鄧小平接到《彙報提綱》後，十分關注。早在8月8日，鄧小平在同胡喬木等國務院政治研究室的同誌談話時，就曾談到科技與人才等問題。鄧小平指出，現在許多專門人才都有後繼無人的現象，北京大學有個搞半導體的專家，現在學校讓他改行了，很可惜。通過抓好對中國科學院的整頓，來指導和推動對整個中國科學技術係統、教育、文化等各係統整頓的全局，是鄧小平深思熟慮的一個重要戰略部署。因此，他對中國科學院的整頓和《彙報提綱》極為重視。
8月26日，鄧小平約見胡喬木，專門談了如何修改中國科學院彙報提綱的指導思想和具體意見。鄧小平指出：
彙報提綱的稿子，涉及問題太多，不必要地太鋒利，站不穩。這個文件很重要，要加強思想性，多說道理。但不要太尖銳，道理要站得住，攻不倒。
鄧小平指示由胡喬木同胡耀邦等同誌一起討論一下修改問題，並要求由胡喬木親自動手修改。
胡喬木不愧是大手筆。他根據鄧小平的指示，與胡耀邦等中國科學院的負責同誌商定修改方案後，以鄧小平關於科技整頓的基本思想為主題，很快在原《彙報提綱》文稿的基礎上，改出了新的文稿，並命名為《科學院工作彙報提綱》，把原來的六個部分進一步集中、概括，調整為三個部分：
在第一部分，中國科學院科研工作的方向任務中，《彙報提綱》對中國科學院建立以來，在科學研究中取得的成就，作了充分的肯定，認為“取得了很大成績”。關於中國科學院今後十年的根本任務，《彙報提綱》提出了三個方麵，一是協同各有關部門，積極承擔國民經濟和國防建設中若幹重大的科研任務；二是開辟一批新興的科學技術領域；三是大力發展基礎科學研究，使中國科學院真正成為中國自然科學研究的綜合性中心，帶動整個中國科學技術工作的蓬勃發展。
在第二部分，堅決地、全麵地貫徹執行毛主席的革命科技路線中，《彙報提綱》著重從理論上正本清源，撥亂反正。文稿從十個方麵引述毛澤東關於科學技術工作的一係列指示，目的在於以毛澤東正確的指示，作為中國科學院和整個科學技術工作的指導方針，糾正“文化大革命”的錯誤對科學技術工作的幹擾和破壞。文稿在這一部分中，深入地分析了政治與業務、群眾路線與專業隊伍、理論與實際、對知識分子的教育與使用、哲學與自然科學等五個方麵的辯證關係，提出必須全麵理解和貫徹落實毛主席的革命科技路線。
在第三部分關於科學院的整頓問題中，《彙報提綱》提出了根據中央要求，對科學院進行整頓的五項內容：一、結合實際，認識學習，揭露矛盾，開展批評和自我批評；二、認真落實黨的知識分子政策和幹部政策；三、增強無產階級黨性、批判和消除資產階級派性；四、調整和健全領導班子；五、整頓機構。
鄧小平看了胡喬木主持修改的這一稿後，指出：這個文件很重要，不單管科學，而且可以適用於文化教育各部門。
提到教育問題時，鄧小平不無憂慮地說：教育方麵存在不少問題，現在教師積極性不高，學生也不用心學，教學質量低，這樣下去怎麼能實現四個現代化。
鄧小平首肯後，《彙報提綱》即被印發，送有關同誌征求意見。在國務院正式討論前夕，鄧小平又讓胡喬木整理一份毛澤東和馬克思、恩格斯、列寧關於哲學與自然科學關係的論述的語錄，作為《彙報提綱》的附件。胡喬木很快讓國務院政治研究室的同誌編印了一份《必須用哲學指導自然科學的研究，但不是用哲學代替自然科學》的材料，作為《彙報提綱》的附件。
9月26日下午，鄧小平主持國務院會議，聽取胡耀邦代表中國科學院，向會議彙報科學院的工作。胡耀邦手持《科學院工作彙報提綱》，一邊彙報，一邊結合科學院的實際情況加以具體地說明。胡喬木等國務院政治研究室的負責同誌參加了會議。
