漢高帝聞言後大怒道：
“相國是接受了商人的許多財物，為他們請求我的上林苑！”
於是漢高帝下令把相國交給廷尉審理，給相國戴上刑具，把他囚禁起來。
勞苦功高的堂堂相國，一言不慎便被投入獄中，這是因為漢高帝聞聽相國請求開放上林苑後，很是生氣。高帝心想：
我責令你為強令購買民田一事向百姓請罪，你非但不認罪，反而請求我開放上林苑，這不是指責我封閉上林苑也是與民爭利嗎？上林苑是皇家苑囿，歸皇家所有是天經地義，向百姓開放成何體統皇帝的威嚴何在？最不能容忍的是，你打著為民請命的旗號，我豈不成了不管百姓死活的桀、紂一類的君主，你蕭何卻成了拯救民眾的救星，這不明明是借此來收買民心嗎？
蕭何隻知道一心忠於皇上和成就他的帝業，哪裏會想到這麼多。他為免除皇上的懷疑而有意或違心做過的幾件事，都是別人提醒的結果，而且是事過之後也就算了，從不在這些事情上多費心思。他沒有想一想：自己強買民田以自汙，不就是聽從客人的建議，怕皇上擔心自己是民望所歸，搖撼他劉氏江山嗎？而建議開放上林苑，這不正是自己打著為民請命的旗號使百姓對自己感恩戴德嗎？皇帝怎能不為此而惱怒。可見，蕭何並沒有領會客人建議他強買民田以自汙的精神實質，時時以此來警戒自己，以至於一遇到實際問題，便又把百姓疾苦與安定天下放在第一位，而沒有想到自己，沒有想到皇上對自己最不放心的是什麼，因而激怒了皇上，自己也被囚禁起來。
蕭何因為請求開放上林苑被投入獄中，他既無怨恨，也不後悔。他早已把自己的全部心血和性命投入了劉邦的帝業之中了，家族中所有能上陣的人都上了前線，全部家財都資助了軍費，入獄又算得了什麼？即或萬一有個好歹，不也就可以從此省心了嗎？蕭何怎麼也不理解皇上為什麼把自己囚禁起來，也不願意為此而多想。囚室之中，蕭何閉上眼睛靜靜地養神；蕭何問心無愧，相信皇帝遲早會把自己放出來的。
漢高帝在一氣之下把相國囚禁起來，事後他自身的感受，一點也不比獄中的蕭何輕鬆。然而，他又不願認錯。過了幾天，一位姓王的衛尉侍奉高帝，向高帝問道：“相國犯了什麼大罪，陛下把他突然拘禁起來了？”
“我聞聽李斯任秦皇帝的丞相，有善政則歸功於主上，有過錯則自己承擔，如今相國卻多收奸商的賄賂來為民眾請求我的上林苑，為自己取媚於百姓，所以把他囚禁治罪。”
王衛尉接著高帝的回答又說：
“如果是在職責的範圍之內而又有利眾的事，敢於為民眾提出請求，這才是履行丞相份內的職務。陛下怎會去懷疑相國接受商人的賄賂呢？況且陛下與楚軍相持數年，陳豨、黥布反叛時，陛下又親自統領諸將前往征討。當時，相國留守關中，隻要他一舉足那麼函穀以西就是陛下所有的了。況且秦皇帝是因為聽不到自己的過錯而失去天下，李斯替皇帝分擔過錯，又有什麼值得效法的呢？陛下為什麼在懷疑相國的時候如此淺薄啊。”
高帝聽了王衛尉的議論後，仍是很不愉快。他不是認為王衛尉講的沒有道理，而是恰恰相反。漢高帝實質上是生自己的氣，這事使他總是感到別扭，但無論如何，漢高帝還是得按理辦事，顧全大局。這一天，高帝特地派使節到獄中赦免蕭何出獄。
蕭何見使者手持天子符節來赦免他，頓時激動萬分。此時此刻，他感到自己似乎真是犯了什麼彌天大罪，或者是遇到了意外的滅頂災難，是天子的一道符節把他從地獄中拯救出來。或許並非如此，蕭何的分外激動，是皇上了解地、信任他，他相信皇上最終定會赦免自己的信念——這是蕭何在獄中的唯一精神支柱，終於沒有破滅，他怎能不激動萬分呢？於是，蕭何激動得顧不上一切，直向宮中奔去。
蕭何這時已年過60歲，兩鬢蒼白，幾天的獄中生活，使得蕭何又蒼老了許多，加之衣冠不整，活像個鄉間貧賤的老漢。
劉邦見平時一向謙恭謹慎、衣冠整齊的相國，如今卻判若兩人，白發散亂，麵容蒼老而憔悴，衣冠不整，赤著腳步履蹣跚地直向殿上撲來，向自己謝罪。高帝大為驚訝，一陣心酸，趕忙向前扶起蕭何，眼含淚水地向前認錯，說道：“相國快不要這樣！這事就算過去吧！相國為百姓請求上林苑，我不允許，我不過是桀、紂那樣的君主，而相國卻是位賢相。我把您囚禁起來，不過是為了讓百姓知道我的過錯。”
蕭何一直握著皇帝的兩臂不放，他沒有聽清楚皇帝向他說了些什麼，隻是仰首呆望，凝噎無語。這兩位年過60的帝國皇帝與相國，當年沛縣官府內外的一對摯友，在經過二十來年的風雨同舟之後，如今卻在宮殿上最終地不分彼此了。那無疑是一個十分動人的場麵。
在四個月之後，高帝離開了這個由他打下的江山。兩年之後，蕭何這個一直跟隨著高帝的名相，也與世長辭。