明軍撫順路、開原路、寬奠路相繼敗北，經略楊鎬急檄清河路李如柏回兵。李如柏怯懦蠢弱，出師晚，行動緩，還沒有同後金軍交鋒。他接到楊鎬檄令後，急命回師。後金牛錄額真武理堪，受命率二十名哨騎在虎攔山巡邏，見李如柏退師，機智地斬殺四十人，獲馬五十匹，致使明軍大亂。據《清史列傳·武理堪》所載：
武理堪率二十騎至呼蘭山，見敵軍行山麓，乃於山巔駐馬大呼，弓手四顧為指麾伏兵狀。敵望見驚潰。武理堪遂縱騎疾馳擊之，斬四十人，獲馬五十，敵相蹂躪，死者千餘。（《清史列傳·武理堪》第4卷）
《滿文老檔》和《滿洲實錄》也作了類似的記述。上述記載，雖不免張飾，但可以看出李如柏退師時“草木皆兵”的驚惶之狀。
李如柏退師之後，明朝言路極憤，劾其與努爾哈赤有香火情，所以李如柏逗留觀望，努爾哈赤也一矢未加。戶科給事中李奇珍疏劾李如柏娶努爾哈赤之弟舒爾哈齊女為妻，現生第三子，有“奴酋女婿作鎮守，未知遼東落誰手”之謠（《明神宗實錄》第582卷）。李如柏逃回清河，後下獄自裁。
努爾哈赤與經略楊鎬、後金與明朝，在雙方決定雌雄的薩爾滸之戰中，以後金軍的勝利和明軍的潰敗而告結束。這次戰役，明軍損失重大，據統計：明軍文武將吏死亡三百一十餘員，軍丁死亡四萬五千八百七十餘人，陣失馬、騾、駝共二萬八千六百餘匹（王在晉：《三朝遼事實錄》第1卷）。
明軍在薩爾滸之戰中所以失敗，主要由於政治腐敗、軍事廢弛、帥將不和、指揮失算。
政治腐敗。遼事之錯，在經略、樞部、輔臣以至於萬曆帝腐敗不堪。明浙江道禦史楊鶴上薩爾滸之敗疏言：
遼事之失，不料彼己，喪師辱國，誤在經略；不諳機宜，馬上催戰，誤在輔臣；調度不聞，束手無策，誤在樞部；至尊優柔不斷，又至尊自誤。（《明史·楊鶴傳》第260卷）
楊鶴剛直之言直指萬曆帝。同僚認為楊鶴疏言過鯁，他便引病辭職。但是，薩爾滸之戰的失敗，從根本上說，不完全是萬曆帝和經略、尚書、宰輔等大員的個人責任，而是明朝君主專製的腐朽政治之樹，結下的一枚苦果。這一點是楊鶴所不能認識的。
軍事廢弛。薩爾滸戰前，明軍臨時征調，倉促赴戰，軍心不一，戰誌不齊，糧餉乏繼，器械鈍朽，援兵號泣，將領叛逃。如新調到的援兵皆“伏地哀號，不願出關”（《明神宗實錄》第571卷）。明軍不但援兵啼號，而且援將脫逃，如：
陝西固原遊擊佟國祚，領兵援遼，於萬曆四十六年九月二十八日，師次昌平，國祚聞伊父原任總兵鶴年降奴，遂萌叛誌。紿（dài）各官領兵先行，至二十九日又詭稱家人佟六漢亡，即差牢役邵進忠等分投追趕，國祚遂得隻身輕騎脫逃以去。（《明神宗實錄》第578卷）
帥將不和。明軍帥與將、將與將之間，“心怯而忌，氣驕而妒”（《明神宗實錄》第577卷），如杜鬆同劉爭魁，馬林同杜鬆互妒，潘宗顏對馬林不滿，劉對楊鎬怨恨等等。而劉對楊鎬不悅之色，溢於言表。從朝鮮都元帥薑弘立和劉的下述對話中，可見一斑：
臣（即薑弘立——引者注）問曰：“然則東路兵甚孤，老爺何不請兵？”答曰：“楊爺與俺自前不相好，必要致死。俺亦受國厚恩，以死自許，而二子時未食祿，故留置寬田〔佃〕矣。”臣問曰：“進兵何速也！”答曰：“兵家勝籌，唯在得天時、得地利、順人心而已。天氣尚寒，不可謂得天時也；道路泥濘，不可謂得地利也；而俺不得主柄，奈何？”頗有不悅之色。（《光海君日記》第137卷）