傅清、拉布敦僅僅依靠微不足道的百餘士卒，就誅殺了興兵作亂勢傾藏地的郡王珠爾默特那木紮勒，為徹底平叛奠定了基礎，避免了滿、漢、藏族互相殘殺的大災難，為此而英勇就義，確係有膽有識、大智大勇、建樹殊勳的功臣，他倆得到追贈爵位等厚遇，是完全應該的，是當之無愧的。但是，乾隆帝之種種殊恩，是否還包含著內疚和補過的因素？看來是有些原因的。姑且不談乾隆帝多次拒絕傅清、拉布敦奏誅藏王之請，如早從其言，派遣大軍入藏，“雙忠”可能還在人間。就是當十四年十二月四川總督策楞奏請恢複舊製派兵五百常駐西藏時，若帝從其議，也許傅清二人還不至於血染官署。因為通司崗的駐藏大臣衙門，“係三層樓房，樓高牆固，即偶有意外之事，易於防守”。設若傅清、拉布敦領有新派駐兵五百，連原有一百餘名兵士，六百餘人倚險堅守，珠爾默特那木紮勒已死，餘黨雖有數千，但係烏合之眾，戰鬥力不強，隻要堅持一二天，達賴喇嘛就能調遣僧俗官民前來救援，內外結合，就可消滅叛軍，保住兩位大臣及其屬下官員兵民的性命。可是，乾隆帝擔心藏王起疑，猶豫不決，未果斷下令多派駐兵，以致傅清等人兵微將寡，為國捐軀。回思幾年內對藏事處理的欠妥，乾隆帝很難不有悔恨內疚之意。他曾下諭論述事變之因說：“珠爾默特那木紮勒凶悖肆惡，本因向來威權太盛，專製一方，致釀此患，乃朕加恩過重，有以縱之，不可不追悔從前之不早為裁抑。”這也許是他厚贈傅清、拉布敦的原因之一吧，借此以示補過。這樣做，是完全應該的，無可非議。
四、乘機整頓藏地“酌定西藏善後章程”。
乾隆帝於乾隆十五年十一月十四日知悉傅清、拉布敦誘斬叛王珠爾默特那木紮勒，為逆黨所害以後，十分憤怒，準備大舉進剿，立諭四川總督策楞、提督嶽鍾琪帶兵三千名，速往西藏，命建昌鎮總兵董芳領兵二千名隨後策應，調兵三千預備派遣應援，命陝甘總督尹繼善至川，籌辦、經管輸送糧餉、調兵接應、奏報軍情等事，令雲南提督冶大雄查尋所有路徑，集兵待旨，以便從滇入藏，又派侍郎那木紮勒、兆惠趕往西藏，會同新任駐藏大臣理事。尋因藏中大局已定，首逆擒獲，他便從策楞之請，僅撥兵八百名隨其進藏，令嶽鍾琪回駐打箭爐。
他交與策楞、班第等大臣的使命，是處理好西藏善後事宜，盡量把西藏管好，不要再生事端。
十五年十一月十七日，即知悉變亂後的第三天，他下諭給軍機大臣，提出了乘此機會徹底整頓西藏的方針和重要政策。他說：
“西藏經此番舉動，正措置轉關一大機會，若辦理得當，則可保永遠寧謐，如其稍有滲漏，則數十年後又滋事端。朕前傳諭班第，以西藏事必當眾建而分其勢，目今乘此兵威，易於辦理，惟在相度機勢，計慮久遠，方為萬全。傅清等雖曾許班第達為藏王，然伊等辦理珠爾默特那木紮勒之初，不知班第達曾經與聞否？設先預聞，必先有成約，如伊果能統所屬人眾，救護策應，則卓呢羅卜藏紮什未必猖獗至此，乃伊不行救護，而先奔至達賴喇嘛處，……其居心狡獪為何如者。伊若一為藏王，即使恭順如頗羅鼐，而其子孫亦不可保，此其可慮，豈在珠爾默特那木紮勒之下哉。策楞等至藏，細加體訪，如其人實無他能，聽受約束，即量予爵秩，……(若因不封王而怨望)即聲其不救護駐藏大臣之罪，相機加之顯戮。