乾隆帝這次決定要正式出兵了，因為黎維祁無能，而阮嶽、阮惠一聞檄文即逃，可見出兵易於成功。就這樣，他下了出兵之諭。
孫士毅繼續奏報黎王舊臣起兵和阮惠屬下官將反正投誠的消息，以及處理辦法。牧馬土司閉阮律擒獻偽官阮遠猶。數萬廠民接到孫士毅劄諭及聞皇上恩準發給口糧，“俱踴躍歡欣，情願前驅殺賊”，孫士毅委派曾在廠上工作年久“為群情所服”之幕友林際清統領攻敵。潘啟德統率七州人馬，不斷向前進軍。阮氏兄弟遣攻諒山之將陳名炳，看到沿途檄文，“心生悔懼，情願歸順嗣孫”，恢複故主之國。乾隆帝十分高興，先後下達三諭，嘉獎有功人員，賞給林際清知縣職銜，論述用兵方法。他著重指出，潘啟德等官將和廠民，“皆因聞天朝聲罪致討，是以群起響應。”偽官朱廷理供稱阮惠離開黎城後，仍“意存觀望”，留兵七八千分守黎城及各處要隘，一待清兵進攻，即退守富春。因此，內地官兵若不及時前進，則阮惠將“妄思窺伺”，安南各鎮官將將畏阮氏報複而觀望，廠民、潘啟德等亦會猶豫動搖。著孫士毅派許世亨等領兵三千出關前進，孫仍留駐，或於關外作進剿之勢。《清高宗實錄》卷1312，頁25、26、35，卷1313，頁19.
兩廣總督孫士毅雖連續申請統兵出征為帝所止，但並未就此罷休。很可能是因為看到進展順利，安南舊王即將複國，欲圖建樹奇功殊勳，所以孫又一次奏請出關殺敵。孫士毅想出了一條新的理由，奏稱：各關隘官兵，與其駐紮本境，暗為黎氏靡費錢糧，並需內地兵丁護送國王嗣孫黎維祁的家屬出境，“不如建豎旗鼓，出關進討，搗穴擒渠。”②《清高宗實錄》卷1314，頁5、6，6.乾隆帝終於為其言所動，於十月初三日下諭說：安南各廠起兵，隨嗣孫之三弟黎維祗來到諒山，會同潘啟德進剿，保勝、都龍二處土目集兵聚糧，協同殺敵。黎維祁已出山，但其潛匿一年，毫無展布，現雖糾集義民，欲圖恢複，“其成敗尚未可知”。孫士毅所言建旗出關，“所見甚正”。孫士毅既胸有成竹，力肩巨任，自請出關進剿，“則此事竟交予該督一手承辦，庶呼應更靈，蕆功自速”。②不久，他批準孫之建議令其統兵一萬出關，作為正兵；又命雲貴總督富綱派兵八千，交雲南提督烏大經統領，作為偏師，由雲南蒙自出發，進攻安南之宣光、興化等處。
清軍向安南泰德王阮惠進攻的“興滅繼絕”之戰，就這樣開始了。
三、輕取黎城封國王孫士毅榮封一等謀勇公。
兩廣總督孫士毅奏準征討安南阮惠弟兄後，立即調兵遣將，籌辦糧餉。原調廣西兵四千，現添一千，並調廣東兵五千。乾隆五十三年十月二十八日，孫士毅與廣西提督許世亨統兵一萬出鎮南關，以八千直搗安南東京黎城，以二千駐諒山為聲援。雲南提督烏大經領滇兵八千，取道開化廳之馬白關，逾咒河，入交趾界一千餘裏至宣化鎮，為廣兵聲援。
乾隆帝以“兵行餉運”，安南節年荒歉，難以采買，諭令設台安站，從內地轉運糧食。雲南、廣西兩路共設台站七十餘所，保證了軍糧的供應。乾隆帝以富良江地居險要，阮惠必嚴加防守，“令官兵難以徑渡”，而該江江麵遼闊，敵軍不能處處設防，因此諭令孫士毅一麵督兵佯攻，一麵遣許世亨領兵從上遊或下遊，乘其不備，“設法迅渡”，使敵軍為官員從天而降所驚，其沿江敵軍營屯“自必紛紛潰散，此史冊所載偷渡之計，行之有效者”。《清高宗實錄》卷1314，頁40、41，卷1317，頁26.
