在三天之後十月初二日的諭旨中，乾隆帝對高樸擾亂回疆將釀大禍之事，以及斬高有利於回疆、有利於國的理由，講得更為清楚。他說：
“回疆辦事大臣，經理該處事務，責任非輕，當體朕意，撫輯回民，俾得安居樂業，不宜稍有派累滋擾，致蹈素誠覆轍，貽誤國事。……高樸在葉爾羌勒取回人財物，贓數累累，已屬從來所無，……(又)派回人三千餘，至該山(密爾岱山)采取玉石，致諸回受累含怨。……高樸在彼，回人無不抱怨。……(色提巴爾第、永貴)二人至彼，而高樸之事始得敗露，回眾借以輯寧。若無此調換，其事必不能破，回眾積怨日深，一二年內，必致如昔年素誠在烏什激變之事，而葉爾羌地大城堅，較烏什尤甚，尚複成何事體。……夫高樸以昏妄乖張，自罹顯戮，在彼實為大失，而於國家綏靖回疆之舉，則為大得，朕益惟感天庥而凜敬畏焉。”《清高宗實錄》卷1068，頁2、3、、5.
在九月二十八日的三道諭旨中，乾隆帝又宣布革綽克托職，晉升永貴和色提巴爾第。他說：葉爾羌伯克色提巴爾第公爵對高樸等人的通同舞弊，能“秉公呈報，甚屬可嘉”，著賞給貝子職銜，以示鼓勵。總辦回疆事務的烏什參讚大臣綽克托，蒙恩擢用吏部尚書，高樸如此聲名狼藉，綽克托為何不據實劾奏，“其通同徇隱，幾釀事端”，著即革職，拿交刑部治罪，命永貴補授吏部尚書。③《清高宗實錄》卷1067，頁37、38，38、39.
他還就此獎懲專門講了賞罰分明之事。他說：
“朕於臣工功罪，一秉大公至正。如高樸貪黷負恩若此，較伊父高桓尤甚，不能念係慧賢皇貴妃之侄、高斌之孫，稍為矜宥也。又如綽克托，前因其總理回疆，尚覺認真，特加擢用，乃敢徇私誤公，咎難輕逭，因即黜革拿問。若永貴，原因市恩李淑芳身獲重譴之人，今辦理此事，公正可嘉，因複加恩擢用，此諸臣所共知共見。禍福惟視其人之自取，朕並不稍存成見於其間。將此通諭知之。”③。
乾隆帝雖下諭將高樸斬殺，但對這一大案並未就此罷休，而仍在抓緊清查審理。直到乾隆四十四年四月，他先後下達數十道諭旨，責令臣僚追查，曆時七個月，才算最後結束了這個案子。他主要抓了以下四個問題。其一，追查高樸私采盜賣玉石的詳細情形和具體數目。經查明，高樸之家人李福，與原係鎮江監生充任四庫館謄錄的熊濂，為高樸代管筆劄，由高樸給銀為熊捐了州同職銜，二人往蘇州販賣玉石，在蘇停留半年多，“攜帶玉料，值銀數十萬兩，肆行販賣”，已獲銀十二萬八千餘兩。二人又於九月十七日，“乘坐大船，上有兵部左堂旗號，船內有箱四十餘隻”，過關北上，九月二十六日被署兩江總督薩載遵旨於淮關拿獲。可能因李福已有所聞，預先藏匿，故船上隻被官府搜出現銀二萬四千餘兩和會票、期票所開的四萬六千餘兩。《清高宗實錄》卷1067，頁27、30，卷1068，頁11、13、14.高樸的另一心腹家人常永，率領跟班張元、馬德亮等人，帶大車九輛，載高樸的玉料三千斤和家人的玉料一千斤，被陝西巡撫畢沅在長武縣盤獲，常永亦已先將大量玉料四處藏匿。據商人衛金義之貨單載稱，玉如意一枝，需售銀四千兩。《清高宗實錄》卷1067，頁31，卷1068，頁10、20、39，卷1070，頁11.照此估算，僅此兩項玉料，就值銀近百萬兩，可見高樸確是一個特大的貪官。