會上，鄧小平在聽取了胡耀邦的彙報後，對於整頓和發展中國的科技事業，提出了一係列既有鮮明的現實針對性，又具有長遠指導意義的重要思想。
會後，胡喬木等同誌根據鄧小平談話中提出的意見，重新對《彙報提綱》進行了進一步的修改。9月28日成稿後，報送毛澤東審定。
由於毛澤東在審閱《彙報提綱》中表示，他不記得自己曾經說過“科學技術是生產力”的話。鄧小平立即讓胡喬木對毛澤東這句話的出處進行核對。胡喬木一麵組織核對《彙報提綱》中引用的革命導師語錄，一麵要求中國科學院哲學社會科學部（即以後的中國社會科學院的前身）選編《馬、恩、列論科學技術是生產力》的材料。隨後，很快將《彙報提綱》中引用毛澤東關於科技工作指示的出處和《馬、恩、列論科學技術是生產力》的材料，印出上報毛澤東。
毛澤東審閱了《彙報提綱》以後，於10月24日將文稿退給鄧小平。鄧小平讓胡喬木根據毛澤東的意見再修改一次，胡喬木再次修改一遍後，將文稿交給了鄧小平。但此時，所謂“反擊右傾翻案風”的運動已經開始，已經成稿的《科學院工作彙報提綱》沒有以中央文件形式公開下發。
從這個文件的形成過程看，自始至終傾注著鄧小平的大量心血。從文件的起草、彙報、反複修改，到最後定稿，鄧小平僅與胡喬木等人談話、在會議上聽取彙報、對修改《彙報提綱》提出具體意見就有近十多次。他確確實實是對整頓、振興、發展中國的科學技術事業充滿了關切之情，並且把科學技術的發展與否，作為中國能否實現四個現代化的大問題，作為全麵整頓的關鍵環節去認認真真抓緊抓好的。僅僅從《科學院工作彙報提綱》的起草過程，就不難看出，鄧小平為什麼在粉碎“四人幫”以後，剛一恢複工作，就主動向中共中央提出：“我自告奮勇管科技教育工作”，公開宣布自己要當好科技工作者和教育工作者的“後勤部長”了。
主持起草《論全黨全國各項工作的總綱》，是國務院政治研究室在“全麵整頓”中，主動提出撰寫的一篇重要的理論文章。
前文中已經提到，鄧小平在主持中央工作以後，為了更好地進行各行各業的全麵整頓，采用了以毛澤東當時正確的指示來糾正“文化大革命”的錯誤的方法。先後在1975年5月29日的鋼鐵工業座談會上和7月4日對中央讀書班第四期學員的講話中，提出了把毛澤東關於學習理論、防修反修；安定團結；把國民經濟搞上去這三項指示作為“我們今後一個時期各項工作的綱”。鄧小平提出以“三項指示為綱”，其核心是糾正“文化大革命”的錯誤，旨在以“把國民經濟搞上去”為綱，即以經濟建設為中心，來推動對各個領域的全麵整頓，恢複中共八大正確路線，使各項工作走上健康、正常的發展軌道。
為了全麵闡述和宣傳鄧小平關於全麵整頓的指導思想和基本方針，全麵貫徹落實鄧小平關於以“三項指示為綱”的指導方針和全麵整頓的戰略部署，胡喬木感到有必要寫一篇長篇理論文章，全麵闡述三項重要指示。特別是鄧小平在“全國農業學大寨會議開幕式”上的講話中，明確提出了對全國各個領域進行全麵整頓的任務後，胡喬木更感到寫一篇全麵宣傳三項重要指示的文章的迫切性和重要性。9月18日，胡喬木把寫這篇文章的任務交給了鄧力群，並談了對寫這篇文章的基本設想，要把鄧小平關於貫徹落實三項重要指示的重要講話收集研究一下，把鄧小平的基本思想反映到文章中去，要從理論與實際的結合上講清毛澤東每一項指示的意義，三項指示之間的相互關係，最後落實到全麵貫徹三項指示，集中精力進行全麵整頓，促進安定團結，把國民經濟搞上去。