麵對“三藩之亂”的驚濤駭浪，一些大臣驚慌失措，統軍平叛的寧南靖寇大將軍順承郡王勒爾錦、揚威大將軍簡親王喇布、安遠靖寇大將軍貝勒尚善、定西大將軍貝勒洞鄂等人，懼敵怯戰，畏縮不前。在清朝統治出現如此嚴重危機的時刻，年方十九歲的康熙帝玄燁，鎮定自若，繼續發揚其勇擒鼇拜的大無畏精神，調兵遣將，重用圖海、賴塔、穆占等滿洲能臣，撤換和懲治勒爾錦等失職王公，擢用效忠朝廷能征慣戰的漢人和漢軍將官張勇、趙良棟、蔡毓榮等人，厚賞從征士卒，親自指揮征戰，史稱其“每日軍報三四百疏，手批口諭，發指示，洞的中？”。《聖武記》卷2，《康熙戡定三藩記》。因此，很快扭轉了戰局，屢敗叛軍，於康熙二十年攻下昆明，平定了猖獗一時的“三藩之亂”，並乘勝前進，遣兵渡海南征，統一了台灣。
南警剛解，北邊烽煙又起。漠西蒙古準噶爾部博碩克圖汗噶爾丹擊殺和碩特部鄂爾齊圖汗、車臣汗，躍為厄魯特四部之長。他占哈密，取吐魯番，滅“回部”(天山南路維吾爾族)，控製了天山南北廣大區域，並企圖入主青海，吞並漠北蒙古喀爾喀三部。康熙二十七年，他率軍三萬北征，連戰連勝，迫使喀爾喀三部數十萬人投靠清朝。二十九年，其軍竟深入烏蘭布通(今內蒙古克什克騰旗境內)，距北京隻有七百裏，嚴重威脅了清朝安全，京師為之戒嚴。
俄國沙皇政府從順治時起，就多次派遣軍隊，入侵我國黑龍江流域，燒殺擄掠，勒索貢賦，建立了尼布楚、雅克薩、楚庫柏興等侵略據點，並不斷擴大其殖民轄區，欲圖侵占更多的中國領地。它還支持準部噶爾丹的北進行動，一再派遣使臣前往談判，宣稱要給予準部大量軍事支援。俄國殖民軍依仗火器，十分猖狂。當時一位居住在寧古塔的文人說：邏車國(俄國)人造反，到黑龍江各地搶掠貂皮，“鋒甚銳”，“其猛如虎”，善放鳥槍。他們還使用西瓜炮，能射擊幾裏以外的目標，“必到敵營始裂，遇者必死”。吳振臣：《寧古塔紀略》。
康熙帝不畏強敵，堅決捍衛東北邊區，一待平定了三藩之亂，就遣派兵丁，築城置驛，籌辦船隻糧餉。準備就緒後，於康熙二十四年，命都統、一等公彭春和副都統郎坦、黑龍江將軍薩布素統率北京、吉林、山東、河南、山西等地滿、漢、索倫、達斡爾族士卒三千餘人，圍攻雅克薩，迫城中俄軍投降後班師。第二年正月，沙俄殖民軍再築雅克薩城，康熙帝獲悉後，又命薩布素、郎坦等領兵前往，重重圍困，敵軍傷亡累累。沙皇政府遣使至京議和，請求解圍。康熙帝寬大為懷，撤退了軍隊，委派領侍衛內大臣索額圖和都統、一等公佟國綱與俄使談判，幾經周折，最後於康熙二十八年七月二十四日，簽訂了《中俄尼布楚條約》，保衛了中國神聖領土，解除了北境之危。
玄燁為了確保西北和北部地區安全，使喀爾喀三部蒙古能夠擺脫準部噶爾丹汗的奴役和欺淩，重返祖居，自由耕牧，不顧綿延數千裏的沙漠惡劣地形，不畏剽悍善戰所向無敵的準部軍隊，擯棄了膽怯懼戰貪圖安逸的某些大臣的停兵之議，於康熙二十九年至三十五年、三十六年，毅然統軍三次親征朔漠，大敗準軍，噶爾丹敗病交加死去，其子女被策妄阿拉布坦押獻至京，所部盡降。喀爾喀三部數十萬蒙古人興高采烈地還居離別十餘年的漠北故土，衷心感謝和擁戴聖祖“大皇帝”，於是阿爾泰山以東盡隸清朝版圖，拓地二萬裏。康熙三十六年十二月，青海和碩特部蒙古諸台吉入京朝貢，被聖祖分授親王、郡王、貝勒、貝子、公等爵位，自此“青海始為近藩”。康熙五十九年，清軍入藏，驅逐了策妄阿拉布坦的準噶爾兵，冊立第六世達賴，委任貝子康濟鼐、台吉頗羅鼐分掌前後藏。清朝版圖又增拓二萬餘裏。
