乾隆帝之判斷和預見，是十分正確的，他所擔心之事很快就出現了，不但大金川土司滋生事端，小金川土舍僧格桑也在惹事。原來大金川土司郎卡病故，其子索諾木繼為土司，小金川土司澤旺老病，其子僧格桑實掌土司事務。僧格桑以沃什土司人少勢弱，欲圖兼並其地，借口沃什土司色達克拉咒詛自己及父親澤旺，以致父親患病，而率兵進攻，沃什土司抵擋不住，求官府保護。四川總督阿爾泰、提督董天弼於乾隆三十五年三月、四月兩次上折，奏稱小金川與沃什土司“爭地起釁，用兵相攻”，僧格桑與“多事頭人慫恿生事”，明正、革布什咱土司勸阻無效，遂派官前往彈壓。僧格桑遵諭停兵，但要求“應照蠻禮，打傷人口，罰賠命價”，要沃什交出三寨，“準小金川耕獲作抵”。《清高宗實錄》卷855，頁28，卷857，頁15.尋因僧格桑“托詞觀望”，不退侵占沃什之地，不撤進攻之兵，色達克拉請求官府發兵攻剿，僧格桑複圍攻其官寨，並派人防守官兵進剿小路。阿爾泰、董天弼一麵親往查辦，派將官督各土司進攻僧格桑，一麵向朝廷奏報，乾隆帝於三十五年閏五月十九日下諭，讚其辦理尚屬正確，命速行具奏剿辦情形。《清高宗實錄》卷861，頁9.
過了一個半月，三十五年七月初七日，乾隆帝就小金川之事，諭軍機大臣：據阿爾泰奏，擬對小金川剿撫並行。“所辦亦是。番夷自相仇殺，其事本不值一辦，乃小金川敢於恃強，侵占沃什地方”，總督、提督大員既親臨查辦，自當速令解怨息爭，各守境土，何得任其頑梗不遵。當傳集小金川土司，諭以爾土司乃彈丸之地，又非險要，若稍有不馴，大兵朝發夕至，“爾自度力量，能與天朝相抗乎”？“且爾從前屢被大金川欺淩，大皇帝憫爾殘弱，特發大兵征服，爾得保守疆土，數十年來安享太平”。今爾乃侵擾鄰封，屢經飭諭，仍然執迷不悟，“是爾全不知感恩安分，竟成一冥頑不靈之人”。若大金川複侵爾疆界，朝廷豈能為爾保護維持。“禍福惟爾自取，早自抉擇，毋貽後悔”。如此開導，諒小金川“自必感發天良，怡然服教，勝於派兵會剿多矣”。《清高宗實錄》卷864，頁16、17.
乾隆帝本想實行攻心為上之策，曉以禍福，使小金川遵諭停兵退地，不料僧格桑對聖旨卻視而不見聽而不聞，繼續自行其是。明正土司、木坪土司見此情景，向官府稟告，願前往曉諭僧格桑，令其退還沃什地方。阿爾泰遣派“番兵”六千餘名，欲剿撫並行。僧格桑遂親至軍營，叩見阿爾泰、董天弼，“叩頭謝罪”，願退出附近達木巴宗之墨穆爾吉日古嚕等地，交出所搶沃什土司之母舅僧格及“番民”二十四人，其沃什土司認罰願給予小金川之地方，仍聽眾土司調處，不敢抗違。但事後僧格桑又違約不行，並進一步侵擾瓦寺土司。
小金川之事尚未了結，大金川又起風波。革布什咱土司的個別頭人勾結大金川，殺害土司，大金川占據了革布什咱的官寨。乾隆帝得報後，於三十六年五月二十六日下諭說：“金川土舍索諾木幼小，罔識利害，而革地頭人又複頑劣不法，則懾以兵威，自不可少”。阿爾泰當遣人曉諭大金川，責其擅自發兵侵占鄰地，“實為非理”，姑念索諾木年幼無知，受人慫恿，特予寬恕，令該土司速將士兵全部撤回，退出占地。《清高宗實錄》卷885，頁19、20.六月二十五日，他又降旨：據阿爾泰奏，“索諾木懇乞將革布什咱地方百姓賞給當差”，“此斷不可允行”，“斷不可稍涉遷就，致彼無所顧忌，滋生事端”。阿爾泰若稍露就便完局之意，使索諾木得逞其欲，“勢必於附近土司漸圖蠶食，又複何所底止！”著阿爾泰等酌量機宜，詳慎籌度，以期經久無弊。《清高宗實錄》卷887，頁15.
經過反複推敲和深思熟慮，乾隆帝終於下定了發兵征剿小金川的決心。乾隆三十六年七月初六日，他諭告軍機大臣：阿爾泰等奏稱，小金川土舍僧格桑圍攻沃什，“請臨以兵威，以挫其氣”。此折“所見甚是”。“蠻夷自相仇殺”，雖屬常情，不值煩我兵力，但小金川去歲與沃什釁，占據其地，經阿爾泰等親往飭諭，雖遵令退還，但為日無幾，複敢興兵滋擾，“似此怙惡不悛，非複可以理喻”。且現在金川與革布什咱之事，尚未辦完，“而小金川又複效尤滋事，此而不加以懲創，伊等將視內地大臣專務調停和事，不複知所畏忌，於撫馭番夷之道，甚有關係”。小金川不像大金川那樣險阻，今董天弼既親往該處，“竟當統兵直搗其巢穴，或計以誘敵，或竟以力取，將僧格桑擒解省城候旨，另擇馴謹奉法之人立為土司，安撫其地為妥協”，斷不宜仍以和解了事，如此，亦可使大金川聞風震懾，稟受教約，返回本地。③《清高宗實錄》卷888，頁8、9，23、24.
過了四天，因四川總督阿爾泰奏稱，明正土司甲勒參得沁稟告小金川不聽勸阻，堅攻沃什，並發兵攻占本土司的納頂等寨，他再諭軍機大臣：僧格桑既攻沃什，又侵明正，“若不懾以兵威，番夷豈複知所畏懼”，著於成都調滿兵一千，於綠營選派精銳數千，加上土練，共五千名，“搗其巢穴，務獲凶渠”。倘僧格桑向大金川求救，則諭大金川往掠小金川，“所得財物，即以賚之，惟地力仍還內地”。③。
由於阿爾泰“惟圖急於遷就了事”，“一味畏首畏尾”，不願也不敢承擔攻克小金川之艱險重任，乾隆帝多次下諭對其厲行申飭。三十六年九月十三日，乾隆帝諭軍機大臣：阿爾泰“總欲圖姑息苟安”，如小金川認罪求饒，“阿爾泰必將遷就，此斷不可”。小金川反複滋釁，“僧格桑竟敢抗拒官兵，實為可惡，尤不可不大示懲創，總以克期覓道進兵，搗其巢穴，擒獲凶渠，將該處番地番戶分給就近各土司編管撫治，並將僧格桑之妻孥近族，及其黨惡土目，盡行俘係，請旨辦理，其事方能完結”。《清高宗實錄》卷892，頁45.