萬曆四十年（1612）九月，努爾哈赤借口布占泰屢背盟約和以鳴鏑穿射侄女娥恩哲，親自披明甲、乘白馬，率第五子莽古爾泰、第八子皇太極，統兵征烏拉。建州軍盔甲鮮明，兵雄馬壯，沿烏拉河而下，連克河西六城，在距烏拉城西門二裏的金州城駐營。建州兵放火燒莊，盡焚敵糧。布占泰乘獨木舟到烏拉河中流，叩頭懇求建州兵熄滅燒糧之火，撤退圍城之兵。努爾哈赤乘馬走進水齊馬胸的烏拉河中，對布占泰發表了憤怒而長篇的講話：
布占泰，你在戰場上被擒應死，從寬收養，釋回烏拉為貝勒。我把三個女兒嫁給你，你曾七次立誓說“天高地厚”，可竟變了心，兩次襲擊並擄掠我屬下虎爾哈路。你布占泰揚言要強娶恩養父我給過聘禮的葉赫女子。我的女兒是給國主作福晉，才出嫁他國，豈是給你用骲（bào）箭射的嗎？我的女兒如果做錯了事，你要向我說明。你能舉出動手打我愛新覺羅的先例嗎？百世可能不知，十世以來的事也不知道嗎？如果有人動手打我愛新覺羅的先例，那你是正確的，我兵來攻是錯誤的。如果沒有那種先例，你布占泰為何用骲箭射我女兒呢？她死後還要蒙受被骲箭射過的惡名嗎？活著就悶在心裏嗎？古人說：“人若折名，甚於折骨。”如果看到繩子就以為是毒蛇，見到瘡膿就以為是海水，這次出兵非所樂為。聽到你用骲箭射我女兒的消息，十分憤恨，才領兵前來。（《滿文老檔·太祖》第2卷）
努爾哈赤斥責布占泰後，命他送人質至建州，遂還營，後留兵千人駐戍，大軍撤回。
誠然，努爾哈赤出兵烏拉，並非完全為其侄女受辱，如他多次受葉赫淩辱，未見興師問罪；其主要的原因是，在建州的政治棋盤上，下一步要吃掉的棋子就是烏拉。
萬曆四十一年（1613）正月，建州利用烏拉奴隸主貴族眾叛親離、烏拉城孤立無援和部民“無不樂附於老酋”的形勢（《李朝宣祖實錄》第209卷），再次征討烏拉。建州出兵的借口有四：（一）布占泰屢背盟約；（二）幽禁努爾哈赤與舒爾哈齊之女；（三）強娶努爾哈赤所聘葉赫貝勒布齋之女；（四）送人質於葉赫。努爾哈赤帶領次子代善、侄阿敏，大將費英東、額亦都、安費揚古、何和裏、扈爾漢及將士三萬人，張黃蓋、吹喇叭，奏瑣呐、打鑼鼓，向烏拉進軍。
建州軍進攻烏拉，連克烏拉河東孫孔泰、郭多、俄漠三城。布占泰親率三萬兵馬，越伏爾哈城，列陣以待。在此緊要關頭，領兵諸將欲奮勇抵敵，努爾哈赤卻以“豈有伐大國，能遽使之無孑遺”（《清太祖武皇帝實錄》第2卷），並重申“砍伐大樹”之前諭。努爾哈赤高估了敵方實力，而低估了己方力量。在兩軍相峙，攻而不欲，退而不忍，徘徊猶豫之際，代善冒著違背父汗之命的罪名，率領諸將強諫道：
初所慮者，如何誘布占泰兵出城。今其兵已至郊野，反不出擊斬殺。若知如此，何必喂飽馬匹，整備盔甲、鞍轡、弓箭、刀槍，即自家中前來。今日不戰，俟布占泰得娶葉赫之女再征討之，將何為耶？其辱孰能忍之！（《滿文老檔·太祖》第2冊）
努爾哈赤納代善等議，下令同烏拉兵郊原野戰，速決取勝。
烏拉城，城高大，且堅固。布占泰憑城布野，列陣以待建州軍進攻。建州軍與烏拉軍相距百步左右，下馬步戰，廝殺一片，矢如風發電落，聲似狂飆雷鳴。努爾哈赤率先乘騎突陣，挺身而入，諸將、軍士堅甲利劍，鐵騎馳突。建州軍鼓勇縱擊，烏拉軍拚死力敵。布占泰所率三萬之軍，力不能禦，四散潰敗。敗散的烏拉兵，十損六七，拋戈棄甲，屍橫遍地，血灑原野。建州兵越過伏爾哈城，乘勝進奪烏拉城門。布占泰次子達穆拉率兵守城，拒門堅禦。代善之軍，最為奮勇。安費揚古率攻城軍，一麵用雲梯登城，一麵用準備好的土袋，兵士們迅速地拋向城下，土與城平。攻城軍登上城牆，先鋒軍奪門而入。努爾哈赤登城，坐在西門城樓上，兩旁樹立旗幟。時布占泰領敗兵不滿百人，奔城而來。他見城已失陷，遂大驚，急回奔，遭代善領兵阻截。布占泰“見勢不能敵，前衝突而走，折兵大半，餘皆潰散。布占泰僅以身免，投夜黑國去”（《清太祖武皇帝實錄》第2卷）。
烏拉城之役，努爾哈赤統率建州軍，“破敵三萬，斬殺萬人，獲甲七千副”（《滿文老檔·太祖》第2冊），攻占烏拉城，滅亡烏拉部。
努爾哈赤滅亡烏拉部後，在烏拉城居住十天，賞賚（lài，賜予）將士，“分配俘虜，編成萬戶”（《滿文老檔·太祖》第3卷），帶回建州。他在“砍倒”烏拉部這棵大樹之後，又馬不停蹄地兵指扈倫四部中最後的一部——葉赫部。