乾隆帝雖然下定了剿滅小金川的決心，但對於大金川，仍遲遲未能確定征討之方針。他這樣猶豫不決，原因有二：一是大金川兵強勢大，地形險要，“跬步皆山”，難攻易守，不易攻克；二是索諾木尚未正式與官府為敵，表麵上尚屬“安分”。但是隨著征討小金川的順利進行，乾隆帝愈益感到，必須剿滅大金川，才能根除禍根。三十六年十一月十五日，他諭告軍機大臣：若索諾木見小金川已破，“心知畏懼，斂跡退歸，或詣軍營請罪”，可以宥其既往之罪，不必窮究。如索諾木“仍然罔知忌憚，屯聚不退，即當以我勝兵全力，剿擊金川，亦屬一勞永逸之計”。《清高宗實錄》卷896，頁29.過了二十三天，十二月初八日，他再次降諭：“小金川以服屬土司，敢於跳梁肆惡，抗拒官兵，非搗穴擒渠，不足以示懲創”。今大兵分路進剿，若僧格桑勢窮力迫竄入金川，“而索諾木冥頑梗化，桀不馴，其勢斷難中止，豈可一任兩凶豎狼狽為奸，漸致蠶食鄰近土司，甚或擾及邊境，尚複成何事體！我大清正當全盛之時，中外一家，豈容近徼彈丸，獨軼化外！”《清高宗實錄》卷898，頁16.
過了一段時間，當他得悉大金川土司索諾木暗中派兵支持小金川對抗官軍，索諾木並欲侵占各土司，進襲內地，更為惱怒，愈加堅定了剿滅大金川的決心。三十七年三月初十日，乾隆帝諭軍機大臣：“金川投誠番人彤錫供情，是僧格桑力不能支，不惜獻地為餌，慫動金川助兵，索諾木實欲吞占各土司，令其諸弟分布，且有即打到維州橋亦不難之語，竟思侵擾內地，其情尤為可惡。……若仍稍事因循，將來土司境壤，必盡為金川蠶食，尚複成何事體！”著平小金川後，即“出其不意，攻剿金川，並擒索諾木”。《清高宗實錄》卷904，頁21、22.此後，他多次下諭，反複講述征剿大金川的必要，並於三十七年七月初十日下諭宣布要正式進剿金川。他說：“現在進剿小金川後，必須並剿金川，累降諭旨甚明”，但未宣露。現應傳檄金川：昔年郎卡恃遠跳梁，王師壓境，“郎卡悔罪投誠，蒙大皇帝格外矜全，允其降服”。郎卡感恩畏法，恭順如初，二十餘年恪奉土職，“故番眾尚得安享太平”。乃自郎卡去世，索諾木不遵父訓，不感國恩，與僧格桑狼狽為奸，侵擾鄰境土司。今大兵分路進剿，索諾木若能悔罪改過，縛獻僧格桑，則可赦其一死，否則必誅無赦。《清高宗實錄》卷912，頁16、17、18.至此，二征大金川之役，正式開始了。
第二節先敗後勝平定金川。
一、木果木清軍慘敗定邊將軍溫福喪命。
清軍進攻小金川初期，乾隆帝是委任大學士、四川總督阿爾泰，四川提督董天弼負責指揮的。旋因阿爾泰由部員出身，未嫻軍旅，且齒邁軀肥，不宜馳騁行陣，改調諳習軍務的雲貴總督德福為四川總督，不久因德福奏述緬甸軍情欠妥，又改令文綬為川督。在此期間，征討小金川的軍務由阿爾泰主持。阿爾泰畏難逗留，乾隆帝大怒，多次下諭嚴斥其非，後並革其大學士、總督職，拿問治罪，賜令自盡。三十六年九月十一日，他以主持征緬軍務的定邊右副將軍溫福曾從兆惠征討霍集占，頗為勇敢，力戰負傷，遂命溫福帶軍營滿兵二百和精壯黔兵三千，星馳赴川，指揮大軍進攻小金川，以侍郎、軍機大臣桂林相佐。
溫福於乾隆三十六年十月十八日至成都，十一月中抵達章穀軍營。乾隆帝決心剿滅大、小金川，給溫福提供了極為優越的條件。他大調士卒，三十六年九月，三路共調漢土官兵一萬六千五百名；十月，溫福所帶之兵至川，又奏準添調貴州兵二千、陝甘兵三千；十二月又增調陝甘兵三千。三十七年二月再增派貴州兵三千、陝甘兵三千。至此，陝甘、貴州共調兵一萬七千名，加上川省漢土官兵，共三萬三四千名，而小金川“番民”僅一萬餘人。到三十七年十月宣布征剿大金川時，各省共調兵丁三萬八千餘名，加上川省漢士兵三萬餘名，共約七萬名，而大金川“番民”不過二萬餘人，官兵顯然處於優勢。官兵擁有大批槍炮火藥。溫福尚未到川之前，官兵各營已有火藥十萬零九千餘斤、槍子五百二十八萬餘顆、火繩六萬盤，還有大批槍炮。溫福又鑄重四千斤、三千斤至一千斤的大炮，另有靖遠炮、劈山炮等炮。乾隆帝調撥了大量軍需銀兩，三十六年十一月，以欽差侍郎桂林奏稱川省已動支備貯銀三十七萬餘兩為軍用，僅存備貯銀六十七萬餘兩，不敷應用，帝命於湖南、湖北各撥三十萬兩，廣東六十萬兩，廣西一百二十萬兩，又於廣東鹽課內撥六十萬兩，共三百萬兩，解往蜀中兵營。後又多次撥銀，到三十八年六月初，已撥銀二千九百萬兩，三倍於一征金川之軍費，而且乾隆帝下諭宣布，“但能掃蕩擒殲，為一勞永逸之計，即使再多費一千萬兩，朕亦不靳”。《清高宗實錄》卷896，頁30，卷903，頁30，卷919，頁23、25，卷930，頁3，卷934，頁10，卷936，頁5.