各預審組進行了實地考察，召開了預審會議，於1991年5月都提出了預審意見。1991年7月9日至12日，審查委員會召開第二次會議，聽取了十個預審組的預審意見。委員們本著實事求是、尊重科學的精神，進行了認真的討論和審議，一致認為三峽工程的前期工作規模之大，時間之長，研究和論證程度之深，在國內外是少見的。它是成千上萬的專家和工程技術人員長期不辭辛苦、埋頭苦幹的結晶，也是發揚民主、聽取不同意見，反複論證的結果。審查委員會認為，無論讚成的、懷疑的或者不同意的意見，都是為了如何更好地解決長江中下遊的防洪和治理問題，都是從對國家和人民負責出發的。這些意見對增加論證深度，改進論證工作以及完善論證結果都起到了十分積極的作用。對待所有意見都應采取博收其長、吸收合理部分的態度，而不應采取排斥對立的態度。因此，在論證、審查中，對有關部門、地方和社會各界提出的意見和建議進行了認真研究，並采納了許多有益的意見。
審查委員會一致認為，在重新論證基礎上編製的可行性研究報告，其研究深度已經滿足可行性研究階段的要求，可以作為國家決策的依據。
1991年8月3日，審查委員會召開最後一次全體會議，一致通過了對長江三峽工程可行性報告的審查意見，認為三峽工程建設是必要的，技術上是可行的，經濟上是合理的。建議國務院盡快決策興建三峽工程，提請全國人大審議。
1992年1月17日，國務院常務會議認真審議了審查委員會對三峽工程可行性研究報告的審查意見，同意興建三峽工程，提請全國人民代表大會審議。
江澤民批示：對三峽可以下毛毛雨
1989年7月，江澤民就任總書記不久，就來到三峽工程現場考察，並重點了解了長江防洪問題。
江澤民向專家們詳細詢問了有爭議的各項問題後指出，小平同誌對三峽工程所作的結論是有科學根據的。
1990年，江澤民總書記高瞻遠矚地指出：“在考慮‘八五’計劃時，要認真研究一下水的問題。人無遠慮，必有近憂，應該未雨綢繆。”這些遠見卓識，在1991年的大水之前就已經說出來了，在今天聽來，仍如黃鍾大呂，不同凡響！
1990年3月，曾經一度是三峽省籌備組組長的李伯寧再一次表態，他作為一名政協委員和其他委員一起向政協七屆三次會議提交了“建議將長江三峽工程列入八五計劃”的提案。
政協副主席周培源對三峽工程一直抱著緩上的態度。這個提案在政協會上遭到不少人的反對。
李伯寧又寫信給政協副主席王任重，王任重將此案直接交給了中共中央總書記江澤民，並在議案的最後，還附了一句：“希望中央常委能抽出幾個半天時間，聽聽有關三峽工程的彙報。”
李伯寧等人的議案及王任重的建議促成了中央對三峽工程工作決策的實質性進展。1990年7月，國務院召開了三峽工程論證彙報會。彙報會上，專家們極力陳辭，要求加快三峽工程的步伐。
這次彙報會的直接結果是：成立了由國務委員兼國家計委主任鄒家華擔任主任的國務院三峽工程審查委員會。國務委員兼財政部長王丙乾、國務委員兼國家科委主任宋健、國務委員陳俊生為副主任。所有的委員由各部委和機構的負責人擔任。
審查委員會對三峽工程的所有論證材料進行全麵審查，通過了新編的可行性報告。在多年來一直爭論最大的蓄水位問題上，最終決定最佳方案是175米方案。
175米方案是以重慶市提出的180米方案為基礎而修訂的。這個方案的最後確定，使三峽工程的論證獲得了實質性的進展。
1991年，政協七屆四次會議召開，會上討論了《國民經濟和社會發展十年規劃和第八個五年計劃綱要》和《政府工作報告》。關於三峽工程，明眼的委員一下子就能看出，調子偏冷，甚至還不如前兩屆。
李伯寧對此非常不滿，他再一次給王任重寫信，措詞激烈，多少帶有一些發泄的性質。王任重立即赴中南海將李伯寧的信轉交給江澤民，以後又轉給了李鵬和鄒家華。
關於三峽工程的論爭以正麵的方式進入了中南海，最高決策層不能不發表意見了。江澤民批示：“看來對三峽可以下毛毛雨，進行點正麵宣傳了。”
中宣部接到這個“下毛毛雨”的批示之後，立即通報首都各大新聞單位，並詳細地布置了所要宣傳的重點。
三峽工程的正麵宣傳工作在北京率先興起。
7月的中國遇上了百年未有的大水災。18個省、市受到不同程度的損失，半個中國幾乎全被洪水所沒。當時，中宣部和水利部的負責同誌組織了一大批記者，包租了“天鵝”輪，買好了飛機票，準備赴三峽進行全麵采訪。因為當時的水災，所以，這次對三峽大規模采訪的行動取消了。