……至珠爾默特那木紮勒之子，必不可留，其所有貲產，歲入必極豐厚，應入官為駐藏大臣公用，足供駐兵千人而有餘。……噶隆事務，於事權極有關係，必須駐藏大臣管理，呼應方靈。即如珠爾默特那木紮勒一言而塘汛斷絕，班第達一言而塘汛複通，信息往來，惟藏王之言是聽，而駐藏大臣毫無把握，如此即駐兵萬人，何濟於事。策楞、嶽鍾琪到彼，目擊情形，務須將此事徹底熟籌，……令自我出，方為扼要。將來不但西藏應留兵駐守，即打箭爐為西藏咽喉，亦應添駐重兵。以方今時勢言之，國家全盛之力，豈以添兵多費為虞耶？現交議政王大臣會同軍機大臣等詳悉定議，可並備細傳諭策楞、嶽鍾琪等知之。”
這道諭旨講了六個問題。其一，確保西藏隸屬中央，使西藏永遠寧謐。乾隆帝清楚地認識到，過分優待和姑息珠爾默特那木紮勒，是使其謀叛和未能及早防止變亂的重要原因。這固然是有損個人威嚴的不光彩之事，但他並不灰心喪氣，沒有淹沒在無窮無盡的惟知後悔、羞慚的狂浪之中，而是痛定思痛，總結經驗教訓，振奮精神，知難而進，變被動為主動，探討新的方針，決心利用平叛機會，實行大的改革，徹底解決西藏問題。所以他特別強調要充分利用這個“措置轉關一大機會”，要“辦理得當”，以保“永遠寧謐”，不要“稍有滲漏”，使數十年後又滋生事端。
其二，不封班第達為藏王。乾隆帝看準了封授藏王之欠妥，一為藏王，就會像珠爾默特那木紮勒那樣“專製一方”，“威權太盛”，從而可能產生謀叛不軌的念頭。如果班第達當上藏王，即使本人識時務安分恭順，也難保其子孫永遠忠順，這將使西藏永遠不能安寧，嚴重危害中央對西藏的管轄。設若班第達因未封王而懷怨恨，就要列數其不救駐藏大臣傅清之罪，加以誅戮。
其三，駐藏大臣管轄噶隆。乾隆帝從這次叛亂的爆發和製止，深刻地認識到噶隆之重要。達賴雖為藏民擁戴和崇拜，但其終日念誦文章，潛心修行，不理俗事瑣事，軍、政、財刑諸事主要由噶隆負責，藏民視他們為達賴的代表，聽其統轄驅策，因此，珠爾默特那木紮勒一聲令下，不許藏民應付漢土官兵商民和文書傳送，塘汛即斷，班第達被達賴委以“暫理藏王事務”後，傳令各塘照舊工作應付官兵，塘汛即通。有鑒於此，乾隆帝著重指出“噶隆事務，於事權極有關係，必須駐藏大臣管理，呼應方靈”，才能“令自我出”。
其四，處置首逆。珠爾默特那木紮勒之子，必不能留之於世，將叛王家產全部抄沒，以供駐藏大臣之用，這樣就可解決駐兵一千餘人之需。
其五，駐兵西藏。這次叛亂，充分表明了乾隆帝撤去駐藏兵士的做法十分謬誤，西藏不是駐兵太多，而是駐兵太少，更不應該取消駐兵。乾隆帝吸取了教訓，強調必須在西藏駐兵，甚至在為西藏咽喉的打箭爐，也要添駐重兵，“國家全盛之力”，能夠供應這筆費用。
其六，管好塘汛。西藏拉薩距京數千裏，運送文書，正常時間一般需二十八九日才能到達。塘汛一斷，音信不通，下情不能上達，諭旨難到臣手，情況不明，決策難定，且易失誤，因此，必須管好塘汛，將此權掌握在駐藏大臣手中。
