乾隆帝為示懲戒，還將勒爾謹等要犯之子加以治罪。八月初五日，他下諭說：勒爾謹久任甘省總督，一切政務廢弛，視同膜外，形如木偶，其子焉能脫身事外，著將其長子候補郎中伊淩阿及其次子，一並發往伊犁，嚴行管束，充當苦差，“以為滿洲大員貽誤封疆者戒”。②《清高宗實錄》卷1140，頁31―35，24、25.初八日、二十五日他又下二諭，命將王？望的十一個兒子全照伊淩阿之例，發往伊犁充當苦差，其中八個兒子尚係六歲以下的幼童，待其長到十二歲時再行發往。九月十二日，他複下諭：甘省捏災冒賑一案，“枉法營私，大小官員通同一氣，為從來未有之奇貪異事，故當以重法治之，非不知罪人不孥，而此實非常之罪也”，著將王廷讚、楊士璣、程棟、陸瑋、那禮善、楊德言、鄭陳善等七犯之子，俱革去所捐官職，發往伊犁，充當苦差。②以經方吞銀太多，諭將其子重慶銷去旗籍，發往伊犁，給予厄魯特為奴，“以示炯戒”。《清高宗實錄》卷1146，頁10、19.宮中檔乾隆朝奏折48輯683頁雅德題。
對於瞻徇容隱的陝西巡撫畢沅，乾隆帝幾次下諭將其訓斥，令其自行議罪，畢沅奏請繳銀三萬兩並於養廉銀內罰銀二萬兩，“以贖前愆”，帝命將其降為三品頂戴，仍留陝西巡撫之任，“所有應得職俸及養廉，永行停支”，以示懲戒，並責令其不得因停領養廉銀而需索屬員，否則將重治其罪。《清高宗實錄》卷1147，頁13.因江蘇巡撫閔鶚元、浙江巡撫陳輝祖庇護己弟，不予奏參，按畢沅之例，降為三品頂戴留任，“所有應得職俸養廉，永行停支，以示懲創”，並規定此後畢沅等三人，不許呈進貢物。《清高宗實錄》卷1148，頁9.陝西、甘肅二省捐監之例，立即停止。
四十七年十月二十七日，乾隆帝下達長諭，講述全案經過，訓示內外大小官員，應以此為鑒，廉潔守法，現摘錄如下，作為此案的結束語。乾隆帝說：
“甘省收捐監生，本欲藉積貯監糧，為備荒賑恤之用。前次開捐時，已不免稍有弊端，經大學士舒赫德奏請停止。至乾隆三十九年，該省複奏請開例，彼時大學士於敏中管理戶部，即行議準，又以若準開捐，將來可省部撥之煩，巧詞飾奏。朕誤聽其言，遂爾允行，至今引以為過。其時王？望為藩司，恃有於敏中為之庇護，公然私收折色，將通省各屬災賑，曆年捏開分數，以為侵冒監糧之地。設此時於敏中尚在，朕必重治其罪，姑念其宣力年久，且已身故，是以始終成全之，不忍追治其罪。蓋自此次開捐監糧以後，甘省上下，勾通一氣，竟以朕惠養黎元之政，為若輩肥身利己之圖，侵帑殃民，毫無忌憚，天下無不共知，朕亦早有風聞，而內外臣工，並無一人言及，思之實為寒心。……(現已查明處理)此案陸續正法者，前後共五十六犯，免死發遣者，共四十六犯，似此通省捏災冒賑，藐法營私，案情重大，……內外大小臣工，見此案內之身受大辟者，即當知畏，其得邀免死者，當知愧而不當以為幸。經此番懲創之後，務須各凜冰淵。共矢小廉大法之誠，副朕明刑弼教之意，……若再有以身試法者，即當按法處置。……所有辦理此案緣由，著通行曉諭中外知之。”《清高宗實錄》卷1167，頁18、19、20、21、22.
二、新疆官員多報糧價侵蝕帑銀都統索諾木策淩等誅戮發遣。
乾隆皇帝弘曆將甘肅捐監折銀災冒賑的主要案犯勒爾謹、王？望、王廷讚、蔣全迪等官斬絞發遣後，就甘肅而言，這一大案算是結束了，但它的影響還仍然存在，至少直接波及到新疆、浙江和山東二省一區，出現了新疆捏報糧價、浙江侵吞抄沒的王？望家產和山東倉庫虧空三大案件。
乾隆四十六年九月初四日，欽差大學士、一等誠謀英勇公阿桂，署理陝甘總督李侍堯合奏之折到京。阿桂、李侍堯奏稱：監糧捐例章程內載有烏魯木齊、巴裏坤、哈密三處，額收糧十萬石，濟木薩、奇台、穆壘、昌吉等處收五萬石。現在甘肅捏冒等弊俱經查辦，烏魯木齊等處，亦恐有挪移虧缺之處，請飭交新任都統明亮徹底清查。
明亮查訊後，上奏朝廷，言及案情嚴重。四十七年正月初二日，乾隆帝下了兩道諭旨。第一道諭旨，是派刑部侍郎喀寧阿率領司員，馳驛前往烏魯木齊，會同都統明亮查辦事件。第二道諭旨是講明如此辦理的原因。諭旨的前半部分，摘錄了明亮的奏折。明亮奏：“查明烏魯木齊捏報糧價以圖采買冒銷一案，請派大員會同審辦，並請飭部揀選直隸州、知縣等員，前往接任，以便將案內人員查抄收禁。”諭旨的後半部分，是言帝之處理辦法。帝諭：該處折收捏報，既據查訊明確，自應將承辦各員嚴切根究，已派喀寧阿迅速馳往，會同明亮秉公查辦，並令吏、戶等部保舉知州、知縣，帶領引見後，即行發往。②《清高宗實錄》卷1148，頁5、6，15、16.