一、基礎學科中的十大基礎性問題
（1）哲學：什麼是存在？意識與精神之間的辯證關係？時間與空間的統一性？矛盾產生的根源？為什麼客觀世界不存在矛盾性？
（2）語文：“文與字”的辯證關係是什麼？哲學範疇的歸屬是什麼？“文字”為什麼具有“空”性？
（3）數學：1+1為什麼等於2？數字（1、2……）的哲學範疇歸屬是什麼？
（4）物理：運動的主體是什麼？時間、距離、速度的物理概念與哲學概念的區別是什麼？哲學範疇又是指什麼？
（5）化學：分子結構中真空為何不空？化學反應的規律在客觀世界中具體指什麼？
（6）時空：時空的多維性是指什麼？正反空間是指什麼？正負粒子是指什麼？
（7）宇宙：宇宙藍圖是什麼？“暗物質”、“暗能量”、“黑洞”是指什麼？UFO是否客觀存在？
（8）體係：現象學中的現象還原是指什麼？辯證法與形而上學、唯物論與唯心論的本質區別是什麼？如何實現完美的統一？
（9）宗教：陰陽圖的本質揭示什麼？如何實現“天、地、人”三者之合一？為何“萬物皆有靈氣”？
（10）社會：在熙熙攘攘的人群中，你能分清哪些是幹部，哪些是群眾嗎？為什麼？藝術與藝術品的區別所在？威納斯肖像為何增添手臂不美？“永遠活在人們的心中”這句話中的“活”是指什麼？
二、理論物理中的十大疑難問題
（1）為什麼微觀粒子的波粒存在著二象性？
（2）為什麼量子力學與相對論之間存在著區別？
（3）為什麼量子力學中存在著不確定原理？
（4）為什麼一些物理現象理論上對稱、但實驗結果卻不對稱？
（5）為什麼量子力學與相對論存在著不協調的問題？
（6）為什麼真空中充滿虛實粒子對？
（7）超對稱如何實施破缺？
（8）為什麼誇克質量譜中存在極大的質量間隙？
（9）理論上作用極大的“真空”到底是什麼？
（10）理論上計算的“真空”能量，與宇宙學常數觀測值相應的“真空能”相比，高出幾十到一百多個數量級，這又是為什麼？
三、2000年弦理論會議上，弦理論家提出了跨世紀的十大理論問題：
（1）表征物理宇宙的所有（可測量的）無量綱參數是否原則上都是可計算的，或其中某些僅僅是由曆史或量子力學等偶然因素所確定，因而是不可計算的？
（2）量子引力如何有助於解釋宇宙起源問題？
（3）什麼是質子的壽命？理論上如何解釋？
（4）自然是超對稱的嗎？若是，超對稱怎樣破缺？
（5）為什麼宇宙看來隻有一維時間和三維空間？
（6）為何宇宙學常數會有其值？是零嗎？是常數嗎？
（7）何謂M理論基本自由度？果真描述自然嗎？
（8）如何解決黑洞的信息佯謬？
（9）引力尺度和基本粒子的典型質量尺度之間的差異如此巨大，什麼物理可予以解釋？
（10）如何定量解釋量子色動力學中的誇克膠子的禁閉，以及質量間隙的存在？