在這期間，已查明讓銅匠配製保險櫃鑰匙的時間是3月22日中午，但識別配製者的相貌還沒有結果。因此，中南局紀委於10月6日給武漢市委紀委又作了批複：“……我們認為，問題的關鍵是：目前應該調查在這一時間過程中（3月22日中午）掌握鑰匙的人。從你們送來的報告看，尚不能說明紀凱夫是該案的主要嫌疑犯。因此，采取繼續扣押的辦法是錯誤的，應立即釋放（紀凱夫）。”
五天以後，10月12日，武漢市委給中南局和中央又寫了報告，對中南局紀委的意見有不同的看法。報告說：“……六個銅匠工人的識別和經過事實的證明，均肯定了經手請銅匠配鑰匙者是醫院出納王守正……我們認為這個案件不是一般的偷竊案，而是一個有目的、有計劃陰謀布置的陷害案。這個案件的釀成可能不隻一人所為，其是否有政治陰謀尚待證實。我們對該案處理意見：由公安機關拘留王守正（不同於一般犯人扣留）。紀凱夫過去雖有嫌疑，但材料不足，過早拘留他是不明智的，但案情發展顯示在取鑰匙問題上和紀有關，現不宜釋放。”
中南局紀委對武漢市紀委的不同意見可以批駁，但對武漢市委的不同意見，就隻能向上級反映請示了。在這種情況下，就需要向中南局報告，請求指示。經中南局紀委研究，認為武漢市委的報告同實際情況不符。無理扣押銅匠幾個月，讓銅匠識別配製保險櫃鑰匙的人並未得到符合主觀要求的結果。突然在市委限期於10月10日破案時，又肯定是同盜案現場毫無關係的王守正讓銅匠製作的鑰匙並要立即扣留他，這是不適當的。而在這之前，已經查清配製鑰匙的時間是3月22日中午，而在這個時間正是王清掌握著經常使用的保險櫃的鑰匙。在中南局紀委10月6日給武漢市紀委的批複中已經指出，“目前應該調查在這一時間過程中掌握鑰匙的人”，市委對此卻毫無反應。這表明武漢市委對此案的處理是有偏見的，應該糾正。經同中央有關部門聯係同意後，中南局紀委於10月20日給中南局寫了報告並提出具體建議：
“……一、我們認為有必要由中南一級有關部門聯合協助市委檢查處理這一案件。二、根據市委的前後報告看來，此案還不能肯定是一個政治陰謀案件，還必須認真地發動群眾，讓群眾敢於說話，提供材料以求得破案。三、據該院黨員孫麥齡報告，王清在該院的領導上還存在許多嚴重的問題，為便於發動該院群眾，使群眾敢於說話，須將王清暫時調開醫院到市委組織部休息，案件弄清與其無關後再回醫院。”
由於市衛生局、市政府和市委一些領導人的支持，王清不但未受到任何處置，而且仍在進行各種活動，打擊對他懷疑的人，使問題難以揭穿。
武漢市公安局在扣留銅匠識別配製鑰匙者的問題上，雖有違反政策、不符合實際的主觀臆造的錯誤，但找到了配製鑰匙的銅匠和查清了配製鑰匙的準確時間是3月22日上午11時到下午1時之間。這對最後破案有關鍵性的作用。而在這個時間內恰恰是王清掌握著常用的一把鑰匙。在這短短的時間內，別人不可能從他手中把鑰匙偷出去找銅匠照樣配製。但是武漢市委卻有意回避或不承認這一點。
市委書記張平化認為“盜案的可能性很小，政治陷害的可能性大”，這自然就排除了王清的各種嫌疑，而集中力量追究紀凱夫。
市長、市委副書記吳德峰聲稱：“王清盜款的證據越多，恰恰就是反證越多。”顯然也是毫不懷疑王清，自然也認為紀凱夫是“陰謀陷害案”的策劃者。
而錢瑛同誌對以“老幹部不會偷錢”這種觀點來否定王清的嫌疑完全持否定的態度。據此向當時武漢市委一些領導人作說服工作，希望他們放棄這種觀點。對市委隻追究紀凱夫的“陰謀”而不觸動有重大嫌疑的王清提出批評，希望市委改變這種觀點和做法。
由於兩種觀點的絕然對立，在做法上的不一致就越來越公開化，為著達到破案的目的，武漢市各有關方麵就在這種思想指導下不擇手段地進行各種活動。
市衛生局在宋瑛的主持下鼓動幾個黨員秘書、科長、支部書記為王清奔走，幫助他抄寫誣告信向中央和上級領導部門控告李之璉和王世勳等打擊他；支持王清在醫院內部批判孫麥齡。
市公安局對此案的偵破工作則專門對紀凱夫下功夫，追究他的政治問題、家庭和社會關係、親屬朋友的政治身份，一切社會活動的細節，追究不出問題就刑訊逼供，帶鐐、帶銬、動手腳，連續60多個小時的審訊不準休息，不準家屬探望、不準送衣物，用一切辦法強使他招認審訊人員所要求的犯罪事實。對這種情況，中南局紀委雖曾及時指出、糾正，但沒有效果。