乾隆二十二年五月十七日，定邊將軍成袞紮布奏稱：霍集占等擾亂，殺害副都統阿敏道。俟大兵到伊犁，即前往回城，剿滅霍集占等人。緊接著成袞紮布又連上數奏，要求統兵“辦理回部”，擒拿霍集占。
霍集占的反叛，雖然出乎一個月前乾隆帝之意料，但他畢竟早已定下剿撫兼施統一回部的方針，也曾看出霍集占“狡詐”，必生事端，因此並未驚慌失措。他於五月十七日、二十日，六月十二日、二十一日，七月二十八日，陸續下達有關此事的諭旨，定下了辦理回部的幾條基本原則：一是必征回部；二是現先集中兵力平定準部之亂，擒獲阿睦爾撒納；三是征回較易，不需多少軍隊；四是定於來年進軍。
十月初二日，他針對有些大臣不願用兵征回的議論，下諭予以駁斥，指出國家對死事之臣，應當為之複仇，“我大清堂堂天朝”，不能以唾麵自幹“為自全之善策”。《清高宗實錄》卷548，頁4.
乾隆二十三年正月，厄魯特之亂已基本平定下去，阿睦爾撒納敗入俄國出痘身死，乾隆帝遂於正月二十六日，以“回酋霍集占罪狀”，宣諭回部各城。該諭說：
“……至布拉呢敦、霍集占兄弟，在噶爾丹策零時，被拘於阿巴噶斯、哈丹鄂拓，我兵初定伊犁，釋其囚縶，令為回人頭目，方欲加恩賜爵，授以土田，乃乘厄魯特變亂，率伊犁回人，逃往葉爾羌、喀什噶爾。朕以其或懼厄魯特騷擾，暫避以圖休息，尚未加兵，第遣使招撫，不料竟敢戕害使臣，僭稱巴圖爾汗，情尤可惡，若不擒獲正犯，則回眾終不得安生，用是特發大兵，聲罪致討。……爾等皆無罪之人，朕何忍與叛逆之徒，一體誅戮。此次興師，特為霍集占一人，爾等若將霍集占縛獻，自必安居如舊，永受殊恩，如執迷不悟，聽從逆酋指使，大兵所至，即不分善惡，悉行剿除，悔之何及，尚其熟思利害，毋自貽誤。”《清高宗實錄》卷555，頁23、24、25.
乾隆帝的這道諭旨，第一次正式明確地宣布了對待回部的政策，闡明了用兵的理由。具體說，此諭講了以下四個方麵的問題。其一，君臣之分。諭旨宣布了清帝與布拉呢敦、霍集占有著君臣關係，回部隸屬於清政府。諭旨著重講道，是清軍進入伊犁，才將大、小和卓出之於牢，是清朝大皇帝“令(二人)為回人頭目”，而且準備封授爵位，賜以田土。這就明白無誤地向廣大維吾爾族人員指出，兩和卓是清帝之屬臣，他倆之所以能成為“回人頭目”，是由於清帝的賜予，是清帝之威力，是清帝封授二人為回部頭目，彼此之間有君臣之分，回疆歸屬清政府轄治。因此，霍集占之稱巴圖爾汗，是“僭稱”，沒有得到清政府允許，未經清帝賜封，是非法的，是叛君行為。
其二，用兵之由。諭旨指出，霍集占弟兄原係準汗的階下囚，關押於地牢，他們竟忘掉清帝將其釋放並“令為回人頭目”的大恩，不來歸順，率部潛逃，甚至殺害清政府前往招撫的使臣，興兵倡亂，實屬罪大惡極，如不將其擒獲，“則回眾終不得安生”，因此清帝要遣發大軍，“聲罪致討”。
其三，專擒“逆酋”。諭旨強調指出，“此次興師，特為霍集占一人”，連其兄長布拉呢敦，亦念彼係“被迫從行”，而命分別辦理，“期無枉抑”。維吾爾族廣大人員隻要能將霍集占捕捉獻送，“自必安居如舊”，成為清帝赤子，“永受(大皇帝)殊恩”，絕不株連擾害，濫加屠戮。
其四，拒撫剿除。諭旨宣布，如果“回人”執迷不悟，聽從霍集占指使，抗拒不降，不獻首逆。則大兵一到，“即不分善惡，悉行剿除”，明確地表述了清帝必平叛亂、統一回疆的堅定立場。
