負責人遇有學生失蹤，總是來向我請求營救。其實特務橫行，既不是奉我的命令，他們也從不向我報告，不過出了亂子，則責任必然是我的。不僅特務係統如此，其他中央駐平的軍事機關、憲兵團也莫不如此。他們皆獨斷專行，根本不向我報告，我也管不著他們。
最令人不解的是我下屬的更調，北平市政府與河北省政府和行轅近在咫尺，而每次更換首長時，連通知也不給我一個。例如何思源被調職時，我正在南京開會，翌日飛回北平，有人示我以當日報紙說，何思源市長聞已被撤職。我說，根本是謠言，因為我昨日剛自南京回來，行前還見到蔣先生，他並未提及此事！
孰知不到三天，消息便經證實，何思源調職了。北平市可說是北平行轅的直屬機關，北平市長撤換，我身為行轅主任，連事先知道的權利都沒有，我的實權如何，也可想而知了。我這行轅主任對部下人員撤換的消息還不及一個CC係報紙的新聞記者靈通，蔣先生硬要我頂這個空名義，又何必呢？所以我說，我任北平行轅主任三年，實在是吊在空中，上不沾天，下不著地呢！
也正是諸多原因的攪和，使李宗仁感到北平行轅這一有職無權，徒有虛名的空殼該是敲碎而棄之的時候了。於是，他經過千思萬慮，在1948年3月11日，正式宣布：參加副總統競選。
李宗仁這一驚人的宣布，把蔣介石氣得捶胸頓足，覺得“好比一把刀指著胸膛那樣難過”。
但無論形勢如何，李宗仁以1438票的多數戰勝了孫科，當選民國副總統，並於1948年5月20日就職。
李宗仁就任副總統後，便向蔣介石請辭北平行轅主任一職。蔣介石在接受李宗仁的辭職之時，索性也把北平行轅的機構裁撤了。
但不想，北平行轅裁撤不久，北平中南海居仁堂又成為“華北剿總司令部”，華北剿總司令傅作義在居仁堂又是怎樣一番表演呢？這當屬後話。