1952年1月28日，中南局以“關於武漢市第二醫院盜款案的處理決定”為題的文件公布了討論的結果，對幾個主要人員的處分是：
“……（四）中南局決定：王清墮落蛻化，盜竊國家財產，反而嫁禍於人，陷害無辜，開除其黨籍。宋瑛繼其壓製民主侵犯人權之後，與王清合謀，藉端報複陷害無辜者，開除其黨籍。周季方繼支持宋瑛壓製民主侵犯人權之後，又從宗派成見出發，抵抗組織，並實質上支持了宋瑛的藉端報複和蛻化分子王清的嫁禍於人，且其在武漢市工作期間，曾前後逮捕過不應和不須逮捕的六個人之多，開除其黨籍。”
在中南局討論此案的處理時，認為王清偷錢是事實，但錢沒有偷走，國家沒有受到損失，如果他能及時交代認錯，給予必要的處分，調動一下工作就可以了。但現在他不僅嫁禍於人，還誣告懷疑他有盜款嫌疑的同誌是“包庇特務、陷害老幹部”，這就不能不依法判處了。因此，決定開除黨籍後即移交司法機關處理。
根據武漢市委對盜款案處理過程中所發生的錯誤和各個負責同誌的檢討，中南局於2月15日作出了“關於武漢市委、武漢市人民政府黨組錯誤地處理武漢市立第二醫院盜款案給武漢市委及市府黨組和主要負責人員的處分決定”。
決定給武漢市委和市府黨組以指責的處分並實行改組。對於直接處理此案有關的幾個負責同誌則分別給以如下處分：
市委書記張平化同誌對此案的錯誤負有直接的責任，但已作了比較認真的檢討，故從輕給予當麵警告的處分並降為副書記。
市委第一副書記兼市文化教育黨組書記吳德峰同誌，對自己直接領導下的犯法行為，不僅未能及時教育製止，且對壓製民主一貫予以支持，早在1949年就曾同意周季方下令停止市人民法院的民主檢查，後又支持周季方非法逮捕法院的三個黨員幹部，對武漢市化工廠的抵製報紙的批評也曾予以庇護，當宋瑛的壓製民主追查揭發人筆跡的錯誤發生後，更一直采取庇護的態度，醫院盜款案發生後不僅對王清的墮落蛻化未予審查，亦未檢討自己用人不當。且當宋瑛、周季方侵犯人權非法逮捕紀凱夫後，不僅未對此種違法行為及時糾正反而不加考慮即予支持，並在處理此案的整個過程中，完全采取支持這種錯誤的態度；並在研究此案的會議上聲稱：根據自己長期作保衛工作經驗看來，王清偷盜的證據越多，恰恰是反證越多（指陰謀陷害）。這樣就使得偷盜犯王清和報複分子宋瑛敢於大膽實行其陷害，助長在衛生局係統中某些黨員的反黨活動和黨組若幹成員反抗組織的情緒，這些都對此案的錯誤處理起了助長的積極作用，且直到最近亦未深刻檢討自己的責任，決定給以撤銷工作的處分。
市委第二副書記兼市紀律檢查委員會書記、市委組織部長謝邦治同誌，也直接參加對此案的偵察審訊，在中南局組織部及紀律檢查委員會多次指示其釋放紀凱夫時，表示願最後總的承認錯誤不願早放紀凱夫。直到全案公布後對其錯誤才有所了解，但仍檢討不深。決定給以撤銷工作的處分。
市委委員、市公安局長朱滌新同誌，對逮捕紀凱夫並無責任（周季方下令逮捕紀凱夫時直接找來處長麵令的），在審訊過程中也非直接指導，但對在審訊紀凱夫過程中所發生的逼供和變相肉刑及對銅匠李德玉拘留等錯誤，均負有教育幹部不力和檢查不嚴之責。現已有深刻的檢討，故隻給予批評。
“對其他有關人員查清後再作處理。”
同時，中南軍政委員會對武漢市人民政府市長吳德峰、武漢市人民政府委員兼人民監察委員會主任謝邦治、武漢市人民政府副市長兼公安總局局長朱滌新予以相應的行政處分。
中南局在1月28日“關於處理武漢市第二醫院盜款案的決定”中，“對始終堅持正確原則的市紀律檢查委員會檢查處長王世勳同誌，四區委書記蘇葦同誌，醫院醫務科長、黨支部委員孫麥齡同誌予以表揚。對青年團員紀凱夫取消其嫌疑，恢複其名譽，對其一貫積極工作予以鼓勵，對其所受委屈予以安慰”。
1952年7月2日最高人民法院中南分局刑事審判庭公布了對此案主要人員的判決。判決主文是：
王清偷盜公款，隱瞞罪責，捏詞誣告陷害他人，處有期徒刑6年。
宋瑛壓製民主，蓄意誣陷，藉端報複，侵犯人權，處有期徒刑2年。
周季方壓製民主，侵犯人權，處有期徒刑9個月。
“彭其光製造偽證，違反政策，侵犯人權，處有期徒刑1年。”
當時，中南局機關報《長江日報》於2月19日發表了題為“維護人權、保障民主、嚴肅紀律”的社論。