乾隆帝以上幾道諭旨和其他有關上諭，對達賴、班第達、噶隆、叛黨、受害者及西藏僧俗官民，都作了安排，確定了治藏的方針和重要政策，為處理善後事宜及安定西藏奠定了堅實的基礎。
四川總督策楞、駐藏大臣班第到藏後，執行帝旨，宣讀上諭，撫慰達賴、班第達，了解藏情，於十六年二月初上奏說：“到藏詳看，達賴喇嘛意甚感悅，公班第達並各番，情形恭順，現在實轉關一大機會”。現正與藏地噶隆、眾卓呢、班第達、達賴等商辦諸事，待兆惠等人抵藏後，“公酌妥辦，務期達賴喇嘛得以專主，欽差有所操縱，噶隆不致擅權。”乾隆帝於二月二十九日讀折後批示：“覽奏俱悉”，“甚是”。
策楞、班第抓緊進行懲治叛黨等事。班第早在策楞到藏之前，於十五年十二月二十五日，將首惡卓呢羅卜藏紮什及要犯阿喇布坦等二十餘人處死，抄沒其家產變價入官。策楞等四位大臣，又遵旨將叛王之妻子正法，沒其貲財。叛王所得原頗羅鼐分食錢糧的林青側並頗拉二處，係早年拉藏汗所賞，現將二處人地照舊歸達賴管轄，兩處所收差賦，值銀二千六百餘兩，遵旨撥五百餘兩賞給班第達，餘銀賜予達賴，以賞達木蒙古。
根據乾隆帝的諭旨和他批準的策楞所奏三原則，“達賴得以專主，欽差有所操縱，噶隆不致擅權”，策楞等四位大臣細心籌劃，於十六年二月奏上“酌定西藏善後章程”，現摘錄如下；
“一、西藏辦事噶隆，向例四人，噶隆布隆簪失明，被珠爾默特那木紮勒革退，現存班第達、策楞旺紮勒、色裕特塞布騰三人。班第達奉特旨以公職辦噶隆事，策楞旺紮勒、色裕特塞布騰查無黨羽情形，且係奉旨原放噶隆，並賞有紮薩克頭等台吉職銜，應仍留辦噶隆事。布隆簪缺，選放深於黃教喇嘛一人，賞給紮隆大喇嘛名色。一、噶隆會辦事件，舊於噶沙公所會辦，自頗羅鼐後，各噶隆俱辦事私宅，舍官放之員不用，添用私人，嗣後應仍赴公所會辦，私放之員裁革。一、各處第巴等官，有管理地方教養百姓之責，珠爾默特那木紮勒各放私人，其人又不親往，差家奴赴辦，擾害地方，嗣後噶隆等應公同稟報達賴喇嘛並駐藏大臣補放。家奴代辦者撤回，人地不相宜者換補。至各寺堪布喇嘛，並照舊由達賴喇嘛選派。一、卓呢爾、商卓特爾、曾本、隨本各官名色，惟達賴喇嘛前有，頗羅鼐封王後，亦照添設，應查革，隻於公所設立卓呢爾二人，兼領原設之仲意筆七格等辦公。一、噶隆向隻辦地方事，兵馬卡隘俱責成代奔。後藏地小，且設代奔三人，衛地大，僅代奔一人，遇差假，無人彈壓地方護衛達賴喇嘛，應添設一員，於補放時一體頒敕。一、全藏人民，向屬達賴喇嘛按地方大小，人戶多寡，均定差徭。頗羅鼐等任意侵占，或市私濫賞，甚至擅給免差文書，於所憎則加派。嗣後噶隆、代奔等，應公查舊檔，除因功勸賞毋庸撤回外，私賞濫免者，並查稟達賴喇嘛撤繳，加派者減。一、達賴喇嘛差務，向由地方百姓供應，自頗羅鼐任事後，凡噶隆、代奔等，差人往西寧、打箭爐、色爾喀馬、阿裏克等處交易，亦私出牌票，致烏拉派累百姓，嗣後應禁止。遇公事，稟明達賴喇嘛，發給印票遵行。一、達賴喇嘛倉庫，向係倉諸巴專管，公事動用，噶隆等稟明達賴喇嘛代理，啟閉俱以達賴喇嘛印封為憑，頗羅鼐始行擅取，嗣後應仍照舊辦理。……一、達木蒙古，前經頗羅鼐奏由該王差遣，……(現)願歸達木候差，自宜妥為安頓，其現有頭目八人，……改為固山達，所屬擇授佐領、驍騎校各八人，給頂戴，歸駐藏大臣統轄，仍令每佐領各派十人，駐藏備差。”
乾隆帝閱過這一章程後，批準執行。這對於限製、削弱噶隆之權，提高達賴和駐藏大臣的政治地位和權力，減輕藏民的負擔，安定西藏，增強中央對西藏地方的管轄，密切藏族人民與其他民族人民的聯係，都起了很大的作用。
第二節一征廓爾喀。
一、廓爾喀首侵西藏。
乾隆五十三年七月二十七日、駐藏大臣、一等誠勇公慶麟的急折送到北京。慶麟奏：巴勒布廓爾喀屬下頭目蘇爾巴爾達布等，西向沮木郎部落擄掠後，複東向藏入寇，“現在前後藏俱各嚴備”。
巴勒布廓爾喀，又被稱做巴勒布、廓爾喀，後來叫尼泊爾。為什麼廓爾喀要入侵西藏？看來還得將曆史巨冊翻閱多頁。先得從七年以前班禪東行說起。
