突破認識的局限
除了“試錯”、“觀察”、“閱讀”之外，“思考”，準確地說，“正確地思考”，才是獲取真正意義上的知識的主要手段。沒有文字的時候，人類已經能夠思考。但局限於已認知的知識數量，當時人類很難正確思考。
比如，很容易想象，在遠古時代，人們對因果關係的認識當然會非常局限。而一切的現實生活經驗都在讓他們體會到“萬事必有因果”。當人們看到樹上的枝葉被風吹動的時候，當然可以理解風是枝葉飄動的原因。但是他們並不知道今天人們在小學的時候就已經從教科書裏得知的“空氣的流動形成了風”。於是，他們自然地這樣認為：“肯定是有什麼力量造成了風，但是究竟是什麼呢？”在沒有任何“合理解釋”的情況下，他們會接著認為，“那隻能是神的力量”——因為，“萬事必有因果”。“萬事必有因果”本身並沒有錯誤。關鍵在於“我們並不見得一定能夠做到看到‘因’就能想到正確的‘果’，也做不到為所有的‘果’找到全部正確的‘因’。”有時（事實上是很多時候），我們必須接受這樣的事實：“某件事（果）發生了，可是我們卻難以確定原因究竟是什麼”，或者反過來，“某件事發生了（因），可是我們並不確定它的結果究竟是什麼”。
求知的過程，某種意義上就是探求因果關係的過程。托馬斯·索維爾曾經慨歎達爾文的偉大，說：“達爾文不僅是生物學上的，更是人類思想發展史上的一個界標”。達爾文之所以偉大，是因為他幾乎是我們所能知道的第一個有完善的能力，可以用跨越長達幾百萬年的時間跨度，並徹底擺脫“個體感知”的局限去“正確地思考”問題的人；也因此使得後來無數的人可以“站在巨人的肩膀上”，建立並完善一種突破人類個體局限的係統的思考方法——“科學方法”（scientific Methods）。1859年11月24日，在經過20年小心謹慎的準備之後，達爾文出版了《物種起源》。第1版印了1250本，在1天之內銷售一空。然而，這並不意味著達爾文“勝利”了，宗教“失敗”了。
達爾文逝世後的第43年，《物種起源》問世的第66年後，即1925年，美國田納西州的一位中學教師約翰·斯科普斯，因在課堂上講解達爾文進化論而成為被告，被告上了法庭，推上了審判台，最後被處以90美元的罰款——這就是曆史上著名的“猿猴訴訟案”（The Scopes Case，also called “Monkey Trial”）。
盡管“猿猴訴訟案”的判決隻限於田納西州，但，直到1968年，美國高等法院才根據《第一修正案》判決，學校可以講授進化論，因為這是科學。
1987年，一宗來自路易斯安那州的案件使得爭議再起。最終高等法院判定，“要求學校在講授進化論的同時必須允許講授神創論”是違憲的。
1999年，堪薩斯州教育委員會投票決定從標準化考試中剔除作為考試科目的進化論。有些專家認為，這是個非常有效的阻止教師講授進化論的方法，因為學生不用被考到進化論了。
阿拉巴馬州的教科書上，印著這樣的聲明：“進化論是某些科學家相信的學說，而非事實。”
在明尼蘇達州，一位認為神創論是確鑿的科學的老師因在課堂上發表對進化論的批評而被勸退。這位老師將學校告上了法庭。
2005年12月20日，美國賓夕法尼亞州聯邦地方法院做出裁決，認為生物由某種高智能設計師所設計而成的“智慧設計”論係宗教理念，在公立學校科學課上講授該理論違反美國憲法第一修正案。
大多數關於這個話題的文章，總是從宗教和科學相互對立的前提出發，力圖用這些事件證明宗教影響的強大。對於宗教本身，我有我自己的理解和看法，但是即便我個人是個所謂的“沒有信仰的人”，我也不會反對“信仰自由”，同時不應該、也做不到去強迫任何人放棄信仰。
事實上，宗教和科學並不一定對立。如果宗教和科學是徹底對立的話，那就沒辦法合理解釋這樣一個事實了：哥白尼、伽利略、達爾文、牛頓等眾多的巨人都是有堅定宗教信仰的。事實上直到今天，地球上毫無疑問還有很多科學家依然有著很堅定的宗教信仰——盡管我們很難有辦法獲得一個確切的統計數字。