乾隆帝的這道諭旨，可說是不明病因，藥不對症。如若真像他所指示的不移班禪，鄂輝隻帶幾十名兵丁入藏，不調內地兵丁，發幾張告示恐嚇一下，廓爾喀就會震驚求降，藏事即了，那可真要出大禍，不僅後藏會遭受更大的騷擾，說不定班禪還可能被敵軍擄去，亂子就更大了。當然，不能責備乾隆帝糊塗無能，不會應付突然事變，這位已經君臨天下五十六載的萬歲爺，應當說是一位能文能武的英君明主，他之所以犯此錯誤，完全是由於不明真相，被庸臣蒙騙了。他既不了解巴忠、鄂輝、成德夥同噶隆喪權辱國納銀贖地的真相，對鄂輝等人所呈“一切事務俱已妥為安置，欠項俱已還清”完全相信，又誤信鄂輝之言，以為廓爾喀兵不堪一擊，一聽大軍入藏，即便倉皇撤歸，因此才輕視廓爾喀兵入侵之事，下此謬誤諭旨。但是，他畢竟不愧為有為之君，很快就揭穿了鄂輝等人的騙局，了解了真情，確定了征剿廓爾喀的正確方針。
就在保泰之折到京的第二天，八月二十三日，巴忠因請求赴藏“效力贖罪”未被允許，便“投河淹斃”，乾隆帝非常驚異，馬上感覺到必係巴忠自恃係多年禦前侍衛和欽差大臣，“凡有事件，俱係自專”，今見滋生事端，心懷疑慮，短見自戕。
過了十三天，五十六年九月初六日，乾隆帝知悉廓爾喀兵占據了聶拉木、濟隴，駐藏大臣保泰調派藏兵和達木厄魯特兵二千防守各隘，便諭軍機大臣傳諭阿桂、福康安奏陳對策，並著重指出，如保泰不能完事，“必須動兵時，即遣福康安前往辦理。”
西藏接連傳來不好的消息：廓爾喀兵侵入紮什倫布，搶掠後於九月初七日撤回本國，留千餘兵屯據聶拉木、濟隴等處；駐藏大臣保泰驚慌失措，防禦無方，竟奏請將達賴、班禪由前藏移至青海泰寧，幸好為達賴拒絕，才未移動；總督鄂輝、將軍成德畏敵懼戰，緩慢前進，禦敵無方，擁兵四千餘名，聽敵搶掠後退走，又不猛攻餘兵。乾隆帝感到，不發大軍征剿，難以收複失地，更難製止今後廓爾喀的再次入侵，因此，下定決心，委任新帥，準備大舉進攻廓爾喀。
九月二十日，他革去保泰、雅滿泰駐藏大臣之職，命福建水師提督奎林和副都統、原駐藏大臣舒濂代之，以後，又將保泰枷號示眾，革鄂輝總督和成德成都將軍職，授奎林為成都將軍，以吏部尚書、協辦大學士孫士毅攝四川總督，命和琳為駐藏大臣。
九月二十八日，乾隆帝諭召兩廣總督、協辦大學士、一等嘉勇公福康安入京，麵授方略，授其為統率大兵進攻廓爾喀的將軍，後又為崇其品級，封為大將軍。他又任猛將二等超勇公海蘭察和成都將軍奎林為參讚大臣。
乾隆帝遣派乾清門侍衛、巴圖魯、章京額勒登保、永德、珠爾杭阿、阿尼雅布等一百員隨軍從征。九月中，鄂輝、成德已調派漢屯兵二千二三百名、滇兵二千、察木多兵二千及換班兵一千二百餘名入藏，乾隆帝又調索倫達呼爾兵一千，川兵三千，金川、德爾格、三雜穀、綽斯甲布屯練士兵五千，合共一萬四千名左右。大學士兼攝四川總督孫士毅遵照帝旨，竭力籌辦糧食，除西藏糧台存糧三千石、喇嘛商上現糧四千石以外，又發銀在藏內采買。藏族人民積極支援大軍進藏驅逐入侵的廓爾喀兵，踴躍出售糧石，孫士毅又每石加價一倍，亦才三兩，較之內地運去一石需銀三十餘兩，省費十倍，共籌集糧食七萬餘石，還有可供食用的牛羊一萬八千餘隻，足夠大軍一萬五六千人一年多的食用。藏民還願繼續售糧，達賴亦願再供糧數萬石。
乾隆帝撥發巨量銀兩，以供軍需之用。孫士毅在五十六年九月中買糧時，是動用四川藩庫“備貯軍需”銀一百零五萬兩。乾隆帝於九月十五日下諭，命戶部於四川就近省份撥銀二百萬兩解往四川供軍需用。五十七年正日，兩淮鹽商洪箴遠等呈稱，大兵進藏，剿除敵兵，願捐銀四百萬兩，“以備凱旋賞賚之需”，帝令收銀二百萬兩，存貯運庫，聽候部撥。二月初一日，又納受長蘆、山東鹽商捐銀五十萬兩，浙江鹽商捐銀五十萬兩。二月二十七日，帝諭戶部撥銀一百萬兩解赴川省，供孫士毅使用。不久又撥銀二百萬兩解往四川。
