二十一年秋，定邊右副將軍兆惠感到大、小和卓情形可疑，特派鑲藍旗蒙古副都統阿敏道率索倫兵一百、厄魯特兵二千及庫車伯克鄂對等，前往察看和招撫。阿敏道於閏九月報告，行至綽魯克特赫，途中收到以前遣往回部議定貢賦的侍衛托倫泰的奏報文書，言及去年已招降喀什噶爾，正與葉爾羌回人交戰，被阿睦爾撒納遣人擒去，後經布拉呢敦收留，今年五月霍集占來到後，“即將阿逆使人殺戮”，派人護送自己出來。兆惠看過阿敏道的報告後，秘密通知阿敏道說：據托倫泰所報，“回城地方，並無事故，毋庸多帶兵前往”，即同錫克錫爾格到葉爾羌等處“詳察情形，如無抗違之意，即將回人等加意安撫”，“毋得擾害”。回人應輸貢賦，查明數目，令其繳納。其應赴伊犁種地回人，務於十二月內攜帶牛具，前赴指定地方，“並令回人頭目親赴伊犁，以便詢問”。兆惠將上述情況向帝奏報，乾隆帝諭告軍機大臣，獎嘉兆惠“密飭阿敏道前赴回城辦理事宜，甚屬妥協”，“即照所奏辦理”。《清高宗實錄》卷522，頁15、16、17.
也許是準部阿睦爾撒納等人的降而複叛，給予了乾隆帝深刻的教訓，因此他在招撫大、小和卓的時候，保持了高度的警惕性。在上述諭旨下達後的第四月，二十二年正月初八日，他諭示軍機大臣：“其辦理各回部事宜”，現在阿敏道尚在葉爾羌，令定邊將軍成袞紮布、右副將軍兆惠會同額敏和卓詳細商議，或再派侍衛托倫泰、總管五十六前往曉諭。“其布拉呢敦、霍集占二人，看來布拉呢敦尚屬恭順，霍集占奸詐異常，應留心防範，相機辦理”。③《清高宗實錄》卷530，頁19，25、26.過了五天，正月十三日，他進一步明確諭示軍機大臣：待霍集占所遣使人沙呢雅斯來到時，即派五十六、托倫泰一同回到葉爾羌、喀什噶爾，令布拉呢敦等“酌定貢賦章程，前來陳奏”，如他們遵諭照辦，便可罷休，“倘稍有推托”，就於剿滅厄魯特後，“再派兵前往辦理”。③
二十二年四月十三日，定邊將軍成袞紮布奏稱：前遣總管五十六、侍衛托倫泰帶霍集占的使者沙呢雅斯去回城曉諭，“因中途阻滯”，不能前進，折回軍營。請先行文通知布拉呢敦、霍集占，“責令前來投順”。乾隆帝批示：“所辦尚合機宜。第布拉呢敦、霍集占俱極狡詐，而霍集占為尤甚。伊等不即前來投順，明係別生異心，即應派兵擒拿”。但因厄魯特之事尚未辦完，暫行緩辦，待事成之後，仍令沙呢雅斯前往曉諭，“布拉呢敦等，如親身來歸，亦即擒拿解京，否則即派兵前往剿滅”。《清高宗實錄》卷536，頁30.此諭表明，乾隆帝已斷定大、小和卓不會歸順，已經下定了將其擒斬的決心，隻不過是因為這時還未完全平定厄魯特台吉、宰桑的叛亂，不能同時兩處用兵，因而暫緩。
過了半個月，乾隆帝的態度有了一些變化。四月十八日，他看到兆惠奏報紮那噶爾布遣人糾合回部，為霍集占等所拒時，對二和卓未能歸順的原因和性質，作了與上不同的評斷，批示說：“回人布拉呢敦、霍集占等，原未附和厄魯特，特徘徊觀望，未即前來投順”，仍遣五十六等帶來使沙呢雅斯“前往招撫”，如將阿敏道送回，便可洞悉彼處情形。“第布拉呢敦等生性狡猾，即使歸降”，亦不得仍居葉爾羌、喀什噶爾等處，著於吐魯番、巴裏坤二處，酌量指給一地，令其遷移，稍有推托，仍行拿解來京。《清高宗實錄》卷537，頁32、33.
