初稿第一段中曾有這樣幾句：“同誌們反映，這是又一次思想解放運動，我們認為，這次討論不僅有利於弄清馬克思主義的這個基本觀點，而且，關係到我們黨的整個政治路線和思想路線，關係到我國革命前途的大問題，具有極為重大的意義。”熊複說，汪東興認為這樣講估計太高了，不是什麼關係國家命運前途的大事，隻能說是有利於開展百家爭鳴，活躍思想。於是，這幾句話就改為：“出現了敞開思想，勇於爭鳴的新氣象。我們認為，通過這次重溫毛主席的《實踐論》，弄清馬克思主義認識論的基本原理，以利於在政治思想領域裏撥亂反正，正本清源，具有重大意義。”
這就是第三稿，也叫9月19日未定稿。
這個稿子，曾以《紅旗》雜誌社黨委的名義於9月20日送到中國社會科學院哲學研究所征求意見，哲學研究所經部分人閱讀和座談，於24日提出六條意見退給《紅旗》雜誌社黨委。
由於哲學研究所的六條意見既尖銳又中肯，加之當時各方麵對《紅旗》雜誌意見紛紛，因此，此文一直沒能刊用出去。後來，到了11月份，又修改一次，刪去五、六兩節，隻留下前四節，準備作為紀念毛澤東八十五周年誕辰的文章，在第十二期發表，列入選題計劃，這就是12月9日的修改稿。因為真理標準討論的深入和明朗化，《紅旗》已完全陷入被動，此文終於流產。
這篇文章雖未發表，卻由此而引發了理論務虛會的召開。9月下旬，《紅旗》雜誌社收到中國社會科學院哲學所對《重溫〈實踐論〉》一文的意見後，就將此文及哲學所的意見上報中央政治局常委。葉劍英看後，提議中央召開一次理論工作務虛會，大家把不同意見擺出來，在充分民主討論的基礎上，統一認識，把這個問題解決一下。――這就是1979年年初那個有名的理論務虛會的來曆。
譚震林文章被阻發表
在熊複炮製《重溫〈實踐論〉》的同時，《紅旗》又發生了一件引人注目的事件，這就是阻止譚震林文章的發表。
1978年12月26日，是毛澤東誕辰八十五周年紀念日，12月出版的第十二期《紅旗》自然要有紀念文章，8月份編輯部就積極籌劃，約請譚震林寫一篇回憶毛澤東當年領導井岡山鬥爭的文章。
譚震林在“文革”中曾因抵製林彪、江青的作亂，被打成“二月逆流”的黑幹將，後又被誣陷為“叛徒”，長期遭受摧殘。《紅旗》編輯部派人向他約稿時，他斬釘截鐵地說，寫文章不能隻講曆史，要從現實著眼，要我寫文章，我就要寫實踐是檢驗真理的唯一標準，說明毛澤東思想是從實踐中來，又經過革命實踐檢驗的科學真理。
10月下旬，譚震林文章的初稿送到《紅旗》編輯部，熊複看後，認為文章第四部分講的都是有關真理標準的問題，應刪掉。責任編輯認為，文章是譚震林寫的，以個人名義發表，要尊重作者的意見，不能強加於人，不能刪。
有意思的是，這邊的爭執還未定局，譚震林又送來了新的修改稿，把第四部分講實踐是檢驗真理的唯一標準問題進一步加強，並且，給《紅旗》編輯部寫信說：“文章隻作了一點小的修改，主要是實踐是檢驗真理的唯一標準問題，這一點原文上是有的，隻是不夠突出，不夠明確，我把它加強了。”“如果你們認為還有什麼修改，請想好後，到我家來，當麵商量。”
熊複看了譚震林的信和改稿哭笑不得，但仍堅持要刪去文中有關闡明實踐是檢驗真理標準的那一部分，並且，寫了一個條子，講了兩點處理意見：一、派人去同他談，說明中央給《紅旗》的方針是不介入討論，請他考慮刪去有關段落。二、如譚震林不同意刪，就照他的意見印出，送中央常委審查。
11月14日，編輯部派人去見譚震林，轉述了熊複的意見。譚震林當即鮮明地表示，文章中的材料可以動，觀點不能動。實踐標準的討論是全黨的大事。告訴熊複，這樣做丟不了黨籍，住不了牛棚。有誰來辯論，找我好了。對這篇文章我想了兩個月，想出了兩句話：凡是實踐證明是正確的，就要堅持；凡是實踐證明是錯誤的，就要改正。
熊複拗不過譚震林，在無可奈何之中，於11月16日將譚文送審，並給汪東興寫一報告：
汪副主席並華主席：
我們請譚震林同誌寫了一篇紀念毛主席誕辰85周年的文章，準備在十二期發表。譚震林同誌強調要把實踐是檢驗真理的唯一標準作為這篇文章的指導思想，這就是使《紅旗》卷入這場討論。我們建議他修改，他表示不同意，就要請中央主席審查。現送上這篇文章，請審定。
華國鋒、鄧小平、李先念看後，同意《紅旗》發表譚文。鄧小平、李先念還寫了批語。鄧小平寫道：“我看這篇文章好，至少沒有錯誤。改了一點，如《紅旗》不願登，可轉《人民日報》登。為什麼《紅旗》不卷入？應該卷入，可以發表不同觀點的文章。看來不卷入本身，可能就是卷入。”李先念在19日寫的批語是：“文章確長，沒有時間看，反映對《紅旗》意見不少。”21日，他看了這篇文章，又寫道：“我看了這篇文章，譚震林同誌講的是曆史事實，應當登，不登《紅旗》太被動了，《紅旗》已經很被動了。”
接到這些批語後，熊複依然不敢做主，又跑到汪東興那裏問怎麼辦。汪東興也無可奈何，隻好說，那隻好這樣。至此，譚震林的文章送新華印刷廠發排，於十二期刊出。
在此期間，熊複所唱的一係列“反調”，並不代表《紅旗》的編輯們。《重溫〈實踐論〉》那篇文章，照理是編輯部哲史組的事，但文章的起草、修改均未讓哲史組的編輯們插手。對《紅旗》所發生的一些不正常的現象，一些人蒙在鼓裏，洞觀的人則憋著一肚子火。隨著形勢的發展，《紅旗》愈來愈被動，這股火也越憋越大，然而，隻能“在地下運行”。半年後，終於衝破地表，噴焰而出了。1978年11月23日，在《紅旗》雜誌院內，王忠明、邢雁二人貼出一張大字報，提出對《紅旗》雜誌當前一些問題的看法，要求迅速改變《紅旗》的麵貌，立即在社內外引起轟動，《紅旗》的人也感到舒心。