清太祖努爾哈赤既播下了“康乾盛世”的種子，也埋下了“光宣哀世”的基因。八旗製度則是其“種子”與“基因”的一個表征。八旗盛則清興，八旗衰則清亡。
努爾哈赤創建八旗製度，是我國滿族發展史上一件大事，也是他的一大功績。
八旗製度的發生和發展，有一個漫長的過程。它始於女真氏族的狩獵製度生產組織。《滿洲實錄》記其起源道：
前此，凡遇行師出獵，不論人之多寡，照依族寨而行。滿洲人出獵開圍之際，各出箭一枝，十人中立一總領，屬九人而行，各照方向，不許錯亂，此總領呼為牛錄（漢語大箭）額真（額真漢語主也），於是以牛錄額真為官名。（《滿洲實錄》第3卷）
牛錄，為滿語niru的對音，是箭或大箭的意思；額真，為滿語ejen的對音，是主的意思。牛錄額真即大箭主，原是狩獵時的十人之長，起源甚早，後演變為官名。隨著女真社會生產的發展，牛錄組織日益擴大。到女真社會出現階級分化和階級對抗之後，牛錄不僅是狩獵生產組織，而且演變成奴隸主貴族發動掠奪戰爭或進行軍事防禦的工具。
女真的軍事組織，早見於《金史·兵誌》載：“金之初年，諸部之民無它徭役，壯者皆兵，平居則聽以佃漁射獵習為勞事，有警則下令部內，及遣使詣諸孛堇征兵，凡步騎之仗糗（qiǔ）皆取備焉。”其軍事組織形式，“部卒之數，初無定製，至太祖即位之二年，既以二千五百破耶律謝十，始命以三百戶為謀克，謀克十為猛安。繼而諸部來降，率用猛安、謀克之名以授其首領而部伍其人”（《金史·兵誌》第44卷）。
建州女真的軍事組織、在努爾哈赤先祖猛哥帖木兒時即已有之。時其軍隊分為左軍、右軍和中軍。據朝鮮《李朝世宗實錄》記載：“猛哥帖木兒生時，如有興兵之事，則必使凡察領左軍，權豆領右軍，自將中軍，或分兵與凡察，故一部之人，素不賤惡。”但是，這段記述過於簡略，也未見牛錄額真的記載。到萬曆十一年（1587）努爾哈赤起兵，攻克圖倫城，“當是時，兵百人，甲十三副”（《清太祖高皇帝實錄》第1卷）。這百人軍隊的組織細節，沒有留下文字記載。
牛錄額真成為官名，最早見諸於《滿洲實錄》和《清太祖實錄》萬曆十二年（1584）的記載。努爾哈赤起兵已經一年，他的軍隊至少發展到五百人，“上率兵五百，征董鄂部主阿海巴顏”（《清太祖高皇帝實錄》第1卷）。因軍隊較多，便出現三百人一牛錄的軍事組織。《清太祖高皇帝實錄》載：“擢鄂爾果尼、羅科為牛錄額真，統轄三百人。”從此，牛錄額真已經不是出師行獵的臨時性的十人之長，而成為女真的一種官名。牛錄不僅是圍獵組織，同時也是軍事組織。
萬曆十七年（1589），努爾哈赤統一建州女真的戰爭已經進行六年，隨著統治區域的擴大，管轄部民的增多，以及王權的建立，他便組織了一支軍隊。這支軍隊，當時分為四個兵種：環刀軍，鐵錘軍，串赤軍和能射軍。這僅見於《李朝宣祖實錄》，現抄錄如下：
左衛酋長老乙可赤兄弟，以建州衛酋長李以難等為麾下屬。老乙可赤則自中稱王，其弟則稱船將。多造弓矢等物，分其軍四運：一曰環刀軍，二曰鐵錘軍，三曰串赤軍，四曰能射軍。間間練習，脅製群胡。（《李朝宣祖實錄》第23卷）
老乙可赤即努爾哈赤，降建州衛酋長李亦難等，隸之麾下。他多造弓矢，分為四軍，練習騎射，嚴定軍紀。四軍編製，實即後來四旗、八旗的基礎。
建州四軍的軍隊數量，《李朝宣祖實錄》記載，萬曆二十年（1592），“奴兒哈赤部下原有馬兵三四萬，步兵四五萬，皆精勇慣戰”（《李朝宣祖實錄》第30卷）。但這話出自建州貢民馬三非等之口，可能有所誇大。三年後，朝鮮通事河世國到費阿拉，大概目睹：“老乙可赤麾下萬餘名，小乙可赤麾下五千餘名，常在城中，而常時習陣千餘名，各持戰馬著甲，城外十裏許練兵。而老乙可赤戰馬則七百餘匹，小乙可赤戰馬四百餘匹，並為考點矣。”（《李朝宣祖實錄》第69卷）這時努爾哈赤已統一建州女真，上述目測數字較為可靠。萬曆二十四年（1596），明朝官員餘希元到費阿拉，入城前，有建州騎兵四五千左右成列隨行，又有“步兵萬數，分左右列立道旁者，至建州城而止”（《李朝宣祖實錄》第73卷）。由上推算，當時建州的步騎兵約有二三萬人。這些軍隊，已按旗編製。《滿洲實錄》在記述萬曆二十一年（1593）古勒山之役時，作如下記載：“太祖兵到，立陣於古埒山險要之處，與赫濟格城相對。令諸王大臣等各率固山兵，分頭預備。”而《清太祖高皇帝實錄》也作了同樣記載：“上至古勒山，對黑濟格城，據險結陣。令各旗貝勒大臣，整兵以待。”據此可知，努爾哈赤早巳將建州士兵編成各旗，並已早有軍旗。萬曆二十四年（1596），朝鮮人申忠一到費阿拉，所見建州軍旗：“旗用青、黃，赤、白、黑，各付二幅，長可二尺許。”（《李朝宣祖實錄》第71卷）