乾隆四十三年，六世班禪羅布藏巴勒墊伊西請章嘉呼圖克圖代奏，“因庚子年(四十五年)為大皇帝七十萬壽，欲來敬祝”。乾隆帝非常高興，允其所請，並諭令隆重接待。他特遣皇六子質郡王永和吏部尚書、總諳達、領侍衛內大臣永貴千裏迢迢，趕到岱漢迎接，陪同前來熱河，命向導處大臣編定從岱漢經察哈爾、多倫諾爾、克什克騰、翁牛特、喀喇沁、賽因達巴罕等處到熱河的行程住宿地點，召陝甘總督、山西巡撫入覲陛見，“麵諭妥辦”接待班禪的食宿等事。漠南蒙古哲哩木盟長奏稱幫馬二千匹、駝二百頭，喀爾喀四部蒙古王公亦願幫助馬駝，供班禪使用。乾隆帝特令於熱河為班禪建須彌福壽之廟，俗稱小紮什倫布寺，供班禪來時居住。沿途各省官員遵奉帝旨，認真安排，迎送接待十分周到。
四十五年七月二十一日，乾隆帝在承德避暑山莊的清曠殿召見班禪，“賜坐慰問，賜茶”。二十四日，他又禦萬樹園大幄次，賜班禪及扈從王公大臣與蒙古回部王公等人宴，賞賚冠服金銀緞匹。班禪率眾呼圖克圖為帝誦經祝壽；九月初二日進京後，帝又屢屢賞賜。不料班禪出痘，於十一月初二日圓寂於京師。乾隆帝十分哀痛，於四十六年正月初十日下諭給達賴，詳述班禪入京祝壽、蒙帝優遇及其患病等情，以及護送靈柩回藏等事。他說：
“班禪額爾德尼前以慶祝七旬萬壽，起程來京，節次遣散秩大臣、副都統等攜帶禦用朝珠鞍馬等物，沿途宴勞，並命皇六子同章嘉呼圖克圖等迎往賞賚，於七月二十一日至熱河朝見。萬壽節班禪額爾德尼率領眾呼圖克圖等誦經祝厘，於九月初二日來京，疊加賞賚，每遇朝見，意甚歡欣，並無欲歸之語。十月二十九日，聞其身體發熱，即遣醫診視，知花痘見苗，朕複親臨看視，忽於十一月初二日圓寂。雖本性如，去來一致，而篤誠遠來，未能平安回藏，朕心實為悼惜。尚卓特巴忠克巴呼圖克圖，係班禪額爾德尼之兄，而大綏繃乃其高弟，著加恩賞給忠克巴呼圖克圖額爾德木圖諾們汗之號，賞給大綏繃紮薩克喇嘛職銜默爾根堪布之號，俟百日奉經事竣，於二月十三日護送班禪額爾德尼靈櫬起程，並遣理藩院尚書博清額、乾清門侍衛伊魯勒圖等，送至紮什倫布。紮什倫布所屬人眾，皆賴爾喇嘛掌管，務須仰體朕懷， 加意約束，善為教養，此即為吉祥善事矣。”
六世班禪之死，不僅是清政府和蒙藏地區一大損失，而且由於其弟兄之貪利，導致了廓爾喀軍的入侵。原來，班禪在京朝覲及其圓寂，乾隆帝多次厚賜珍寶財物，京師各王公大臣及內外蒙古“所供養”、“中外施舍，海溢山積”，“無慮數十萬金，而寶冠、瓔珞、念珠、晶玉之缽、鏤金之袈裟，珍寶不可勝計”，皆為其同父異母之前兄忠克巴呼圖克圖(仲巴呼圖克圖)據為己有，既不布施各寺及唐古特兵(藏兵)，連班禪之親弟沙瑪爾巴，亦借口其係紅教喇嘛，而分文不與。沙瑪爾巴非常氣憤，於四十九年前往廓爾喀，極言仲巴呼圖克圖擁有班禪的巨萬貲財和奇珍異寶，並很有可能詳告後藏地形守備等情況，將唐古特信佛厭戰和唐古特兵懦弱畏敵之情告訴廓爾喀國王，“以後藏之封殖，仲巴之專汰”，煽動其出兵侵藏。
廓爾喀出兵的另一重要原因是貿易糾紛問題。以前，巴勒布部落與後藏之間的交易，係行使巴勒布所鑄的銀錢，摻有銅鉛，成色不純。廓爾喀興起統一巴勒布等部以後，改鑄新銀錢，銀的成分增加，廓爾喀就要求西藏人承認一個新銀錢當兩個舊銀錢使用，藏人不願。在貿易中，一些藏商將廓爾喀必須購買的食鹽攙入沙土，牟取厚利。噶布倫索諾木旺紮勒“肆意妄行，苛取商人物件”，第巴桑幹“擅增稅課”，將廓爾喀人的貨物“任意加稅”，廓爾喀人“實不能堪”，故興兵報複。
當然，以上兩方麵的因素，隻是廓爾喀可能入侵西藏的理由和原因，而最根本的決定性的因素卻是廓爾喀國正在迅速發展，軍事力量相當強大，執政者力圖對外擴展。廓爾喀原本係一小小部落，後其酋長博納喇赤發憤圖強，練兵習武。相繼統一了曾向清朝進貢的巴勒布部及其他二十餘部，版圖急劇擴大，國境東西二千裏，南北約五百裏，北連後藏邊境。此時的國王是博納喇赤之孫喇特納巴都爾，因年幼，由其叔巴都爾薩野執掌軍國大權。巴都爾薩野正想對柔弱的唐古特人用兵，遂藉沙瑪爾巴的投奔和商務糾紛，於乾隆五十三年六月派兵入侵西藏，占領聶拉木、濟隴二處，不久又奪據宗喀，圍攻脅噶爾寨，中廓之間的第一次戰爭就這樣開始了。