後金汗努爾哈赤於天命十一年（1626）正月寧遠兵敗，遭受起兵以來最重大的挫折。他自稱“朕心倦惰”，心情沮喪，悒悒（yì）不自得，鬱鬱思往事。《清太祖武皇帝實錄》三月三日，記載他的引咎之言：
吾思慮之事甚多，意者朕心倦惰而不留心於治道歟？國勢安危民情甘苦而不省察歟？功勳正直之人有所顛倒歟？再慮吾子嗣中果有效吾盡心為國者否？大臣等果俱勤謹於政事否？（《清太祖武皇帝實錄》第4卷）
他在晝夜殫思，稽省治策的失措、後金的困難、諸申的煩苦、忠奸的倒衡、臣吏的怠絀、子嗣的繼任等問題。努爾哈赤既在思索寧遠之敗的教訓，又在籌慮身後軍國的大計。但百思不得其解，陷於苦悶之中。
努爾哈赤為掩飾寧遠兵敗的慚悶，重振士氣，把將士的不滿引向蒙古。以其背棄“若征明與之同征，和則與之同和”的盟誓（《滿洲實錄》第8卷），興師問罪。四月初四日，他率領諸貝勒大臣統兵西渡遼河。前鋒軍射死蒙古喀爾喀巴林部葉赫巴圖魯幼子囊努克。努爾哈赤派大貝勒代善、二貝勒阿敏、三貝勒莽古爾泰、四貝勒皇太極以及濟爾哈朗、阿濟格、嶽托等統兵往西拉木倫河，獲勝而歸。五月二十一日，蒙古科爾沁奧巴貝勒來沈陽，他出城十裏升帳迎接。但後金汗努爾哈赤這兩次重大軍政活動，《滿文老檔》缺載。看來，這時努爾哈赤或傷創未愈，或患病在身，亦或兼而有之。
勞師遠襲和奧巴歸服，這都不能排解努爾哈赤因寧遠兵敗而潛鬱在心靈深處的悲苦。久經疆場、攻無不克的後金汗，竟然會輸給初曆戰陣、嬰城孤守的袁崇煥？努爾哈赤思索、慚赧、痛苦、焦燥，食不甘味，寢不安眠，肝鬱不舒，積憤成疾。努爾哈赤創傷未愈，癰疽突發。他於七月二十三日往清河湯泉沐養，八月初一日，派二貝勒阿敏殺牛燒紙，祈禱神佑，但毫無效果，病勢危重，尋乘船順太子河回沈陽。
天啟六年即天命十一年（1626）八月十一日，後金汗努爾哈赤在由清河返回途中，至沈陽東四十裏的靉雞堡死去。《清太祖高皇帝實錄》記載：
（七月）癸已（二十三日），上不豫，幸清河坐湯。八月庚子朔，丙午（初七日），上大漸，欲還京，乘舟順太子河而下。使人召大妃來迎，入渾河。大妃至，溯流至靉雞堡，距沈陽城四十裏。庚戌（十一日），未刻，上崩。在位凡十一年，年六十有八。（《清太祖努爾哈赤實錄》第10卷）
大妃納喇氏見努爾哈赤死去，悲痛欲絕，泣不成聲。群臣抬著努爾哈赤靈柩至沈陽宮中。努爾哈赤的屍骨未寒，就發生汗位繼嗣之爭。
時四大貝勒為代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極，四小貝勒為阿濟格、多爾袞、多鐸、濟爾哈朗。阿敏和濟爾哈朗為舒爾哈齊子，屬於旁支，不能爭位。莽古爾泰性魯鈍，或言曾弑其母繼妃富察氏，也不能爭位。承嗣汗位鼎爭者主要是皇太極、代善和納喇氏所出的多爾袞。大福晉納喇氏是努爾哈赤晚年的寵妃，為阿濟格、多爾袞和多鐸的生母。努爾哈赤死時，多爾袞十五歲，多鐸十三歲，因受父汗偏愛，兩人領有正白、鑲白二旗，又有其三十七歲正當盛年的生母納喇氏控製於上，勢力強大。這自為皇太極等所難容。諸王以“遺言”為由，迫令納喇氏殉死：