西漢十二年（公元前195年）秋天，黥布反叛，劉邦又親自率兵前去平定，同時又派人來詢問相國在做什麼。蕭何再次把自己家裏的所有財產捐給朝廷，與去年討伐陳豨反叛時一樣。有一個門客馬上跑來勸阻蕭何說：“您又離遭受滅族之災不遠了！您作為相國，功勞第一，還能再提高地位和功勞嗎？您剛到關中，百姓就很愛戴您。十多年過去了，百姓更向著您，可您還在不辭辛勞地做事，博得百姓們更多的擁護。高帝多次派人詢問您的作為，是害怕您深得關中百姓之心。現在您不如多買些田地，並用低價賒欠，毀壞自己的名聲。我想這樣，高帝才會放心。”蕭何於是又采納了他的計策，劉邦又很高興。
劉邦平定了黥布之亂，班師回朝的路上，百姓攔路上書，控告相國蕭何賤價強買百姓田宅，數目巨大。蕭何去拜見劉邦時，劉邦笑著對他說：“相國太會利民了！”把百姓的上書扔給蕭何看。蕭何卻趁機為百姓求情道：“長安這地方土地偏少，皇上的上林苑卻有很多空地，長期荒蕪廢棄。希望能讓百姓進去耕種，糧食收割後，留下來的禾稈還可以給禽獸食用。”劉邦大怒：“相國你肯定接受了商人的很多財物吧，竟為他們來請求我的上林苑！”劉邦把蕭何交給廷尉，用刑具懲罰他。過了幾天，一位姓王的衛尉侍奉劉邦，問他道：“相國犯了什麼大罪，陛下竟把他關起來並動用刑具？”劉邦說：“我聽說李斯輔佐秦朝皇帝的時候，把成績歸功於皇帝，把差錯歸罪於自己。如今相國大量收受商人的錢財，又聲稱為百姓請求我的上林苑，以此取悅於百姓，所以把他關起來並動用刑具。”王衛尉說：“職責在身，為百姓請求，您怎麼能因此懷疑相國收受了商人的賄賂呢？況且陛下與楚軍對抗時，平息陳豨、黥布之亂時，相國一直守護關中，那時他隻要動動腳，就能讓關中之地不歸陛下所有。相國難道不在那時謀利，如今才貪圖錢財麼？再說秦朝皇帝正是因為不知自己的過錯而丟了天下，李斯過分擔當過錯，是不足效法的。陛下懷疑相國，怎麼到了如此沒有見識的地步？”劉邦聽了，不怎麼高興，但仍在當天派使臣持節釋放了蕭何。蕭何已經年老，一向恭敬謹慎，見劉邦時還光著一雙腳。劉邦說：“相國你不必多說了，你為百姓請求上林苑，我卻不答應。我成了桀、紂那樣的昏君，而你才是賢相啊！”
蕭何和曹參一向有隙。但等到蕭何病重之時，已經繼位的孝惠帝前去探望，問他：“您若去世，誰可以接替您呢？”蕭何回答道：“了解臣子底細的，當然比不起君主您啊。”孝惠帝問：“曹參怎麼樣？”蕭何叩頭說：“皇上您找到最理想的人選了，我死而無憾了。”
蕭何購置田地、房屋，必定選在窮鄉僻壤。每當建造家園，他都特意不修築圍牆。他還說：“子孫後代如果很賢能，就繼承我的儉樸。如果不賢能，那也至少不能被有權勢的人所左右。”
孝惠帝二年（公元前193年），相國蕭何去世，諡號為文終侯。
蕭何的子孫中，後來因為犯罪而失去爵位有四代，每次都斷了繼承人。每當這時，天子總會四處尋找蕭何的其他後人來繼承爵位，續封為酂侯。漢朝的所有功臣中，這份尊崇無人可以相比。