元朝曆史學家，監察禦史王約在《元史·刑法誌》中，一針見血地指出：“國朝之製，其弊也，南北異製”。“南北異製”就是南方的民族和北方民族，實行不同的製度和政策。它是赤裸裸的民族歧視製度。
蒙古貴族領主憑借軍事武力征服了亞歐大陸的廣袤土地。他們以征服者自居，懷有強烈的民族優越感和種族偏見。元朝統治者把國民分為四等：蒙古人最優；色目人次之，色目人指回族和西域其它信奉伊斯蘭教的民族；漢人再次。這裏說的漢人，僅指黃河流域過去金國統治下的漢人，還包括那裏的女貞人；南人最為低下。這裏的南人泛指長江以南最後被蒙古人征服的漢人和其它少數民族。
在監獄，這個社會生活的最底層，南北異製更顯得突出。同樣的罪名，如“強竊”罪。蒙古人杖責幾下即可完事，漢人、南人卻要刺字發配。如果主審官吏不識好歹，自以為是，擅自將犯“強竊”罪的蒙古人刺字。那就得吃不了兜著走，不僅要受到“杖七十七”的毒打，還要被“撤職查辦”，對在押的蒙古犯人，《大元通製·職製》明確規定：獄官“毋得拷掠，仍日給飲食”，至於漢人和南人“晝則帶鐐居役，夜則入囚牢房。”
為了維護蒙古貴族的特權，元初即建立大宗正府，高踞於刑部之上。大宗正府設有大宗正府監獄歸大宗正府管理。元世祖忽必烈在至元九年規定：大宗正府府長由蒙古諸王充任。蒙古人、色目人若與漢人發生刑事糾紛須收押者，“歸宗正府斷處”。這樣蒙古人、色目人犯了罪，不僅一般案件可以享受“有罪不判”，或“輕判”的特權。即使不得不重判，也可關進大宗正府獄繼續受到“大宗正府”的庇護，享受著其它監獄囚徒根本想象不到的優厚待遇。
“南北異製”的直接後果是激化了民族矛盾。連《元史·刑法誌》也不得不承認：“南北異製俾善良喑啞而飲恨，識者病之。俾（音bǐ），使然的意思。全句的大意是：南北異製使善良的人有苦說不出，飲恨終生。而有識之士則對其不滿，進行了批評和抨擊。”