25日晚，清華大學的一些右派分子衝到救國會辦公室搗亂，他們叫嚷說：“擁護西安事變”“中華民族解放萬歲”兩個口號“不通”，聲稱“政府還要繼續討伐！”接著就翻箱倒櫃，搶劫救國會文件，搜查救國會負責人和民先隊員宿舍。然後，把文件、《清華周刊》和其他救亡書刊，搬到操場上，付之一炬。民先隊和進步學生聞訊，由楊學誠帶頭，跑步趕到操場。右派學生顧慮寡不敵眾，被嚇跑了。學校當局也乘機尋找各種借口，明令解散清華救國會，《清華周刊》也在寒假被勒令停刊了。
師範大學的反動勢力在這一時期表現得更為囂張。12月26日，他們在楊立奎、熊夢飛的策劃下，在師大風雨操場舉行所謂“慶祝”蔣介石“脫險”的集會。會上，楊立奎、熊夢飛等人相繼講話，大捧蔣介石，惡毒攻擊中國共產黨。最後決議：
一、通電慰問蔣介石；
二、查辦民族解放先鋒隊；
三、取消綏遠後援會；
四、請求政府處決沈鈞儒等七人。該校反動學生在楊、熊等人指揮下，組織了一個所謂“武力清共團”，專門毆打進步學生。
東北大學學生分成兩派，少數學生借故另行組織所謂“文法學院同學會”“正、義團”，到處張貼反動牆報、標語。北大少數右派學生指責北大學生會為少數人所把持，不能代表全體同學公意，聲言要組織一個“非常學生會”。北平大學法商學院也有一部分學生發表書麵聲明，攻擊“北平學生聯合救國會為一般人所懷疑”，說什麼“學生團體乃聯絡感情、切磋學問之組織，不應妄談政治，亂發主張”，並退出學生會，另組織一個“良心社”。中國大學、朝陽學院等也有同樣事件發生。
麵對國民黨特務及右派分子的猖狂進攻，學聯和民先組織各校進步同學，同他們展開了針鋒相對的鬥爭。但是，國民黨反動派的囂張氣焰和醜惡表演，以及蔣介石雖然接受了張、楊的八項主張，其鎮壓和破壞革命運動的政策卻絲毫沒有改變的事實，使黨內外廣大進步青年非常憤慨，同時又懷有無限的憂慮。
為了進一步宣傳共產黨逼蔣抗日的方針，將廣大愛國學生的思想認識提高到黨的方針政策上來，必須使大家認清西安事變和平解決的意義。因此，劉少奇於1937年1月15日在《火線》第69期上發表了《西安事變的意義及其以後形勢》，文章指出：“西安事變的和平解決，可以成為全國大局好轉之關鍵。”“西安事變，不獨沒有引起中國大規模的內戰，使抗日戰爭推遲，而且可以使中國內戰停止，全國的抗日戰爭提早。”與此同時，北方局再次派彭真到北平召集市委和學委負責人開會，傳達和宣傳黨的指示。隨後，學委負責人又分別召集大學幹事會和中學部負責人開會，向他們宣傳黨的方針政策，並要求他們回校做學生的思想工作。
在統一了黨內的思想認識之後，北方局和劉少奇要求平津的黨員去說服各方麵的人士，特別是廣大進步學生，使他們擁護黨的主張，更緊密地團結在黨的抗日民族統一戰線周圍。為此，黨通過民先隊和學聯在各校組織了許多有關當前形勢、方針政策和國家前途的討論會、座談會，引導大家對“蔣介石該不該殺”的問題發表意見。經過討論使大家認識到如果殺蔣介石，就會為親日派製造內戰提供口實，造成兩敗俱傷，使日本帝國主義坐收漁翁之利；放了他，則有利於逼蔣停止內戰，使全國一致抗日的局麵早日實現。
北平民先隊部於1937年1月，印發了《目前形勢的分析》。該文詳細分析了西安事變和平解決後的政治形勢，提出了民先隊目前的政治主張：
一、停止內戰、一致對外；
二、要求國民黨中央軍立即集中綏遠抗日；
三、實行民主政治，開放民眾運動，保障愛國自由。
廣大青年學生在黨組織、學聯、民先的幫助、教育下，認清了西安事變和平解決的重大意義，消除了疑慮，在黨的領導下，開始了新的鬥爭。
統一學運，端正思想
1937年1月4日，受反動當局操縱的北平市“新學聯”在師大教理學院粉墨登場，並拋出了《平市“新學生會”成立宣言》。“新學聯”是由國民黨一手炮製的禦用團體，由北平學生中的幾個特務外圍組織――複興社、誠社、中華社、中社中的反動分子所控製。參加這個組織的，除誌成中學代表是學生會的代表外，其餘都是各校的少數右派學生代表。報紙稱這個“學生團體”為“新學聯”。
“新學聯”成立後，國民黨中訓部曾明令他們設法將學生組織“統一”在“新學聯”名下。其基本做法是充實“新學聯”，消滅舊學聯（北平學聯）。“同時對於傾向中央之教授與學生多與之發生密切聯係，其灰色分子應多方設法聯絡，務求其無形中改變態度，則學運組織統一有不期然而然矣。”可見，“新學聯”成立的目的，在於分化瓦解抗日救亡力量，與黨領導的北平學聯分庭抗禮，並取而代之，從而將學生愛國運動納入國民黨反動派的軌道。“新學聯”在成立宣言中，攻擊北平學聯“犯了欺騙陷害熱誠愛國青年的行為，露出別有陰謀附和叛逆的證據！”說什麼北平學聯“受民先操縱，而民先已受張、楊收買”。這時，由張學良陪同回到南京的蔣介石並不甘心履行聯共抗日的條件。他首先將張學良送交軍事委員會處置，隨後繼續調兵遣將，進逼西安，同時加緊對全國抗日救亡運動的破壞，以助長反動勢力的囂張氣焰。
中共北平學委分析了形勢的發展及黨的抗日民族統一戰線政策，為了防止抗日救亡運動的分裂，爭取早日實現全民抗日，在學生中提出了“統一學運”的主張，號召建立統一的學聯及學生會，更廣泛地團結群眾，共同救亡。
北平學聯和民先在黨的指示下，本著極大限度地爭取團結廣大學生群眾、共同救亡的目的，開始了反對分裂、爭取學運統一的鬥爭。並把學聯綱領改為：
（1）抗日救國；
（2）擁護政府和平統一及團結禦侮的國策；
（3）協助政府辦理一切社會公益事業。
北平學聯在與“新學聯”的鬥爭中，首先嚴正指出“新學聯”的分裂行為是有害於學生愛國運動的，並在《為團結同學鞏固組織告全市同學書》中一針見血地指出：“你們進行的分裂學生工作，卻正是親恨仇快的工作，中了敵人分裂中國的詭計”，“這不但是救亡運動的損傷，而且將永為遺憾地成為北平學生運動曆史的不幸。”其次，北平學聯向“新學聯”及廣大師生表示了團結合作的誠意，並提出用民主的方式改組及恢複學生會，爭取學生運動的重新統一。2月28日，北平學聯發表了《再度呼籲學運統一宣言》，開誠布公地對過去存在的缺點和錯誤進行了檢討和自我批評，並果斷地提出“願在抗日救國、健全學生生活的旗幟下，進行合並”。與此同時，北平學聯決定再次爭取自己的公開合法地位，更大範圍地開展抗日救亡工作。