在軍事方麵連續奪取輝煌勝利的同時，康熙帝在扭轉財政危機，恢複和發展生產方麵，也取得了極為可喜的重大成就。他即位時，年缺餉額四百餘萬兩，千萬人民衣食無著，大片田地荒蕪。四川省人丁太少，“有可耕之地，而無耕田之民”。《清聖祖實錄》卷36，頁7.長年戰亂，嚴重影響了水利建設，河道失修，河患頻繁，黃河、淮河多次決口，淹沒田園廬舍，沿河州縣成千上萬赤子葬身魚腹。以“欲致海宇升平，人民樂業”自詡的康熙帝，為改變國窮民貧的艱窘困境，作出了極大的努力。他鼓勵墾荒，實行“更名田”等政策，保護耕地者的所有權，放寬新墾地的起科年限，使荒地迅速開墾成熟，六十三年內(包括雍正二年)，耕地麵積增加了一百三十四萬餘頃，比他即位那一年，增長了四分之一。《清文獻通考》卷1.他認為，“蠲租乃古今第一仁政，下至窮穀荒陬，皆實惠”，多次大規模地蠲免租賦。他在位六十一年裏，先後在全國二十多個省區，以災蠲、逋蠲、輪蠲、大蠲等形式，蠲除賦糧、丁銀和逋課五百餘次，僅康熙二十六年十一月一次就蠲免江蘇、陝西本年未完錢糧及明年應征錢糧六百萬兩，二十八年正月又免去江蘇曆年積欠二百餘萬兩。從康熙元年至四十八年，共免去租賦一億餘兩，相當於三四年的全國總收入。他又於康熙四十九年十月決定，三年之內，將全國各省錢糧和舊欠通免一周，共免銀三千二百餘萬兩。他還注意讓佃農在蠲賦中得到一些實惠，令地主按蠲賦分數減收佃農田租，並於康熙二十九年七月明確規定，凡遇蠲賦之時，“七分蠲免業戶，以三分蠲免佃種之民”，後又於四十九年重申此令，“永著為例”。《清聖祖實錄》卷147，頁27，卷244，頁13.他還於康熙五十一年二月二十九日宣布實行“滋生人丁永不加賦”的製度，使廣大農民的丁賦負擔相對穩定，不再增加，對減少農民因丁銀輸納困難而逃亡的情況有所改變，有利於生產的發展，而且為雍正時“攤丁入畝”創造了必具條件。
玄燁對治河特別重視，他親政以後，以河工作為與“三藩”並列的三大要務之一，親筆書寫於宮中柱上，時刻考慮。還在進行平定三藩之亂的戰爭時，盡管國家財政狀況比較困難，他便開始了整治黃河、淮河的工作，於康熙十六年委任傑出的治河專家安徽巡撫靳輔為河道總督，第一次就撥款二百五十餘萬兩。此後，隨著國庫的充裕，河工經費愈益增加，達到“歲費三百餘萬”之多，超過了曆代任何一個王朝。玄燁還多次南巡，視察河工，提出了讓水順人意的治河理論和一些重要的指示，督促大臣認真修建，使治理黃河、淮河的工作取得了巨大成效，對保護沿河地區人民的生命財產和促進水路運輸與工商業的發展，起了重大的作用。
康熙帝還下詔永停圈地，不許滿族貴族濫收投充人戶，放寬“逃人法”，革除或減輕了順治年間禍國殃民的三大弊政的危害。他還一再懲辦殘酷虐待奴仆的八旗貴族官員，對殺害旗下家人至死的主子，從嚴處治，將原定奴仆三次逃走者正法的規定，改為免死發往寧古塔。
康熙帝治政的極為難得的一點，是崇尚節儉，“惜財用”，“不妄費”，多次責令臣僚減少宮中用費。他在康熙四十九年十月宣布蠲免全國錢糧的上諭中指出，正因為“每發供禦所需，概從儉約”，所以能以曆年節省的儲蓄，供蠲賦賑災之用。《清聖祖實錄》卷244，頁3.他在康熙六十一年十一月的遺詔中，總計在位時用度說：戶部幣銀，全用於征戰、賑饑，河工歲用三百餘萬，而他的巡狩行宮卻不施彩繪，每處不過用銀一二萬兩。連曾經長期出入宮廷為聖祖講課的法國傳教士白晉也對他的儉樸美德極為佩服，稱讚他的生活“是簡單而樸素的，在帝王中是沒有先例的”。白晉：《康熙大帝》中譯本，頁20―22.
由於康熙帝實行了很多有利於國計民生的政策，又自奉甚儉，因此有力地促進了農業、手工業、商業的發展，經濟相當繁榮，人民生活有了一定程度的改善，國庫也由一貧如洗而變為糧穀充實帑銀日增。他即位時年缺餉額四百萬，很快就變為庫存餘銀八百萬，到康熙五十年積存至五千餘萬兩。玄燁的長期勵精圖治及其所取得的文治武功，給通常所說的“康乾盛世”奠定了堅實的基礎，也為他聰明的孫子乾隆皇帝提供了一個值得效法的楷模。