乾隆帝除命福康安責令官兵攜帶槍炮彈藥弓箭赴藏外，又令其在西藏采辦。濟隴呼圖克圖及藏內務寺堪布、紮薩克、喇嘛、噶布倫，“因辦理軍務，均各奮勉圖報”，將達賴庫內存貯火藥二千四百餘斤、鉛子二萬八千斤、大小炮三十餘位，“盡行交出備用”，又將各人自養之馬獻軍。為運輸軍糧，達賴、班禪、噶布倫、戴繃、第巴、營官、各寺呼圖克圖“踴躍趨事”，將自己所養之牛“助出烏拉”，很快就籌集牛一萬五千頭，“分派各糧台，往來運輸無誤”。甘肅、青海蒙古王公、土司、部民亦積極支持大軍，甘肅莊浪土司魯孫氏以大兵進剿廓爾喀，情願趕辦幹柴十二萬斤，以備應用，於五十六年十一月運至丹噶爾繳納。青海各紮薩克於福康安進藏時已備馬數千匹，達賴又遣人前往青海，曉諭蒙古，購買馬匹以供軍用。乾隆帝十分高興，幾次下諭嘉獎達賴等人，賜達賴哈達、珍珠串，賜出力之堪布、紮薩克、喇嘛、噶布倫緞子，授魯孫氏之子承襲指揮使世職，加恩賞戴花翎，達賴等人交獻的馬牛、火藥、鉛彈、大小炮位，亦予加賞，“酌給價值”。
乾隆帝親自督促，精心安排，調遣士兵，籌辦了大量糧草、槍炮彈藥、馬牛，為大舉征剿廓爾喀入侵之軍和奪取勝利，提供了極為有利的條件。
二、連降諭旨指授用兵方略。
乾隆帝對進剿廓爾喀入侵後藏之軍，規定了作戰的方針、目的和重要策略。在相當長的時間裏，他的進軍目標是直取陽布(今加德滿都)，征服整個廓爾喀，戰術是精兵深入，“搗穴擒渠”。乾隆五十七年三月十一日，他看到四川總督鄂輝所呈分兵防守圖後，下諭斥其“所辦殊屬非是”。他指出：“從來行軍之道，全在能得要領，若攻其腹心，搗其中堅，自必紛紛瓦解”，豈有於通敵道路一一派兵防守之理，著軍機大臣傳旨，對鄂輝、成德之“懦怯無能”嚴行申飭。他接著又說：此旨到時，料福康安早已馳抵邊界，將屯聚的敵兵全部殲滅，續調的屯土官兵，及索倫、達呼爾兵，亦已陸續齊集。“福康安即統領五六千勁旅進剿，為搗穴擒渠之計”。
過了十二天，三月二十三日，福康安等人的奏折到京，言及廓爾喀首領稟稱，唐古特人欠債不還，沙瑪爾巴紅教喇嘛致噶布倫之信，宣揚廓爾喀軍強大之勢，並“虛聲恫嚇”。乾隆帝十分生氣，諭軍機大臣：“福康安等惟有堅持定見，勉奏朕功”，在掃清境內之敵後，“再行厚集兵力”，直抵敵都。福康安現檄廓爾喀王叔縛沙瑪爾巴獻送軍，如能成功，其功不小，若對方懷疑觀望，“福康安等即當統兵深入”，直搗敵都，“以期一舉集事”。
又過了十天，四月初三日，乾隆帝說得更明確了。他諭軍機大臣：此時藏內原有兵丁及陸續調派屯士兵與索倫達呼爾兵，共有一萬餘名，加上添調的三千川兵，共一萬三千餘名，糧食足夠食用，若兵力不敷，可於川省兵丁或屯練士兵中就近再調三四千名。廓爾喀“雖已並吞三十餘部落，但從來用兵之道，惟在攻搗腹心，得其要領，則此外皆望風瓦解，不難一舉蕩平”。福康安等當厚集兵力，直趨陽布，使敵“失其所據，此外各部落自必紛紛瓦解，一舉集事”。
西藏奏折陸續前來，敵方情形知悉更多，乾隆帝感到有必要對進軍的目的作些調整，即能滅其國，固為大勝，萬一不行，也可乘勝允降班師。四月十八日，他下諭給軍機大臣說：
“廓爾喀係邊外極邊，地勢險遠，賊匪又於要隘處所，添設碉卡，抵死守禦，若有萬難深入之勢。而福康安等統領官兵，聲罪致討，藏內僧俗番眾人等，群係觀瞻，事在有進無退。福康安等，既不肯事半中止，而限於地險，又難克期集事，或致彼此相持，老師糜餉，亦屬非策。今反複籌劃，若福康安等於官兵齊集後，探訪賊匪情形，道路險易，事在可辦，自必直前進剿，掃穴擒渠，將其土地給還各部落，永免衛藏駐兵防守，豈不甚善。福康安素性勇往，自不肯因有此旨，稍存遷就，功虧一簣。倘審度事勢，實難直抵賊巢，或將濟隴、宗喀一帶拒守賊匪盡行剿殺，大振軍威，或前抵賊境，與賊打幾次勝仗後，賊匪心懷懾服，望風膽落，差人前至軍營投遞稟帖，悔罪乞哀，或可將計就計，令其堅明約束，俯允所請，準其投誠，振旅班師，亦完事之一法。然必先懾以軍威……(對其)有所創懲，不敢複行滋事。”