隨著努爾哈赤統一女真和對明征戰的不斷勝利，其人口日眾，疆土日廣，騎兵日強，國力日盛，其軍政中心相應地進行轉移：最早為費阿拉，後遷至赫圖阿拉，又移至界凡，再搬往薩爾滸山城，複徙至遼陽，最後遷都沈陽。
費阿拉是努爾哈赤的第一個根據地。費阿拉東依雞鳴山，南靠喀爾薩山，西偎煙筒山（虎攔哈達），北瀕蘇克素滸河，位置在蘇克素滸河支流加哈河與首裏口河之間三角形河穀平原的台地上。萬曆十五年（1587），努爾哈赤在費阿拉築城三層，興建衙門，啟築樓台，設堂祭天。《清太祖武皇帝實錄》記載：
丁亥年，太祖於首裏口，虎攔哈達下，東南河二道——一名夾哈，一名首裏，夾河中一平山，築城三層，啟建樓台。（《清太祖武皇帝實錄》第1卷）
這時努爾哈赤二十九歲，已起兵五年，尼堪外蘭授首，建州本部統一。努爾哈赤在這裏“定國政”，費阿拉成為建州第一個政治中心。他在費阿拉居住十六年，統一建州，吞並哈達，創建軍隊，製定滿文，後遷至赫圖阿拉。
赫圖阿拉是繼費阿拉之後努爾哈赤的第一個都城。它位於費阿拉北麵，在蘇克素滸河與加哈之間。萬曆三十一年（1603），努爾哈赤從費阿拉遷往赫圖阿拉。《清太祖高皇帝實錄》記載：
上自虎攔哈達南岡，移於祖居蘇克蘇滸河、加哈河之間赫圖阿喇地，築城居之。（《清太祖高皇帝實錄》第3卷）
後金汗努爾哈赤在赫圖阿拉居住十六年，滅輝發，並烏拉，創八旗，興屯田，征撫東海女真，降服薩哈連部，發布“七大恨”誓師，獲取薩爾滸大捷。努爾哈赤在赫圖阿拉建立後金，強化汗權，奠下了他政治大業的基礎。但是，努爾哈赤不循舊苟安，他為著銳意進取，又放棄赫圖阿拉，徙駐界凡。
界凡城是努爾哈赤向明發動大規模進攻的前哨陣地。萬曆四十七年即天命四年（1619）二月，努爾哈赤派夫役一萬五千人往界凡運石築城。他在三月獲得薩爾滸之捷後，決意將後金政治重心西移，在界凡建衙門，修行宮，屯田牧馬，待機攻明。六月，界凡城修竣。界凡又稱者片，在赫圖阿拉西一百二十裏，位置於蘇克素滸河與渾河之間：“者片城在兩水間，極險阻，城內絕無井泉，以木石雜築，高可數丈，大小胡家皆在城外水邊。”（李民寏：《建州聞見錄》）界凡城初步竣工後，努爾哈赤的遷駐之議，受到諸貝勒大臣的阻撓，但他力排眾議，決計遷居界凡。史載：
上諭貝勒諸臣曰：“吾等勿回都城，築城界凡，治屋廬以居，牧馬邊境，勿渡渾河，何如？”貝勒諸臣議曰：“不如還都，近水草，息馬濃陰之下，浴之、飼之，馬乃速壯；且使士卒歸家，繕治兵仗便。”上曰：“此非爾所知也。今六月盛夏，行兵已二十日矣。若還都二三日乃至，軍士由都至各路屯寨，又須三四日，炎蒸之時，複經遠涉，馬何由壯耶？吾居界凡，牧馬於此，至八月又可興師矣。”遂駐蹕界凡，令軍士盡牧馬於邊。（《清太祖高皇帝實錄》第6卷）
諸王貝勒不理解後金汗的政治抱負與軍事意圖，力請解韁釋弓，燕居家園。努爾哈赤說服貝勒大臣後，接親眷，擺大宴，遷駐“四麵皆險截”的山城界凡。努爾哈赤遷居界凡後不久，即率師出征，兩月之間，擒介賽，陷鐵嶺，滅葉赫。努爾哈赤在界凡棲駐一年零三個月後，又移居薩爾滸山城。
薩爾滸山城在界凡西十裏許。努爾哈赤為向遼沈地區進軍，遷至薩爾滸山城。不久，即連陷沈、遼。他在薩爾滸山城未及半年，便遷都遼陽。
遼陽原為明遼東首府。天啟元年即天命六年（1621）三月，後金占領遼陽後，努爾哈赤立即擬議遷都遼陽，諸貝勒大臣因循舊習，不願遷都。努爾哈赤說服他們，遂定遷都遼陽之計。《清太祖高皇帝實錄》記載：
上集貝勒諸臣議曰：“天既眷我，授以遼陽，今將移居此城耶，抑仍還我國耶？”貝勒諸臣俱以還國對。上曰：“國之所重，在土地、人民，今還師，則遼陽一城，敵且複至，據而固守。周遭百姓，必將逃匿山穀，不複為我有矣。舍已得之疆土而還，後必複煩征討，非計之得也。且此地，乃明及朝鮮、蒙古接壤要害之區，天既與我，即宜居之。”貝勒諸臣皆曰：“善。”遂定議遷都。（《清太祖高皇帝實錄》第7卷）
後金遷都遼陽議定，諸福晉在眾貝勒等的迎接下來到遼陽。她們踏著蘆葦席上鋪設的紅地毯，進入後金汗的衙門裏。翌年三月，努爾哈赤議另築遼陽新城。他召集諸貝勒大臣曰：“天眷佑，遂有遼東之地。但今遼陽城大，年久傾圮。東南有朝鮮，北有蒙古，二國俱未弭帖。若舍此征明，恐貽內顧憂，必更築堅城，分兵守禦，庶得固我根本。”諸貝勒大臣以興建城郭，遼民勞苦為諫。努爾哈赤執意建築新城，他說：