乾隆帝過分依賴厄魯特台吉、宰桑及將軍、參讚大臣的失職，不僅使阿睦爾撒納幾次逃出虎口化險為夷，大軍遲遲不能獲取全勝，而且使許多台吉、宰桑對大皇帝、對大將軍的才幹和威力產生了懷疑，看到幾位將軍多次“見賣無能”，“皆輕之”。適值與阿睦爾撒納關係密切的喀爾喀車臣汗部郡王青袞雜布於二十一年七月率部叛變，撤掉了清政府所設第十六驛至二十九驛的台站，“羽書中斷”，信息隔絕，清朝在西北地區的統治出現了危機，因此，不少台吉、宰桑改變了態度，希望完全“複其舊製”，“而恥為我(清)臣”，遂從擁清轉為反清。阿睦爾撒納之妻弟杜爾伯特部郡王訥默庫首先為亂，接著，從乾隆二十一年十月至第二年三月，綽羅斯汗(即準噶爾汗)噶勒藏多爾濟，輝特汗巴雅爾，輝特部大台吉與郡王車布登多爾濟，阿睦爾撒納的弟兄普爾普、德濟特，和碩特汗沙克都曼爾濟之弟明噶特先後反叛，從征有功為清帝重用和嘉獎的大宰桑鄂勒哲依、哈薩克錫喇、尼瑪、達什車淩、唐木忒等亦相繼率部為亂，寧夏將軍、巴裏坤辦事大臣和起於二十一年十一月為哈薩克錫喇、尼瑪等人誘斬。阿睦爾撒納得知“四部大亂”消息，從哈薩克歸回，會新叛變的諸台吉、宰桑於博羅塔拉河，自立為總台吉，厄魯特四部“複大擾亂”，策楞，玉保於解京途中被厄魯特亂兵殺害。《清高宗實錄》卷524，頁24―26，卷527，頁18―20，卷528，頁4，卷529，頁119，卷530，頁12，卷541，頁35.
四、調度有方迅獲全勝。
乾隆二十一年末至二十二年初，綽羅斯汗、輝特汗等厄魯特四部台吉、宰桑紛起為亂，殺將軍，搶台站，推立總台吉，西北大亂，警報頻傳，京師為之震動。原來不同意用兵的王公大臣們又“生疑議”，認為確實不該進軍於萬裏之外。乾隆帝雖然完全沒有料到大功垂成之時又生變亂，但他鎮定自若，沒有絲毫的猶豫，堅持進軍，一定要把辦理厄魯特四部之事進行到底。
乾隆二十一年十一月二十三日，他知道巴雅爾、哈薩克錫喇、尼瑪、莽噶裏克等“同謀為逆”後，諭軍機大臣說，“厄魯特等似此辜恩背叛，必應盡行剿滅”，即告定邊右副將軍兆惠率所部兵丁回巴裏坤，“沿途遇背叛賊人，悉行剿滅”。②《清高宗實錄》卷527，頁12、13，21.
過了四天，十一月二十七日，大學士管陝甘總督黃廷桂與西路參讚大臣覺羅雅爾哈善相繼奏報，寧夏將軍和起被尼瑪等所率布嚕古特、杜爾伯特、紮哈沁、“回人”數千兵丁圍攻，力盡而死。乾隆帝給軍機大臣下了一道十分重要的長諭，主要講了五個問題。第一，一定要用兵厄魯特。除了過去多次提到的安插杜爾伯特三車淩和阿睦爾撒納數萬來歸人這些理由外，諭旨還特別提出了邊患問題。上諭批駁“無識之人”“妄生議論”，“謂此事原不當辦”的謬論說：
“殊不思準噶爾之為西北邊患，自有明迄今，垂四百餘年，我皇祖、皇考當噶爾丹、噶爾丹策零等藩籬完固兵力強盛之時，尚且屢申撻伐，以為邊陲久安之計，朕仰承鴻緒，上荷天庥，適值該夷部落攜離、人心渙散之候，既已有機可乘，而安坐失之，豈不貽笑於天下後世，亦何以上對皇祖、皇考在天之靈。此所以熟籌審計，實有萬不得已之苦心，非一時之好大喜功開邊釁而勤遠略也。……況該夷地近西陲，雖定以疆界，準通貿易，而犬羊之性，久之亦難保其不生釁端。今即重煩兵力，得以永靖邊圉，揆之事機，尚應斷然為之，豈有已成之功，轉為棄置之理。”②。
第二，必須擒獲阿睦爾撒納。乾隆帝認為，阿睦爾撒納的漏網，是促使各宰桑、台吉降而複叛的重要因素。他就和起被尼瑪等叛兵殺害一事指出：“貪殘好亂，反複狡詐，固屬準夷常性，然亦由阿逆未經擒獲之故，昨降旨黃廷桂，所謂叛賊一日不獲，則伊犁一日不安，邊陲之事一日不靖者，正為此耳。”②《清高宗實錄》卷527，頁20，19―22.他嚴令定西將軍，定邊左、右副將軍，一定要集中兵力追捕阿睦爾撒納，不將其捕獲絕不罷休。
第三，取消舊規，擬行新製。乾隆帝初征準部時，並未想完全改變厄魯特四部舊有製度，隻是想作一些較大的更動，恢複其八九十年前四部各有所主不聽命於總汗的原有局麵，四部分封四汗，“眾建而分其勢，俾其各自為守”，同時仿照內紮薩克、喀爾喀四部之例，將厄魯特人員編立旗分佐領，設紮薩克和盟長，使其既納入清朝版圖遵從帝旨，又保持有相當大的內部自治權，與州縣大有區別。但是，各台吉、宰桑降而複叛，欲圖完全脫離清朝，恥為清臣，使乾隆帝感到，原來的設想弊病甚多，穩定不了局勢，難保今後“不生釁端”，必須另籌新製，將其直接轄屬於朝廷之下，設立廳、府、州、縣，取消其獨據一方的權力。
第四，放棄“以準攻準”舊策，主要依靠清軍。兩年的實踐證明，“以新歸順之厄魯特攻厄魯特”的政策，帶來了嚴重危害，使各部台吉、宰桑看不到清軍的威力和作用，產生了輕視清朝的想法，因而降後又叛。像上麵提到的和起之死，便係一典型例證。身為寧夏將軍、尊為欽差大臣的和起，奉定邊右副將軍兆惠之令，去征討已叛的輝特汗巴雅爾。巴雅爾既為一部之汗，屬人至少有數千戶，至少有數千名兵士，而和起率領進攻的軍隊雖有數千人，可是隻有一百名索倫兵是其舊部，餘下之兵係他向厄魯特台吉、宰桑和回部伯克征調而來，其中，尼瑪之兵一千五百餘名，莽噶裏克、哈薩克錫喇及額敏和卓各有兵數百、千餘不等，因此，一旦尼瑪等“操戈相向”，莽噶裏克之兵“從後鼓噪”，和起的一百士卒當然抵擋不住，力盡而死。如果他統有滿、蒙、漢官兵數千，這一悲劇怎會發生。所以乾隆帝改變了方針，放棄了“以準攻準”的政策，改為以清軍為主。他在諭中講到，“現在巴裏坤地方，已經添駐重兵，並派調索倫、察哈爾、吉林等兵，迅速前往，協力擒捕”。②。