這道諭旨除了未涉及達賴外，基本上包括了藏務的重要問題。此後，乾隆帝陸續下諭，將這道諭旨所定的方針、政策不斷充實、發展和完善。第二天，十五年十一月十八日，他給達賴、班第達下達專諭，著重講了四個問題。其一，安撫、嘉獎達賴。他強調指出，變起之因及平定，皆表明了朝廷保護達賴之至意。“朕向因珠爾默特那木紮勒素不信奉達賴喇嘛，心懷仇隙，是以屢加訓飭”，誰料其愈起疑心。駐藏大臣傅清等人因其“殘暴性成，狂虐日甚，終恐不利於達賴喇嘛”，故奮不顧身，翦除凶逆，“凡此皆以為達賴喇嘛也”。今達賴肘腋之間，除此隱患，佛地肅清，“朕心深慰”。叛黨殺害駐藏大臣，經達賴傳諭解散逆黨，安撫難民，地方得以寧謐，“朕甚嘉之”，特加恩賞賜物品，以示“朕優眷之懷”。
其二，不封班第達為藏王。珠爾默特那木紮勒本不應襲封郡王，因念其父頗羅鼐一生恭順效力，故格外施恩，令其襲爵。不料其管理藏事後，奏撤駐藏官兵，荼毒藏民，殺害其兄及侄與眾頭人，抄占班第達家產，阻絕塘汛，欲盡害官兵。其之如此悖亂而未立被阻止，“亦因朕之加恩過厚，有以縱之。藏地之人雖怨彼，而以朕所封之王，不敢如何，朕實深為追悔”。傅清誅叛王時，雖有令班第達管理藏地之話，“實未奉朕諭旨”，亦不過因藏地不可無人統率，又欲其統兵相助，故從權委辦。若班第達能踐約統兵除賊，使兩位大臣平安無事，藏地寧靜，則即按二大臣的許諾辦理，亦未為不可。乃班第達卻不能救護大臣，“已不為無過”，但念其勢孤力弱，姑置不問，豈可自居有功，“承受朕封王之異恩乎”？著其仍以公爵辦理達賴喇嘛噶隆事務。班第達果能實心恭順，妥協接應進藏官兵，與新設噶隆同心一意，秉公辦事，“則為國家腹心之臣，可永享升平之福”。
其三，強調駐藏大臣之權，不使噶隆權勢太大。從珠爾默特那木紮勒權大謀叛之事，可以看出，“辦理噶隆之人，權勢不可使太專”。此乃“朕所加恩永輯藏地億萬生靈之要道也”。著總督策楞等官會同達賴，於藏地頭人中，擇一“曉事安分而番眾素所信服者”，任為噶隆，與班第達協同辦事。尋常細事，聽此二噶隆照舊承辦，“至具折奏事，及兵備、驛遞等重務，則令欽差駐藏大臣，會同噶隆二人辦理，鈐用欽差大臣關防，永為定製”。其駐防官兵、安設台站，及一切事宜，著策楞、兆惠、那木紮勒、班第等人會同達賴及班第達悉心籌酌妥議具奏。
其四，撫恤無辜去世的叛王之兄。叛王從前誣控兄長鎮國公珠爾默特策布登謀反，加兵殺害，以病死捏奏，今真相已明，應為冤死者昭雪，著班第達查明其子，傳帝諭旨，複給以公爵，令管轄阿裏克地方，其父家產為叛王抄沒霸占者，俱著查明給還。
又過了十一天，十一月二十九日，根據策楞奏報逆黨頭目已擒，“藏地現已寧謐”等情，他專門下諭給達賴、班第達及“衛藏所屬番眾”，除了重申叛王之罪及朝廷欲擒叛王“以為達賴喇嘛除患，且為藏地番民除凶暴而抒公憤”以外，還講了下述問題：叛亂已平，毋庸派動大兵，隻令總督策楞進藏，問候達賴，“辦理一切事宜”。班第達平亂有功，加恩賞賜內庫緞匹。所有已獲餘黨，牢固看守，俟總督策楞、欽差大臣兆惠、那木紮勒、班第等共同查審，照內地之例，惟誅首惡及附和為惡之人，其餘脅從人員，俱從寬對待，概不株連。劫奪的府庫銀兩，已交者貯庫，未交者免追，以免累及無辜。最後，他著重指出，“朕此番辦理，惟欲藏地永遠寧謐，敬奉達賴喇嘛，令人心悅服。達賴喇嘛、班第達等，將朕此旨通行明白曉諭所屬番眾人等，令其安靜樂業，永享升平之福，以副朕恩德綏懷之至意。”②