孫士毅、許世亨出關後，迅速抵達諒山，繼續往前，總兵尚維屏、副將慶成領廣西兵，總兵張朝龍、李化龍率廣東兵，各士兵義勇隨行，號稱數十萬，浩浩蕩蕩，殺向黎城，各隘阮惠所派守兵紛紛後撤，惟扼三江之險以拒。第一條江為壽昌江。十一月十三日，尚維屏、慶成領兵一千餘名，五更時刻抵壽昌江，阮兵退保南岸。清兵進攻，因浮橋斷，乘筏前行，時值大霧，阮兵自相格殺，清兵遂盡渡河，殺敵甚多。十五日抵達阮軍依恃之第二條江市球江。江麵寬闊，南岸依山，高於北岸，阮軍據險列炮，守備堅固，清兵無法結筏橫渡。諸將商議，以江勢繚曲，敵軍看不到遠處，因此，陽運竹木製造浮橋，排列大炮多門，隔江轟打，佯裝必渡此江，而潛派兵二千，由總兵張朝龍統領，於上遊二十裏水流緩慢處，用竹筏及農家小舟，於夜半偷渡。十七日早晨，清軍主力乘筏渡江，抵達岸邊，與阮軍交鋒，正當緊張廝殺之時，上遊之兵已繞出敵軍背後，居高臨下，呐喊衝擊，聲震山穀，前後夾攻。阮軍出乎意料，不知清軍從何而來，陣亂，“瓦解潰北”，死傷數千。
第三條江是富良江，在都城門外。阮軍盡伐沿江竹木，收斂各舟於南岸。清軍於十九日黎明抵富良江，遙望其陣不整，知守軍無固誌，乃覓遠處小舟，載兵百餘名，夜至江心，奪其戰艦一，遂載兵二百餘人，許世亨親率，先渡過江，又奪小舟三十餘隻，輪番渡兵二千餘人，分頭攻敵。阮軍“昏夜不辨多寡，大潰”。清軍獲敵舟十餘艘及總兵、侯、伯將官數十人。二十日早晨，大軍皆渡，守軍已撤，黎氏宗族及城民出迎，孫士毅、許世亨入黎城，宣慰後出。黎城環以土壘，僅數尺高，上植叢竹，內有磚城二，為國王所居，宮室業已蕩盡。黎維祁由潛匿之民村出來，當日晚上二更時刻趕赴軍營。
孫士毅遵奉帝諭，於十一月二十二日傳旨，冊封黎維祁為安南國王。其冊文說：
“朕維撫馭中外，綏靖遐邇，義莫大於治亂持危，道莫隆於興滅繼絕。其有夙共朝命，久列世封，遭家國之多艱，屬臣民之不靖，則必去其蟊賊，拯厥顛濟，……以肅屏藩之製。爾安南國嗣孫黎維祁，化沐炎陬，序承塚嗣，當爾祖奄逝之日，正阮逆亂之時，肇釁蕭牆，失守符印，孑身播越，闔室遷移，棄彼故都，依於上國。溯百五十年之職貢，能不念其祖宗，披十六道之輿圖，原非利其土地，且柔遠人所以大無外，討亂賊所以儆不虔，是用輯爾室家，克完居處，勵爾臣庶，共赴仇仇，特敕大吏以濯征，爰董王師而迅剿。先聲所？，巨憝奚逃，內難斯寧，群情更附，釋其瑣尾流離之困，加以生死肉骨之恩，舊服式循，新綸允賁。茲封爾為安南國王，錫之新印，王其慎修綱紀，祗奉威靈，戢和民人，保守疆土，勿怠荒而廢事，勿懷安以敗名，庶荷天朝再造之仁，益迓國祚重延之福。欽哉，毋替朕命。”《清高宗實錄》卷1315，頁27、28.
孫士毅將獲捷情形陸續奏報，乾隆帝非常高興。當他於十二月初六日看到孫呈巧渡市球江的奏折時，連下兩諭，賞給孫士毅玉如意一柄、禦用漢玉扳指一個、荷包三對，賜許世亨禦用玉扳指一個、荷包三個，賞張朝龍、李化龍、尚維屏荷包各一對，其他有功將弁，分別賞戴花翎賜巴圖魯名號。乾隆帝盛讚孫士毅“調度有方”，“辦理悉合機宜”，許諾其如能生擒阮惠，將照阿桂平金川捕獲索諾木、福康安剿台灣拿獲林爽文之例，特沛殊恩，晉封公爵，賞給紅寶石頂、四團龍褂、黃帶紫韁，“以昭寵異”。
過了三天，十二月初九日，孫士毅呈報十一月二十日大敗阮兵攻克東京黎城之奏折到京。乾隆帝甚喜，立即下諭封賞孫士毅說：“覽奏嘉悅之至”。阮惠等人逐主亂常，竊據黎都，一經大兵聲討，望風奔竄，“俾黎氏國祚重延，並不利其寸土，於字小存亡之道，仁至義盡，實史冊所僅見”。孫士毅力肩重任，調度有方，不及一月，“即已迅奏朕功，克副委仁”，著加恩晉封一等謀勇公，賞戴紅寶石帽頂，“以示優眷”，俟擒獲阮惠時，再續降恩旨，“格外優異”。封許世亨為一等子，其餘有功官將，交部從優議敘。《清高宗實錄》卷1318，頁21、22.