此時乾隆帝雖然認為二和卓未與準部糾合作亂，但仍然感到形勢不太穩定，布拉呢敦等“生性狡猾”，易生事端，故要采取預防措施，將其遷至清朝能控製的吐魯番或巴裏坤，使其不能為亂，而且還強硬地令其遷移，如不聽命，即武力捕捉，解京治罪。可見，他已認識到，必須用兵，必須以武力為後盾，才能招撫回部大小首領，才能統一回部安定回疆。這一方針是正確的，可惜為時已晚，霍集占、布拉呢敦等人已經先動手了。當二十一年冬阿敏道遣人招撫時，布拉呢敦與霍集占商議對策。布拉呢敦說：“我家三世為準夷所拘，蒙天朝釋歸，得統所部，此恩何可忘也。”主張歸順，“欲集所部聽天朝指揮，受約束”。霍集占竭力反對，要“自長一方”。他說：“我方久困於準夷，今屬中國，則又為人奴”。“若聽朝廷處分，必召兄弟一人留質京師，如準噶爾之例。我祖宗世以此受製於人，今幸強鄰已滅，無逼處者，不以此時自立國，乃長為人奴仆，非計。中國新得準部，反側未定，兵不能來，即來，我守險拒之，饋餉不繼，可不戰挫也”。《嘯亭雜錄》卷6，《平定回部始末》；《聖武記》卷4，《乾隆戡定回疆記》。
霍集占的這番話，看起來頗似高見和有理，擁有上百萬信徒和遼闊回疆的偉大教主兩位和卓，怎能為人之奴，羈居異邦為質，應該要“自長一方”，自立為國。而且清朝剛得準部，動亂未已，難以發兵來攻，即使對方來征，我據險堅守，敵軍遠征數千裏外，供應困難，不能久屯，必然撤退，可以不戰而勝。霍集占雖然素稱精明，善於用智，可是，在這關係到身家性命和統治回部之權的根本問題上，卻犯了致命的錯誤。第一，錯看了清朝對回部的政策。清政府不似準噶爾汗，它欲圖實行的回部政策與準汗不一樣，它僅僅是要回部和喀爾喀四部一樣，為帝藩部而已，基本上仍是由和卓、伯克管理回疆，並未剝奪大、小和卓的教主之權，更不會拘和卓為人質或關押於地牢。霍集占所謂為人之奴，完全是危言聳聽，亂人心懷。
第二，低估了清朝的力量，不了解乾隆帝的為人。霍集占所謂清軍不可能來攻，是其一大誤解。厄魯特四部確實是動亂不已。大多數台吉、宰桑降而反叛，此時清軍尚未把這一變亂完全平定下去，但是，霍集占忽略了一個重大問題，那就是清朝是一個幅員廣闊、臣民上億的強大之國，是當時人們尊稱的天朝。而且更糟糕的是他沒有能夠看清乾隆帝的誌向、才幹和對回部的態度，不知道這位大皇帝依靠“全盛之時”的巨大財力、物力、人力和兵力，要想作出一番超越前人的偉大事業，要將回部統一，納入清朝的版圖，已經定下了用兵回疆的方針。因此，霍集占的所謂清軍難來，僅隻是他的幻想和希望，不是事實。
第三，誇大了己方的優勢，忽略了對方長處。霍集占所說即使清軍來攻，我拒險堅守，可不戰而挫敵，又係謬論。謬誤之一是他過高地估計了自己的力量，好像整個回疆，所有伯克、回民都會聽他統治為他賣命，上百萬回人一致抗清，其實，這位教主並沒有這樣大的力量。後來的事實證明，大多數伯克和人民不讚同他的叛清活動，或袖手旁觀，或歸順清帝，或在高壓之下暫時隨聲附和，時機一到即舍其而去，並沒有形成全民據險死守的局麵。謬誤之二是清朝既有力量趕運糧餉器械供應軍需，把進攻延續下去，又能督軍猛攻，招撫“回人”，很快就削平叛軍，統一回疆。
總而言之，霍集占出於獨主回疆的目的，對敵我雙方的形勢作了十分謬誤的估計，鑄成了大錯。在他的煽動下，布拉呢敦及部分和卓、伯克決定叛清。霍集占還“集其伯克、阿渾等，自立為巴圖爾汗，傳檄各城愛曼，集士馬峙糗糧器械以待”。在霍集占公開起亂之前，清副都統阿敏道率兵來撫，圍庫車城。城中人詭告阿敏道說：“厄魯特吾仇，慮為害，撤還即納降。”阿敏道中計，命厄魯特兵後退，僅帶一百名索倫兵進城，被霍集占拘捕。《清史稿》卷315，《阿敏道傳》；《聖武記》卷4，《乾隆戡定回疆記》。
乾隆二十二年五月，霍集占殺害阿敏道，正式叛亂，大多數回城響應，“回戶數十萬皆靡”，《清高宗實錄》卷539，頁3，卷543，頁42，卷547，頁11.一場嚴重危害回疆的大禍，就這樣發生了。
二、任用劣帥敗酋逃出羅網。