在處理對日關係上，郭鬆齡也顯得失策。開始，郭鬆齡對日本要人的談話產生誤解，以為日本政府會支持自己的行動，故對日本抱有幻想。後來，日本政府采取援張反郭的政策，郭鬆齡的幻想破滅，卻又找不到應對之策，隻能聽之任之，十分被動。當關東軍司令官白川派浦澄江向郭軍發出警告時，郭鬆齡未能站在維護國家主權、反對外國幹涉的高度上予以反駁，隻是在如何解釋不平等條約，如何理解滿鐵附屬地的確切界限上，與日方討價還價。郭軍進軍營口為日軍所阻，郭鬆齡也未采取積極措施，實際上予以默認。態度如此軟弱，更助長了日本的囂張氣焰。
郭鬆齡自身存在著許多致命的弱點。郭鬆齡雖然能打硬仗，但當軍事發展到政治、外交和軍事相互交錯的時候，他就不能正確地處理，反映出他缺乏運籌帷幄和利用敵方內部矛盾的機謀。在個人氣質上，他的個性太強，遇事容易衝動，剛愎自用，聽不進別人的意見。他的陸軍大學同學徐永昌，甚至說他的“腦筋根本有問題”。
正因為存在客觀和主觀兩方麵的因素，郭鬆齡倒戈的失敗，就帶有一定的必然性。經過這次內部動亂，奉係集團元氣大傷。此後，奉係集團雖然卷土重來，並再次控製了北京政權，但實際上已十分虛弱。
在平定這次內亂之後，張作霖采取了不少別出心裁的“善後”措施，從而使奉係集團暫時躲過了立即垮台的命運。
巨流河決戰之後，郭軍大批官兵或投降或被俘。這些官兵原來都是張氏父子的部下，後來不管是自願還是被迫，畢竟都是跟著郭鬆齡背叛了張氏父子和奉係集團。郭鬆齡失敗之後，如何處置這批官兵，事關奉係集團的穩定。當時，在奉係高層人士中，存在完全不同的看法。以吳俊升為代表的一派意見，主張對他們嚴懲，至少要殺掉幾個。而以張作相、張學良為代表的一派，則要求寬容他們，不予追究。張學良是這些反叛官兵的頂頭上司，他連郭鬆齡都不主張殺，對其他人自然更要保護了。但他因郭鬆齡事件深受牽連，受到父親的嚴厲斥責，處境比較困難，發言分量大大減輕。張作相則不同，他是張作霖的老夥伴，說話頗有分量。
郭鬆齡未被打敗之前，吳俊升等人就要求張作霖嚴懲參與“叛亂”者，甚至提出，對那些仍住在奉天的“叛亂”官兵家屬，也要嚴厲處置。張作相堅決反對，他對張作霖說：“郭鬆齡反奉，利用的都是漢卿的軍隊，也是你老的軍隊，都是家鄉子弟，不能處理一大片，結下子孫仇。”張作霖聽了覺得很有道理，也表示同意，並立即派人分頭給郭軍官兵的家屬送米、送麵，進行撫慰。這對瓦解郭軍士氣起了不小的作用。
郭軍徹底失敗後，許多被俘官兵開始人心惶惶，擔心會受到嚴懲。直到張作相親自接見他們，對他們進行一番安慰之後，大家才安下心來。張作相對他們說：“我們都是多年袍澤、鄉親，在這次戰亂中，兵戎相見，這是東北的不幸，也是每個人所痛心的。如今郭鬆齡已逃走，一切過錯都應由他負責。他臨行時，既然囑咐大家聽張軍團長命令，這就是願意我們再行團結。因此人人應本著這個意見，釋去嫌疑。在戰鬥中，死去的袍澤已無法挽救，活著的官兵由我負責，保護大家安全。明天張軍團長即可到來，你們要聽他的話。我去奉天向老將請求寬恕。有我一息尚存，就不致再有什麼不幸的事發生。我自問同大家是有好感情的，請大家信賴我，聽我的好音。”
張作相說話算數，回到奉天以後，他果然向張作霖提出，郭鬆齡既死，其他人員一律免究。他說：“這是奉軍內部自家的事，就當作一次演習吧！郭鬆齡已死了，別追究了，保留元氣吧。”但是，吳俊升等人仍不讚成張作相的意見，強烈要求張作霖懲辦參與反叛的主要軍官，他們一再說：“總得殺幾個，太寬容了不行。”張作相與之辯論，仍不能說服他們。最後，他竟聲淚俱下地說：“那就先殺了我，免得再發生慘劇。”吳俊升等人頓時語塞，氣氛也漸趨緩和。張作霖終於明確表態，說：“那就讓小六子看著辦吧！”張作相聽了，還不放心。他怕張作霖再變卦，便要求張作霖當場給張學良掛電話，親口告之對郭部官兵一律免於追究的決定。張作霖打完電話，張作相心中一塊石頭才落了地。此後，郭軍的被俘軍官不但全被赦免，許多人仍繼續受到重用。這對鞏固奉軍內部團結起了很大作用。
接著，張作霖在奉天舉行盛宴，慶祝勝利。宴會進行中，幾個參謀人員突然抬來一隻箱子。參謀當眾向張作霖報告說：這是從郭鬼子的司令部裏繳獲的。裏麵裝有許多密信，都是奉天城裏的人寫給郭鬼子的。在場的許多官紳一聽這話，都驚呆了。因為郭鬆齡舉事之後，奉天城裏不少官員為保自己的官位和身家性命，暗中都給郭鬆齡寫過信。如今，這些信落到張作霖手中，若被扣上“私通叛賊”的罪名，他們的腦袋也就難保了，一個個嚇得半死。不料，張作霖聽完報告後，卻非常豁然地說：“隻是郭鬼子這一個壞蛋造反，與別人何幹？他既死，事已了，其餘一概不究。今天是慶賀宴會，我要和大家一起共慶，快把這些信都拿出去燒了。大家盡管多吃多喝，以後再也不要議論這些敗興事了。”此話一出，那些心中有愧的人才定下心來，內心裏暗暗感激張作霖的寬宏。張作霖這一套，顯然是照搬了《三國演義》中曹操的做法。除郭鬆齡夫婦外，奉係“未戮一人”，不搞株連，保持了奉係集團的穩定。張作霖深知，此次內亂已使他在東北的統治地位受到動搖，如不采取措施，收買人心，後果不堪設想。為了維護自己的統治地位，除了不搞株連外，張作霖還演了一場“斬子讓賢”的戲。
1925年12月29日，即擊敗了郭鬆齡5天之後，張作霖在大帥府召開東三省善後會議。會議一開始，張作霖就說：“今天這個會雖然還是由我主持，但我是來向大家作交代的。”說完，他把一份電報稿交給袁金鎧，又說：“四哥，你先把通電念一下，這通電明天就發表。”與會者皆不知通電內容，便豎起耳朵。袁金鎧朗聲道：“作霖才德菲薄，招致戰禍，當引咎辭職，還政於民。今後，將東北行政交王公岷源（王永江的字），軍事交吳公興權（吳俊升的字），請中央另派賢能來主持東北大局……”