努爾哈赤始設四旗一事，清朝有的史籍係於萬曆二十九年（1601）。據《清太祖高皇帝實錄》所載：
上以諸國徠服人眾，複編三百人為一牛錄，每牛錄設額真一。先是，我國凡出兵校獵，不計人之多寡，各隨族黨屯寨而行。獵時，每人各取一矢，凡十人，設長一，領之，各分隊伍，毋敢紊亂者。其長稱為牛錄額真。至是，遂以名官。（《清太祖高皇帝實錄》第3卷）
實際上，努爾哈赤在這一年對建州軍隊進行了一次整編。他“複編三百人為一牛錄”，每牛錄設額真一員，或並劃一旗色，以黃、白、紅、藍四色為旗的標誌。這次重要改革，為爾後八旗製度的確立奠下基礎。
萬曆四十三年（1615）十一月，努爾哈赤除建州外，已統一哈達、輝發和烏拉，史載其降俘烏拉卒騎，“不下數萬人”（《光海君日記》第79卷），又征撫大量東海女真部民。建州幅員益廣，步騎增多，“歸附日眾，乃析為八”（昭梿：《嘯亭雜錄》第10卷），除原有四旗，再增設四旗，共為八旗。《清太祖高皇帝實錄》載：
上既削平諸國，每三百人設一牛錄額真，五牛錄設一甲喇額真，五甲喇設一固山額真，每固山額真左右設兩梅勒額真。初設有四旗，旗以純色為別，曰黃、曰紅、曰藍、曰白。至是添設四旗，參用其色鑲之，共為八旗。（《清太祖高皇帝實錄》第4卷）
《滿文老檔》對牛錄額真以下官員，記述更為具體：
牛錄額真以下設岱子二人、章京四人和噶珊撥什庫四人。四名章京分領三百男丁編成的達旦。（《滿文老檔·太祖》第4卷）
牛錄額真，後稱牛錄章京，入關後稱佐領。岱子，為滿語daise的對音，是副職的意思。章京，為滿語janggin的對音，是辦事員的意思。噶珊撥什庫，噶珊為滿語gas∨an的對音，是村的意思，撥什庫為滿語bos∨okū的對音，是領催的意思；噶珊撥什庫即村領催，後稱領催。達旦，為滿語tatan的對音，是窩鋪的意思，相當於連，後被取消。甲喇額真，其滿語體為jalan i ejen，jalan原意為草節、竹節之節，為承啟固山額真與牛錄額真之間的官職，轄五個牛錄，所以滿文又稱sunja niru i ejen，意為五牛錄之主，後稱甲喇章京，入關後稱參領。固山額真，固山為滿語gūsa的對音，是旗的意思，其滿語體為gūsai ejen，意為旗之主，後稱固山章京，入關後稱都統。梅勒額真，梅勒為滿語meiren的對音，是兩側、副手的意思，其滿語體為meiren i ejen，意為副（旗）主，後稱梅勒章京，入關後稱副都統。
固山是滿洲戶口和軍事編製的最大單位。每個固山各有特定顏色的旗幟，所以漢語譯固山為旗。原有四旗，用黃、白、紅、藍四種顏色作旗幟。增添的四旗，將原來旗幟周圍鑲上一條邊，黃、白、藍三色旗幟鑲紅邊，紅色旗幟鑲白邊，成了八種不同的旗幟。不鑲紅邊的黃色旗幟稱為整黃旗，即整幅的黃旗，習稱正黃旗；鑲紅邊的黃色旗幟稱為鑲邊黃旗，習稱鑲黃旗，俗寫廂黃旗。其他三色旗幟也是一樣。合起來稱為八旗。
八旗製度首先是軍事製度。
八旗軍在創立的初期，是一支勇敢善戰的軍隊。“其俗勇悍，喜戰鬥，耐饑渴，善騎射。上下崖壁如飛，濟江渡河不用舟楫，浮馬而渡。”（羅曰褧（jiǒng）：《鹹賓錄》第2卷）《清太祖高皇帝實錄》對八旗製度的軍事性質，作了明確的記載：
行軍時，地廣，則八旗並列，分八路；地狹，則八旗合一路而行。隊伍整肅，節製嚴明，軍士禁喧囂，行伍禁攙越。當兵刃相接時，被堅甲、執長矛大刀者，為前鋒；被輕甲、善射者，從後衝擊；俾精兵立他處，勿下馬，相機接應。每預籌方略，了如指掌，戰則必勝。（《清太祖高皇帝實錄》第4卷）
這裏除記述八旗軍的軍容軍紀整肅、攻戰克敵製勝外，還記載八旗軍在兵種上分為三等，即長甲軍、短甲軍和巴牙喇，後來演變成前鋒、驍騎和護軍等。護軍即精兵，時稱巴牙喇。巴牙喇，為滿語bayara的對音，意為精兵或護軍。其首領為bayarai jalan i janggin，漢語音譯為巴牙喇甲喇章京，後稱護軍參領。朝鮮稱巴牙喇為拜阿羅，據朝鮮人李民寏（huán）所見：“胡語呼拜阿羅軍者，奴酋之手下兵也，五千餘騎，極精勇雲（七將皆有手下兵，而未詳其數）。”（李民寏：《建州聞見錄》）巴牙喇是從各牛錄中選拔的精壯，兵驍馬驃，甲堅劍利，在努爾哈赤奪取撫順、沈陽、遼陽等戰役中，發揮了重要的作用。