乾隆帝堅決主張統一回部、專剿首逆、招撫多數的方針政策，是十分正確的，為進軍的勝利奠定了牢靠的基礎。但是，美中不足的是，他在兩個問題上犯了錯誤。一是任人不當，不該把剿平反叛的重任委之於雅爾哈善。本來乾隆帝是依靠兆惠來負責準、回二部用兵之事的，於二十二年十二月二十五日將其由定邊右副將軍升為定邊將軍，明確諭告“來年辦理進兵，惟兆惠等是賴”。但因當時兆惠還需追剿厄魯特叛軍殘部，故他於二十三年正月二十六日委任參讚大臣雅爾哈善為靖逆將軍，專管征討霍集占，另以都統哈寧阿為參讚大臣，副都統順德納、副都統愛隆阿為領隊大臣。《清高宗實錄》卷553，頁19、20，卷555，頁27.這是一個嚴重失誤。盡管額敏和卓父子效忠清帝，熟悉回務，頗有智謀，副都統愛隆阿是一員猛將，但主帥雅爾哈善太糟糕了，肩負不了征回的重任。
雅爾哈善是覺羅子弟，全名為覺羅雅爾哈善。此人是文人出身，從翻譯舉人任內閣中書升通政使，因事罷官，後曆任(龍安、鬆江、蘇州三府)知府、署江蘇巡撫、浙江巡撫、戶部侍郎、兵部侍郎、辦事大臣、參讚大臣、兵部尚書。他在鬆江、蘇州任知府時，倒還有點作為，但此後便未有任何建樹，特別是於任辦事大臣期間，做了一件特大錯事。據《清高宗實錄》記載，二十一年十一月初八日，乾隆帝因輝特汗巴雅爾等台吉、宰桑降而反叛，諭示軍機大臣：“厄魯特等似此辜恩背叛，必應盡行剿滅”。和碩特汗沙克都爾曼濟現在巴裏坤居住，令雅爾哈善詳加體察其情形如何，“倘尚有可疑，亦當乘其不備，先行剿滅”。十二月二十九日巴裏坤辦事大臣雅爾哈善奏稱：遵旨詳察沙克都爾曼濟情形，見其向內設立卡座，又屢遣人探聽巴裏坤兵馬情形。其屬人普爾普、首伊與紮那噶爾布等潛通信息。並令伊前赴巴裏坤，托病不至。種種可疑，顯有叛逆形跡。隨於十二月十六日，派兵至伊遊牧擒剿，“共斬賊眾四千餘人，以杜後患”。乾隆帝誇獎雅爾哈善察出沙克都爾曼濟“背叛情形”，即領兵擒剿，“辦理甚屬奮往”，著交部“照軍功議敘”。《清高宗實錄》卷527，頁13，卷529，頁23.雅爾哈善於第二年被授為參讚大臣，擢兵部尚書，以及榮為靖逆將軍，與此次“奮往”擒剿沙克都爾曼濟之“軍功”是有直接聯係的。但是，雅爾哈善之所謂重大軍功，純屬假冒，沙克都爾曼濟之“叛亂”，完全是莫須有之事，是一件大冤案。
事情的真相是這樣的。和碩特汗沙克都爾曼濟雖因其弟明噶特隨從阿睦爾撒納為亂，本身處境比較艱難，容易引起清帝的懷疑，但他是堅決效忠清政府的。他拒絕附從叛軍，不顧個人安危，毅然率本部四千餘戶離開故土投奔內地，“依巴裏坤(清西路大軍軍營)近城以居”。由於長途跋涉，匆促內移，攜帶糧食牛羊不多，乏糧缺食，不得不向雅爾哈善乞要糧食。雅爾哈善不察來情，疑其有詐，決意剿滅，遂遣裨將閻師相領兵五百，入其遊牧，偽稱係“失路借宿”。沙克都爾曼濟熱情款待貴客，“屠羊以待”。夜半大雪，閻師相以笳為令，突襲其臥廬，“盡殲全部四千餘人”。沙克都爾曼濟被殺時，殘燈未滅，其妻從睡夢中驚起，“不忍其夫之戕於亂刃，裸而抱持之”，雙雙被害，其景慘不忍睹。《嘯亭雜錄》卷3，《西域用兵始末》，《清史稿》卷314，《雅爾哈善傳》。雅爾哈善就是這樣以數千無辜之人的鮮血染紅了帽頂，偽稱平叛，被封為一等伯，擢升靖逆將軍。
這樣一個膽怯畏敵、假冒軍功、不諳兵法之劣臣，竟被乾隆帝委付以平回重任，怎能不誤軍機。雅爾哈善率領滿、漢官軍八九千人，於二十三年五月包圍了庫車城。“回人素懦怯”，不善作戰，城內又隻有數千人，如果清帥用兵得法，取城並非太難之事。但是雅爾哈善乃一“書生，未嫻將略，惟聽偏裨等出策，令不劃一”，因而遲遲不能克城。霍集占聞報，率最精銳的巴拉鳥槍兵八千，由阿克蘇率領經戈壁捷徑飛速來援，這正是清軍俘獲敵酋的好機會。領隊大臣、副都統愛隆阿統兵奮戰，初敗敵前隊三千於戈壁南之和托鼐，“殲賊甚眾”，又於六月十六日率吉林、索倫兵一千餘人，與霍集占所領五千名續援部隊交戰於鄂根河側，迫敵入水，“死者三千餘人，拔其纛”，霍集占領餘兵八百敗入城內。雅爾哈善等將帥，因霍集占困於城中，料想可以將其擒獲，十分高興，督兵攻城。