監獄歸哪個部門管？曆史上幾多變遷。僅就我們共產黨領導的監獄來看，解放前的根據地監獄由法院管轄。建國以後監獄歸公安部領導，上個世紀八十年代初又劃歸司法部。究竟那個部門管理更有利於監獄工作，多年來一直爭論不休。1994年12月29日《中華人民共和國監獄法》正式頒布實施，明確規定“國務院司法行政部門主管全國的監獄工作”，首次以正式立法的形式對監獄主管部門作出了規定。
司法行政部門管理監獄是有曆史依據的。我國古代的中央機關遠不像如今這樣多，從隋唐到明清，中央機關一般隻有六個部，即吏部、禮部、兵部、刑部、戶部、工部、六部之外設大理寺管審判，設禦史台管監察，設理藩院處理民族事務。六部尚書，加三院首長，統稱九卿，這就是中央最大的九個行政官員。唐宋時期一般都是大理寺設獄，唐朝的中央監獄設在大理寺，由大理寺管理。宋朝曾有一段時間把中央監獄設在禦史台，直接歸皇帝管，刑部更管不著。地方監獄作為地方政府的附設機構，由地方政府管轄。那時刑部對監獄的管理充其量也就是宏觀管理，諸如囚犯名冊的彙總，獄囚申訴的受理，監獄物資的劃撥，監獄管理製度執行情況的監督以及死刑等重大案件的複核等。刑部並不直接管理監獄。
元朝在監獄設置上的最大的變化就是廢大裏寺，不設大理寺獄，把刑部改為主管審判和主管監獄的最高領導機關。從元朝開始的刑部掌獄與刑部設獄，是我國古代監獄設置與監獄管轄上的一次重大變革。它不僅改變了唐宋時期大理寺、禦史台設獄的古製，而且強化了刑部對全國監獄的管理職能，對明清兩代的監獄建製都有重大的影響。明代和清代也都是由刑部管理監獄，在刑部設獄。清末搞“君主立憲”，將刑部改為法部。中華民國建立，袁世凱當了大總統，又將法部工作移交司法部。
從元朝起，我國有了“省”這一級行政區概念。元朝在省的下邊分設路、州、府、縣，都設有地方監獄。元朝的“省”不直接管理監獄，設“提刑按察司”負責對所屬路、州、府、縣的監獄進行“訪察”，並將訪察情況上報刑部。