《元史·刑法誌》載：“赦令曆代所同，獨以修佛事而釋重囚，則惟蒙古有之。”大意是：為了顯示自己掌有生死予奪的最高權力，以大赦的形式，釋放獄囚，曆朝曆代的皇帝都是相同的。而宗教領袖借神的意誌，也搞什麼特赦，釋放重刑囚犯。這卻是隻有蒙古人的元朝才獨有的事情。元朝統治者信奉佛教，把佛教尊為“國教”，其領袖被尊為“國師”。在元朝，國師的“法旨”取得了與皇帝的聖旨幾乎等同的法律地位。元朝的國師們常常在修佛事畢，以“祈福”的名義，請釋重囚，指名釋放在押的重刑案犯，給元朝監獄管理造成了極大的混亂。
從公元1295年，元成宗元貞元年，到公元1331年元文宗至順2年，在短短36年的時間裏，元朝國師奏請釋放的重刑犯就達567人，其中僅死囚就有181人。嚴重幹擾了國家的獄政管理。連統治集團的一些核心人物也對此深表不安。公元1301年（元貞7年）時任中書右丞的答剌罕就曾表示不滿。他說：“僧人修佛事畢，必釋重囚，有殺人者及妻妾殺夫者，皆提名釋之，生者苟免死，死者含冤，於福何有？”公元1322年（至治2年）元英宗也曾斷然拒絕過國師請釋重囚的要求。他說：“釋囚祈福為師惜，朕思惡人屢赦反害善人，何福之有？”然而這也僅僅是偶而為之。佛教首領借修佛事為名，隨意釋放在押的重刑犯，在元朝已經成為製度和習慣，遠不是一兩個有識之士所能改變的。在元朝統治的九十年間“修佛事以釋重囚”的事代代都有，屢見不鮮。
宗教和僧道的特殊地位，決定了僧官和一般僧侶都享有“特權”。《元史·武宗本紀》記有：“毆西番僧者截其手，詈之者斷其舌。”詈（lì），罵的意思。打了和尚要砍斷手，罵了和尚要割舌頭。元朝法律對僧侶、喇嘛的偏袒，真令人咋舌！公元1288年，元朝成立了“宣政院”作為最高宗教審判機關，它有權決定僧囚刑期，決定是否收監執行等問題。宣政院不受禦史台監督，成了與中書省、樞密院並行的中央機關。以後又在各路（元朝省以下的行政區，相當於現在“地區”一級）設立“行宣政院”，為各路的宗教審判機關。宣政院和行宣政院都附設有監獄，關押犯罪僧人。元朝法律規定：教派內的一般刑事案件，地方官吏“無權擅斷”，隻能由寺院主持僧訊問，重大案件可由地方官審理，但判徒刑以上須羈押監管的“必須上報宣政院認可”。
元朝實行世俗權力與宗教權力並行的政治製度與監獄管理辦法，使元朝的監獄在血腥恐怖的暴力外麵還蒙上了一層厚厚的宗教迷霧，這確實是“惟蒙古有之”，也算是元朝監獄的一個特色吧。